Eine Alternative zur Umweltregulierung ist der Ansatz von Befehl und Kontrolle. Dieser Ansatz ist sehr viel präskriptiver als marktorientierte Instrumente. Zu den Regulierungsinstrumenten der Befehls- und Kontrollpolitik gehören Emissionsnormen, Verfahrens-/Ausrüstungsspezifikationen, Begrenzungen für Input/Output/Einleitungen, Anforderungen an die Offenlegung von Informationen und Audits. Befehls- und Kontrollansätze wurden als technologiehemmend kritisiert, da es für Unternehmen keine Anreize für Innovationen gäbe. Empirische Studien haben das Gegenteil gezeigt; externe Preisänderungen können Innovationen auslösen, da die Unternehmen gezwungen sind, das Marktversagen der Unterinvestition zu beheben.
Marktbasierte Instrumente schreiben den Unternehmen nicht vor, bestimmte Technologien zu verwenden oder ihre Emissionen in gleichem Maße zu reduzieren, was den Unternehmen eine größere Flexibilität bei ihren Ansätzen zur Bekämpfung der Umweltverschmutzung ermöglicht. Kommando- und Kontrollkonzepte können jedoch als Ausgangspunkt nützlich sein, wenn die Regulierungsbehörden mit einem bedeutenden Problem konfrontiert sind, aber zu wenig Informationen haben, um ein marktbasiertes Instrument zu unterstützen. Command-and-Control-Konzepte können auch bevorzugt werden, wenn die Regulierungsbehörden mit einem dünnen Markt konfrontiert sind, wo die begrenzten potenziellen Handelspools bedeuten, dass die Gewinne eines marktbasierten Instruments die Kosten nicht übersteigen würden (eine Schlüsselvoraussetzung für ein erfolgreiches marktbasiertes Konzept).
Marktbasierte Instrumente können auch ungeeignet sein, wenn es um Emissionen mit lokalen Auswirkungen geht, da der Handel auf diese Region beschränkt wäre. Sie können auch für Emissionen mit globalen Auswirkungen ungeeignet sein, da eine internationale Zusammenarbeit nur schwer zu erreichen ist.
Aus einer Vielzahl von Gründen lehnten Umweltschützer den Einsatz marktbasierter Instrumente zunächst ab, außer unter sehr eingeschränkten Bedingungen. Nach dem erfolgreichen Einsatz frei gehandelter Gutschriften beim schrittweisen Abbau von Blei in den USA erkannten die Umweltschützer jedoch, dass Handelsmärkte auch Vorteile für die Umwelt haben. Seit dem Vorschlag für einen Markt für Zertifikate für sauren Regen haben Umweltschützer den Handel in einer Vielzahl von Zusammenhängen unterstützt.