Megalakulás és első évek (1948-1953)Edit
1948. május 23-án az APOEL labdarúgóklub vezetősége táviratot küldött a Görög Amatőr Atlétikai Szövetségnek (görögül: Σ.Ε.Γ.Α.Σ.) az éves pánhellén atlétikai verseny lehetőségével. A táviratban az elnökség kifejezte kívánságát, hogy az általa “kommunista lázadásnak” nevezett állapotnak véget vessenek. A klub játékosai, akik ezt az akciót kifejezetten a görög polgárháború politikai kommentárjának tekintették, elhatárolódtak az elnökségtől, és szabályosan kizárták őket az APOEL-ből. 1948. június 4-én Dr. Mattheos Papapetrou találkozót szervezett Nicosiában, amely az Omonia megalakulásához vezetett. Az APOEL-ből kizárt játékosok közül sokan jelen voltak a találkozón, és csatlakoztak az új klubhoz. Más baloldali csapatokkal együtt, mint a Nea Salamina, az Alki Larnaca és az Orfeas Nicosia, az Omonia 1948 decemberében segített létrehozni a Ciprusi Amatőr Labdarúgó Szövetséget. Az Omonia 1953-ig vett részt a CAFF bajnokságában, öt lejátszott bajnokságból négyet és öt lejátszott kupából ötöt megnyert. Az Omoniát ezután a Ciprusi Labdarúgó Szövetség felvette a ciprusi első osztályba
Kezdetek a ciprusi első osztályban (1953-1969)Edit
A ciprusi első osztályhoz való 1953-as csatlakozás után az Omonia az 1953-54-es szezonban kilenc csapatból csak a hetedik helyen végzett, éppen csak elkerülve a kiesést. Ebben az évtizedben a klub legjobb helyezését az 1956-57-es szezonban érte el, amikor a harmadik helyen végzett.
A csapat az 1959-60-as szezonban jutott a legközelebb a bajnoki címhez, miután a második helyen végzett, egy ponttal lemaradva az Anorthosis Famagusta mögött. A következő évben, hét szezon után az első osztályban, a klub az 1960-61-es szezonban nyerte meg első bajnoki címét. Az Omonia ebben a szezonban 24 mérkőzésen 91 gólt szerzett, és ezzel megszerezte élete első ciprusi első osztályú bajnoki címét. Az Omonia az 1965-66-os szezonban szerezte meg második bajnoki címét.
Aranykorszak (1970-es-1980-as évek)Edit
Az Omonia 1972-ben nyerte az évtized első trófeáit, amikor a klub megnyerte a bajnokságot és a kupát is. A fiatal Sotiris Kaiafas vezetésével az Omonia hét bajnoki címet nyert az 1970-es években, ebből hatot egymás után (1974-1979). Az évtized végén az Omonia összesen kilenc bajnoki címet és három kupát tudhatott magáénak. Az 1979-es szezon végén az Omonia két bajnoki címmel maradt le az ősrivális APOEL mögött. 1976-ban Sotiris Kaiafas elnyerte az Európai Aranycipőt az egy szezonban elért 39 gólos teljesítményéért. 2003-ban elnyerte az UEFA jubileumi díját a 20. század legjobb ciprusi labdarúgójának.
A nyolcvanas évek sikeres évtized volt a klub számára, mivel további hét ciprusi bajnoki címet nyert, köztük további ötöt egymás után 1981-ben, 1982-ben, 1983-ban, 1984-ben, 1985-ben, valamint 1987-ben és 1989-ben. Az 1980-as évek végére az Omonia 14 ciprusi bajnoki címet nyert, ezzel a sziget legsikeresebb csapata lett abban az időben.
Általános hanyatlás (1990-es évek)Edit
Az 1990-es évek kevésbé bizonyultak sikeresnek, mint az előző két évtized. Ez idő alatt az Omonia mindössze egy ciprusi bajnoki címet szerzett az 1992-93-as szezonban. Nyolc évnek kellett eltelnie ahhoz, hogy az Omonia meglássa a következő bajnoki címét. 1997-ben az Omonia szerződtette a német Rainer Rauffmannt, aki később a klub második legjobb góllövője lett. Az Omonia másik kiválósága és akkori csapatkapitánya, Costas Malekkos, valamint a fiatal Costas Kaiafas (Sotiris Kaiafas fia) segítségével Rauffmann az 1997-98-as, 1998-99-es, 1999-00-as és 2000-01-es szezonokban a ciprusi első osztály góllövőlistájának élére került, és két bajnoki címig vezette az Omoniát.
