19世紀末から20世紀初頭にかけて外来のカワマス、ブラウントラウト、ニジマスが導入されて以来、乱獲や鉱山、放牧、伐採による生息地の破壊によって生息域が減少し、個体密度が減少してきた。 しかし、この亜種に対する現在の最も深刻な脅威は、グレーターイエローストーンの生態系における導入されたニジマスとの交雑（結果としてカットボウが生まれる）、体長15インチまでのカットスロートトラウトを捕食するイエローストーン国立公園内のレイクトラウトとハートレイクの存在、主要産卵支流におけるいくつかの旋毛病の発生、などである。
より
スネーク川流域のショショーニ湖とルイス湖には、米国からレイク・トラウトが定着していたが、この湖では、レイク・トラウトを捕食していた。
イエローストーン地域の時折の干ばつは、夏の終わりにいくつかの産卵支流を干上がらせ、カットスロートの稚魚がイエローストーン湖に移動するのを妨げ、カモメやペリカンといった捕食者の餌食となりやすくする。 これらの脅威により、イエローストーン湖とイエローストーン川に隣接する地域のカットスロート個体数は著しく減少している。 現在、カットスロートの最も強力な個体群は、イエローストーン川のグランドキャニオンとブラックキャニオン、およびイエローストーン公園の主要支流であるラマー川とその支流に見られる。 2004年に環境保護団体がこの亜種を絶滅危惧種に指定しようと試みたが、この亜種の存続を確実にするための大規模な取り組みがすでに行われていることを理由に、米国魚類野生生物局が承認することはなかった。 イエローストーン国立公園内で捕獲されたイエローストーン・カットスロート・トラウトは、すべてリリースされなければならない。 国立公園外の個体群については、小川や水路の場所によってさまざまな規制があります
。