Rev. dr. William J. Simmons blev født som slave i Charleston, South Carolina, som søn af Edward og Esther Simmons den 29. juni 1849. Mens William var ung, flygtede hans mor fra slaveriet med sine tre børn, William og hans to søstre Emeline og Anna. De landede i første omgang i Philadelphia, PA, og blev mødt af en onkel ved navn Alexander Tardiff, som gav dem husly, mad og undervisning til børnene. På grund af pres fra slavehandlere flyttede Tardiff sin store familie til Roxbury, Pennsylvania, Chester, PA, og til sidst slog han sig ned i Bordentown, New Jersey. Tardiff havde fået en uddannelse af den senere biskop Daniel Payne og påtog sig at give Simmons og hans søskende en uddannelse på dette grundlag. Fra 1862 til 1864 var William i lære hos en tandlæge. Han tjente i Unionens hær under den amerikanske borgerkrig, idet han meldte sig den 15. september 1864 og aftjente en etårig tjenesteperiode. Han deltog i belejringen af Petersburg, slaget ved Hatcher’s Run og slaget ved Appomattox Court House og var til stede ved den konfødererede general Robert E. Lees kapitulation. Efter krigen vendte han tilbage til tandlægerhvervet. I 1867 konverterede han til baptisme og blev medlem af en White Baptist Church i Bordentown, som pastor J. W. Custis var præst for. Menigheden hjalp ham gennem college. Han gik på Madison University (nu Colgate University, dimitteret i 1868), Rochester University og Howard University, hvorfra han fik en bachelorgrad i 1873. Som studerende arbejdede han kortvarigt i Washington D.C. på Hillsdale School. I Hillsdale boede han i pension hos Solomon G. Brown, der var ansat på Smithsonian Institute. Efter sin eksamen flyttede han på Horace Greeleys råd til Arkansas for at blive lærer der, men vendte kort efter tilbage til Hillsdale, hvor han underviste indtil juni 1874.
Den følgende sommer blev han gift med Josephine A. Silence den 25. august 1874 og flyttede til Ocala, Florida. Parret fik syv børn, Josephine Lavinia, William Johnson, Maud Marie, Amanda Moss, Mary Beatrice, John Thomas og Gussie Lewis. I Florida investerede han i jord til dyrkning af appelsiner, blev rektor for Howard Academy’s læreruddannelsesprogram og fungerede som præst for en kirke, stedfortrædende amtssekretær og amtskommissær. Han førte valgkamp for republikaneren Rutherford B. Hayes. Han sad der indtil 1879. Han blev ordineret samme år og flyttede til Lexington, Kentucky, hvor han var præst i First Baptist Church. Året efter blev han den anden præsident for Kentucky Normal and Theological Institute, som han arbejdede for i et årti. Skolen blev til sidst omdøbt til State University of Louisville og senere til Simmons College of Kentucky efter Simmons på grund af skolernes fremgang under hans embedsperiode. Han blev i 1894 efterfulgt på Simmons College af Charles L. Purce.
I Kentucky blev han i flere år valgt som formand for State Convention of Colored Men. Den 29. september 1882 blev han valgt som redaktør af tidsskriftet American Baptist, hvor han kritiserede begge politiske partiers manglende støtte til de sorte i deres borgerlige rettigheder og fremskridt. Han var også præsident for American Baptist Company. 1886 blev han i stedet for T. Thomas Fortune valgt til præsident for Colored Press Association, efter at han året før havde tabt til W. A. Pledger. I 1883 organiserede Simmons Baptist Women’s Educational Convention, og i 1884 udnævnte Blanche Bruce Simmons til kommissær for staten Kentucky ved verdensudstillingen i 1884 i New Orleans. I 1886 organiserede han og blev valgt som præsident for American National Baptist Convention. Konventet var en opfordring til afroamerikanske baptisters enhed og blev også ledet af Richard DeBaptiste og havde bemærkelsesværdige præsentationer af Solomon T. Clanton og James T. White. I 1889 i Indianapolis var Simmons en leder på American National Baptist Convention og skrev en resolution om at yde hjælp til sorte, der flygtede fra volden i sydstaterne og flyttede til nordstaterne.
Simmons modtog en æresmastergrad fra Howard University i 1881 og en æresdoktorgrad fra Wilberforce University i 1885. I 1887 udgav han en bog med titlen Men of Mark: Eminent, Progressive and Rising, som fremhæver 172 prominente afroamerikanske mænds liv, mens han fungerede som skolens præsident. Han arbejdede på en søsterudgave af titlen, der skulle fremhæve de prominente afroamerikanske kvinders liv og bedrifter fra før 1900, men døde desværre, inden den blev færdiggjort. Han døde den 30. oktober 1890 i Louisville, Kentucky.