Szudán lakosságának többsége muszlim, túlnyomórészt a szunnita ághoz tartozik. A szunnita iszlámot Szudánban, mint Afrika nagy részében, a tarīqahok, vagyis muszlim vallási testvériségek kialakulása jellemzi. A legrégebbi ilyen tarīqah a Qādiriyyah, amely a 16. században került a szudáni régióba a Közel-Keletről. Egy másik jelentős tarīqah a Khatmiyyah vagy Mīrghaniyyah, amelyet Muḥammad ʿUthmān al-Mīrghanī alapított a 19. század elején. Talán a legerősebb és legjobban szervezett tarīqah a Mahdiyyah; követői sikeres felkelést vezettek a török-egyiptomi rezsim ellen (1821-85), és független államot hoztak létre Szudánban, amely 1884-től 1898-ig tartott. A Mahdiyyah és a Khatmiyyah tarīqah-k képezték az 1940-es években Szudánban létrejött politikai pártok alapját, és a függetlenség utáni időszakban is meghatározó szerepet játszottak a nemzet politikájában.
Szudán lakosságának kis százaléka követi a hagyományos animista vallásokat, különösen a Nuba-hegységben. Bár ezek az animisták osztoznak a vallási hit néhány közös elemében, minden etnikai csoportnak megvan a maga őshonos vallása. Gyakorlatilag az összes szudáni hagyományos afrikai vallásban közös a felfogás egy magas szellemről vagy istenségről, általában egy teremtő istenről. A világegyetemről két elképzelés létezik: a földi és a mennyei, vagy a látható és a láthatatlan. A mennyei világot szellemi lények lakják, akiknek az a feladatuk, hogy Isten közvetítőiként vagy hírnökeiként szolgáljanak; a nilóták esetében ezeket a szellemeket az őseikkel azonosítják. A legfőbb istenség a zenét és táncot használó rituálék tárgya.
A keresztények a lakosság egy másik kis részét teszik ki. A kereszténység először a Kr. e. 6. század körül érkezett Szudánba, és ezt követően évszázadokon át virágoztak a keresztény templomok az ősi núbiai királyságban. Az egyiptomi muszlim uralom létrejötte és a későbbi szudáni arab vándorlások után a kereszténység visszaszorult Núbiában, és fokozatosan felváltotta az iszlám; a folyamat a 15. század végére fejeződött be. A mai Szudánban a kereszténység a 19. század második felében kezdődött európai missziós erőfeszítések eredménye. A legtöbb ilyen erőfeszítés a Nuba-hegységben összpontosult, nem pedig az északi muszlimok között.