小サブユニット（SSU）18S rRNA遺伝子は、系統研究において最も頻繁に用いられる遺伝子の一つであり、環境生物多様性スクリーニングにおけるランダムターゲットポリメラーゼチェーン反応（PCR）の重要なマーカーである。 一般に、rRNA 遺伝子の配列は、高度に保存された近傍領域のためにアクセスが容易であり、ユニバーサルプライマーを使用することが可能である。 また、ゲノム内に繰り返し配置されているため、最小限の生物であってもPCRに必要な鋳型DNAを大量に得ることができる。 18S遺伝子はリボソーム機能コアの一部であり、すべての生物で同様の選択力にさらされている。 したがって、18S配列に基づく最初の大規模な系統学的研究が発表されたとき（例えば、Fieldら、1988）、この遺伝子はメタゾーンの生命系統を再構築するための有力候補として賞賛されたのである。 その後、18S 配列は Ecdysozoa と Lophotrochozoa クレード（共通の祖先とその直系子孫からなる単系統生物群）の分裂を証明し、後生動物の関係についての我々の理解における最も新しい革命的変化に貢献した
しかし 2000年代後半、分子系統学に含まれる分類群の数が増加すると、二つの問題が明らかになるようになった。 まず、軟体動物の Solenogastres と Tryblidia クラス、一部の二枚貝の分類、および謎めいた甲殻類の Remipedia クラスなど、特定の分類の代表者における配列決定の妨げが存在することである。 単一の分類群の18S配列が得られないことは、よくある現象と考えられているが、これまでほとんど報告されていない。 第二に、当初の期待とは対照的に、18Sはすべての分類レベルでノードを解決することはできず、その有効性はクレードによってかなり異なる。 これは、短期間での急速な古代放射線の影響として議論されている。 現在，メタゾアにおける深い分岐の追跡には多遺伝子解析がより信頼できる結果をもたらすと考えられているが，18Sは依然として系統解析に広く用いられている＜3521＞。