Újjászületés (2000-es évek)Szerkeszt
A 2000-es évtized egy kiábrándító nyolc szezon után trófeával kezdődött. Az Omonia 2001-ben ünnepelhette 18. ciprusi bajnoki címét. Most már Costas Kaiafas kapitány vezetésével az Omonia 2003-ban ismét megnyerte a 19. ciprusi bajnoki címét. 2003 óta azonban a csapat botladozott, és a következő években bajnoki cím nélkül maradt. Számos gyenge szerződtetésekkel és alulteljesítéssel teli szezon után az Omonia irányítását 2008-ban az új elnök és a csapat elnöke, Miltiadis Neophytou vette át.
A csapat 2006-tól kezdve hamarosan újra pályára lépett, kezdve a ciprusi válogatott kapus, Antonis Georgallides szerződtetésével. Az Omonia folytatná a sztárszerződéseket a külföldön játszó ciprusi sztárok, például Elias Charalambous és Stathis Aloneftis megszerzésével. Az Omonia ezután a címlapokra került a ciprusi gólkirály, Michalis Konstantinou sokkoló szerződtetésével. 2009-ben az Omonia egy másik ciprusi sztárt, Konstantinos Makrides-t is szerződtette. Útközben az Omonia megszerezte a fiatal ciprusi reménységeket, a 21 éves Dimitrisz Christofit és a 20 éves Georgios Efremet is. Efrem, aki korábban az Arsenal, majd a skót Rangers ifjúsági csapatában játszott, az utolsó darabja volt a kirakósnak, amely a 20. ciprusi bajnoki cím megnyeréséhez szükséges. Miután az Omonia a helyére tette a megfelelő darabokat, ez sikerült is. A 2009-10-es szezonban az új kapitány, Elias Charalambous vezetésével az Omonia egyetlen derbit sem veszített el, beleértve az APOEL, az Anorthosis Famagusta és az Apollon elleni rájátszásbeli mérkőzéseket is.
A kiábrándító eredmények után Takis Lemonis vezetőedző távozott a klubtól, és 2010 októberében Dušan Bajević lett az új edző, de 2011 áprilisában kirúgták. Helyére Neophytos Larkou került. Az Omonia a 2010-11-es alapszakaszban nem tudta megismételni a bajnoki címet, helyette be kellett érnie a második hellyel, annak ellenére, hogy egy újabb fiatal ciprusi feltörekvő csillag, Andreas Avraam érkezett a csapathoz. A klub azonban pozitívan zárta az évet: Neophytos Larkou ideiglenes edző irányításával az Omonia legyőzte az Apollon Limassolt a Ciprus Kupa döntőjében, és ezzel megszerezte 13. kupagyőzelmét.
Az Omonia nehéz évet töltött, de a 14. kupagyőzelmét André Alves főszereplésével nyerte, aki az AEL Limassol elleni győztes gólt szerezte. Az újonnan kinevezett futballigazgató, Nickolas Danskalou irányításával az Omonia a bajnokságban a második, a rájátszás fordulói után pedig a harmadik helyen végzett, ezzel szinte biztosra véve a 2012-13-as UEFA Európa Liga második fordulójába való bejutást.
Pénzügyi válság (2012-2018)Edit
Neophytos Larkou vezetőedző 2012 szeptemberében távozott a klubtól, majd Toni Savevskit nevezték ki edzőnek. A csapat nagyszerű győzelemmel kezdte a szezont, de néhány mérkőzés után megtalálta második sikerét. A kiábrándító első forduló elégnek bizonyult ahhoz, hogy a klub ne indulhasson a bajnokságért vagy a kupáért. A második fordulóban jobb eredményeket ért el a csapat, és a harmadik helyen zárta a szezont. Szurkolók ezrei tettek eleget az elnök felhívásának, hogy adakozzanak, amennyit csak tudnak, és a klub anyagi helyzete javult. Az Omonia utolsó mérkőzése az AEK Larnaca elleni 3-1-es győzelemmel ért véget. Az Omonia a kupa elődöntőjében kiesett az AEL Limassol ellen.
