1989年6月30日、当時スーダン陸軍准将だったオマール・アルバシールが将校グループを率いてサディク・アル・マハディ首相政権を追放した軍事クーデターにより政治体制は再編成された。 アルバシール氏の指導の下、新軍事政権は政党を停止し、国レベルでイスラム法規範を導入した。 そして、国家救済のための革命司令会議（過渡期と言われる立法権と行政権を持つ新設の機関）の議長に就任し、国家元首、首相、軍議長、国防相を歴任した。 さらに、ハッサン・アル＝トゥラビとともに北部でシャリーア法を制度化したバシルは、軍上層部の粛清と処刑、結社・政党・独立紙の禁止、有力政治家・ジャーナリストの投獄を発令した。 1993年、アル・バシルは革命司令評議会を廃止し、国民イスラム戦線（NIF）を創設し、NIFのメンバーのみによって新しい議会と政府を獲得し、自らをスーダン大統領と宣言し、スーダンはイスラム全体主義一党独裁国家に変貌した。 その結果、スーダン人民解放軍（SPLA）との第2次スーダン内戦は、その後エスカレートする一方となる。
1983年から1997年まで、国は北部5地域、南部3地域に分けられ、それぞれ軍事総督が率いることになった。 1989年の軍事クーデター後、地方議会は停止された。 1993年に国民救済革命司令会議が廃止され、与党の国民イスラム戦線（NIF）が国民会議派（NCP）を結成すると、新党には南部スーダンの政治家を中心に非ムスリムのメンバーも加わり、大臣や州知事に任命された者もいた。
1997年に地域行政の構造に代わって26の州が創設されることになった。 1997年、地方行政は26の州に分割され、行政官、内閣、上級職員は大統領によって任命され、限られた予算はハルツームによって決定され、ハルツームから支出されるようになった。 その結果、各州は経済的に中央政府に依存していることに変わりはない。 2005年、オマール・アル＝バシル政権とスーダン人民解放運動軍（SPLM/A）の間で包括和平協定（CPA）が締結され、暫定憲法に従って国民統合政府が設置された。 1196>
ダルフール和平合意後、憲法上4番目に高い大統領上級顧問の地位は、ダルフールに拠点を置くスーダン解放軍（SLA）のザガワ人、ミンニ・ミンナウィに割り当てられた。 行政ポストは国民会議派（NCP）、スーダン人民解放運動／軍（SPLM／A）、東部戦線、ウンマ党と民主統一党（DUP）の各派閥に分かれた。 このSPLM/Aとの和平協定により、南部スーダンは6年間の自治を認められ、その後2011年に独立に関する住民投票が実施されることになった。 2005年の新憲法では、二院制の国民立法が正式な議会であり、450議席の下院である国民議会と50議席の上院である国家評議会の2つに分かれている。
国際逮捕状が出ているにもかかわらず、オマル・アール・バシルは2010年のスーダン大統領選挙で9年ぶりに複数の政党が参加する民主的な選挙で再選された。 1999年12月、オマール・アル＝バシル大統領と、NIF創設者でイスラム主義思想家、国会議長のハッサン・アル＝トゥラビとの間の権力闘争がクライマックスに達した。 アルトゥラビは与党と政府のポストを剥奪され、議会は解散、憲法は停止され、大統領令により国家非常事態が宣言された。 2000年12月の大統領選挙と国会議員選挙を経て、2001年2月に国会が再開されたが、国家非常事態法は依然有効である。 同じ頃、反体制派の欧米人による北方民族の支配を詳細に記した原稿「黒書」が出版された。 アルトゥラビは2001年2月に逮捕され、SPLM/Aとの覚書に署名したことで国家安全保障と憲法秩序への脅威とされました。
第二次スーダン内戦を終結させる合意の一部として、2005年9月22日にSPLM/Aの9人と政府の16人が大臣として宣誓し、戦後初の国民統合政府を樹立した。 就任は、誰が様々な職責を担うかをめぐる議論とジョン・ガラン副大統領の死去の結果、延期された。 国民会議派はエネルギー、国防、内務、財務の主要ポストを掌握し、SPLMが指名した人物が外相に就任した。 サルバ・キール副大統領は、スーダンの油田の産出量を扱う重要なエネルギー・鉱業省を誰が掌握するかという議論で引き下がったとされる。
2019年4月11日、アルバシル氏と彼の政府は、彼の第一副大統領と防衛大臣が率いる軍事クーデターで転覆し、現在の与党軍事政権が設立されることになった。 翌日、アウフはアブデルファタフ・アブデルラフマン・ブルハン中将に権力を譲った
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