Deres udbredelsesområde er blevet reduceret af overfiskning og ødelæggelse af levesteder som følge af minedrift, græsning og skovhugst, og populationstætheden er blevet reduceret af konkurrence med ikke-indfødte bæk-, brun- og regnbueørreder, siden disse blev introduceret i slutningen af det 19. og begyndelsen af det 20. århundrede. De alvorligste aktuelle trusler mod underarten er imidlertid krydsning med indførte regnbueørreder (hvilket resulterer i cutbows) i økosystemet Greater Yellowstone, tilstedeværelsen af søørreder i Yellowstone- og Heart-søerne i Yellowstone National Park, som er byttedyr til en længde på op til 15 tommer, og flere udbrud af hvirveldyr i større gydetilfloder.
Og selv om søørreder blev etableret i Shoshone- og Lewis-søerne i Snake River-afvandingsområdet fra U.US Government Stocking Operations i 1890, blev de aldrig officielt introduceret i Yellowstone River-drænet, og deres tilstedeværelse der er sandsynligvis et resultat af utilsigtet eller ulovlig introduktion.
Fordelvis tørke i Yellowstone-området får flere gydende bifloder til at tørre ud i sensommeren, hvilket forhindrer yngel af cutthroat i at vandre til Yellowstone Lake og gør dem til lette byttedyr for rovdyr, såsom måger og pelikaner. Disse trusler har reduceret bestanden af cutthroat i Yellowstone Lake og de tilstødende dele af Yellowstone River betydeligt. I øjeblikket findes de stærkeste bestande af cutthroat i Yellowstone-flodens Grand og Black Canyons og i Yellowstones største biflod i Yellowstone Park, Lamar-floden og dens bifloder. Så sent som i 2004 forsøgte miljøforkæmpere at få U.S. Fish and Wildlife Service til at få underarten optaget på listen over truede arter blev ikke godkendt af agenturet med henvisning til beviser for, at der allerede er store bestræbelser i gang for at sikre denne underarts fortsatte eksistens. Alle Yellowstone cutthroat-ørreder, der fanges i Yellowstone National Park, skal genudsættes. Bestande uden for nationalparken er underlagt forskellige regler afhængigt af vandløbets eller vandløbets beliggenhed.