Az Omonia 2013-ban Savevski vezetőedzővel kezdte az új szezont, de a pozitív eredmények mellett félúton kirúgták. Helyére Miguel Ángel Lotinát szerződtették, de mindössze 37 nappal később kirúgták. Ezután Kostas Kaiafas, volt játékost nevezték ki új edzőnek. A klub pénzügyi nehézségei az előző szezonban szervezett hatalmas adománygyűjtés ellenére is visszatértek. Az Omonia az ötödik helyen végzett a bajnokságban, 56 év óta a legrosszabb szezonját zárta 1957-58 óta.
2014 augusztusában az Omonia kiesett az Európa Liga rájátszásában a Dinamó Moszkva ellen. A klub panaszt tett az UEFA-nál Alexandru Tudor játékvezető bíráskodásával kapcsolatban. Szeptember elején a klub leállította a Gate-9 szurkolói csoport jegyekkel való ellátását, ami a csoport mérkőzésektől való távolmaradását eredményezte. Két héttel később, az elnök és az edző találkozója után úgy döntöttek, hogy a Gate-9-nek ismét szállítanak jegyeket. Az Omonia a negyedik helyen végzett a bajnokságban. A csapat a ciprusi kupa elődöntőjében kiesett az APOEL ellen.
A csapat a 2015-16-os szezont a 4. helyen zárta. Ebben a szezonban bejutott a ciprusi kupa döntőjébe, de kikapott az Apollon Limassol ellen. A 2016-17-es szezonban a klub az 5. helyen végzett. Ez azt jelentette, hogy 15 év után 1. alkalommal a klub nem játszhatott európai selejtezőmérkőzéseken. a szezon végén tartott közgyűlést követően Antonis Tzionis-t választották meg a klub új elnökének. míg a 2017-18-as szezon nagy reményekkel indult, az Omonia a 6. helyen zárta a szezont. A szezon a vereségek és a kapott gólok tekintetében a klub történetének legrosszabb szezonja volt. Ennek ellenére a klub összesen 95 222 jegyet adott el a szezon során, többet, mint bármelyik másik csapat a bajnokságban.
Papastavrou-korszak (2018-jelen)Szerkesztés
A klub labdarúgó-szakosztályának hanyatlása és a pénzügyi nehézségek sokakat meggyőzött arról, hogy változásra van szükség a klub vezetésében. 2018 májusában közgyűlést hívtak össze, és a tagok megszavazták, hogy a labdarúgó-szakosztályt átadják Stavros Papastavrou, egy Amerikában élő ciprusi üzletembernek. Papastavrou azt tervezi, hogy a következő években 5 millió eurót fektet be a klubba, és a 20 év alatt, amíg ő lesz a vezető, még többet fog befektetni. Kijelentette, hogy forrásokat biztosít a klub akadémiáinak és edzőpályáinak fejlesztésére, és hogy egy új stadion esetleges létrehozását is fontolóra veszi.
Egyes szurkolók nemtetszésüket fejezték ki a futballklub profitorientált vállalkozássá alakításával kapcsolatban. A Gate 9, a klub szurkolói csoportja kijelentette, hogy a döntés ellentétes az Omonia hagyományosan baloldali eszméivel, és a továbbiakban nem fogja támogatni a klub labdarúgó-szakosztályát.
A klub a 2018-19-es szezonban a 6. helyen végzett, és a második fordulóban kiesett a ciprusi kupából az Apollon Limassol ellen. Yannis Anastasiou menedzsert 2019 júniusában Henning Berg váltotta. 2020 márciusában a 2019-20-as ciprusi szezon a COVID-19 járvány miatt félbeszakadt. Az Omonoia a lefújáskor pontegyenlőségben állt az Anorthosis Famagustával, de jobb fej-fej melletti mérlege miatt az első helyen állt, így kvalifikálta magát a 2020-21-es Bajnokok Ligája-szezon első selejtezőkörébe.
A 2020-21-es Bajnokok Ligája-szezon első selejtezőkörébe.