環境規制に対する別のアプローチとして、コマンド＆コントロール・アプローチがある。 これは市場ベースの手法よりもはるかに規定的である。 命令と統制の規制手段には、排出基準、プロセス/設備仕様、投入/排出/廃棄物の制限、情報開示の要求、監査が含まれる。 コマンド＆コントロール方式は、企業にとって技術革新のインセンティブがないため、技術を制限すると批判されてきた。 外部からの価格変動は、企業が投資不足という市場の失敗に対処せざるを得ないため、技術革新を誘発する。
市場ベースの手法は、企業が特定の技術を使うことや、すべての企業が同量の排出量を減らすことを規定しないため、企業は汚染管理へのアプローチに大きな柔軟性を持たせることができる。 しかし、規制当局が重大な問題に直面しているにもかかわらず、市場ベースの手段をサポートするには情報が少なすぎる場合、コマンド＆コントロール方式が出発点として有益な場合がある。 また、規制当局が、潜在的な取引場所が限られているため、市場ベースの手法の利益がコスト（市場ベースのアプローチを成功させるための主要要件）を上回らないような薄い市場に直面した場合、指令と制御のアプローチが好まれる場合もある。
さまざまな理由から、環境保護団体は当初、非常に限定された条件下でなければ市場ベースの手段を使用することに反対していた。 しかし、米国で鉛の段階的削減において自由取引クレジットの使用が成功した後、環境保護団体は取引市場が環境にも利益をもたらすことを認識した。 その後、酸性雨防止市場の提案に始まり、環境保護団体はさまざまな文脈で取引の利用を支持している
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