Oprichting en beginjaren (1948-1953)Edit
Op 23 mei 1948 stuurde het bestuur van voetbalclub APOEL een telegram naar de Helleense Vereniging voor Amateuratletiek (Grieks: Σ.Ε.Γ.Α.Σ.), met de gelegenheid van de jaarlijkse Panhelleense Atletiekcompetitie. In zijn telegram gaf het bestuur te kennen dat het een einde wenste te maken aan wat het omschreef als de “communistische muiterij”. Clubspelers die deze actie beschouwden als een specifiek politiek commentaar op de Griekse Burgeroorlog distantieerden zich van het bestuur en werden uit APOEL gezet. Op 4 juni 1948 organiseerde Dr. Mattheos Papapetrou een bijeenkomst in Nicosia die leidde tot de oprichting van Omonia. Veel spelers die uit APOEL waren gezet waren aanwezig op de vergadering en sloten zich aan bij de nieuwe club. Samen met andere linkse ploegen zoals Nea Salamina, Alki Larnaca en Orfeas Nicosia, hielp Omonia in december 1948 bij de oprichting van de Cyprus Amateur Voetbal Federatie. Omonia nam tot 1953 deel aan de CAFF-competitie en won vier van de vijf gespeelde kampioenschappen en vijf van de vijf gespeelde bekers. Daarna werd Omonia door de Cypriotische Voetbalbond aanvaard om deel te nemen aan de Cypriotische Eerste Divisie
Begin in de Cypriotische Eerste Divisie (1953-1969)Edit
Nadat Omonia in 1953 toetrad tot de Cypriotische Eerste Divisie, werd het slechts zevende van de negen teams in het seizoen 1953-54, waarmee degradatie ternauwernood werd voorkomen. In dat decennium kwam de beste plaats van de club in het seizoen 1956-57 toen de club op de derde plaats eindigde.
Het team zou het dichtst bij de titel komen in het seizoen 1959-60 toen het tweede werd, één punt achter Anorthosis Famagusta. Het volgende jaar, na zeven seizoenen in de Eerste Divisie, zou de club haar eerste titel winnen in het seizoen 1960-61. In dat seizoen scoorde Omonia 91 doelpunten in 24 wedstrijden op weg naar hun allereerste Cyprus Eerste Divisie titel. In het seizoen 1965-66 won Omonia zijn tweede titel.
Gouden tijdperk (jaren 1970-1980)
Omonia won zijn eerste trofeeën van het decennium in 1972, toen de club zowel de competitie als de beker won. Onder leiding van de jonge Sotiris Kaiafas won Omonia in de jaren zeventig zeven competitietitels, waarvan zes opeenvolgend (1974-1979). Aan het einde van het decennium had Omonia een totaal van negen kampioenstitels en drie bekers. Aan het einde van het seizoen 1979, had Omonia twee kampioenschappen achterstand op zijn aartsrivaal APOEL. In 1976 won Sotiris Kaiafas de Europese Gouden Schoen voor zijn 39 doelpunten in één seizoen. In 2003 kreeg hij de UEFA Jubilee Awards voor de beste Cypriotische voetballer van de 20e eeuw.
De jaren tachtig waren een succesvol decennium voor de club, die nog eens zeven Cypriotische League kampioenschapstitels won, waaronder nog eens vijf opeenvolgende in 1981, 1982, 1983, 1984, 1985, en in 1987 en 1989. Toen de jaren 1980 ten einde liepen, had Omonia 14 Cypriotische kampioenstitels gewonnen en werd daarmee het meest succesvolle team op het eiland in die tijd.
Algemene achteruitgang (jaren 1990)Edit
De jaren 1990 zouden minder succesvol blijken te zijn dan de voorgaande twee decennia. Gedurende deze periode behaalde Omonia slechts één Cypriotische Liga titel tijdens het seizoen 1992-93. Het zou acht jaar duren voordat Omonia zijn volgende titel zou zien. In 1997 tekende Omonia de Duitser Rainer Rauffmann, die later de tweede topscorer ooit voor de club zou worden. Met de hulp van een andere Omonia grootheid en toenmalige aanvoerder, Costas Malekkos, en een jonge Costas Kaiafas (de zoon van Sotiris Kaiafas), zou Rauffmann topscorer van de Cypriotische Eerste Divisie worden in de seizoenen 1997-98, 1998-99, 1999-00 en 2000-01 en Omonia naar twee titels leiden.
Revival (jaren 2000)Edit
Na een teleurstellende acht seizoenen, begon het decennium 2000 met een trofee. Omonia vierde zijn 18e Cypriotische competitiekampioenschap titel in 2001. Nu aangevoerd door Costas Kaiafas, zou Omonia haar 19e Cypriotische Liga Kampioenschap opnieuw winnen in 2003. Sinds 2003 zou de ploeg echter struikelen en de volgende jaren zonder titel blijven. Na vele seizoenen van slechte contracteringen en ondermaatse prestaties, zou Omonia’s teugels in 2008 worden overgenomen door de nieuwe voorzitter en team president, Miltiadis Neophytou.
Het team zou vanaf 2006 snel weer op de rails worden gezet, te beginnen met het aantrekken van de Cypriotische international doelman Antonis Georgallides. Omonia zou verder gaan met het aantrekken van Cypriotische sterren die in het buitenland hadden gespeeld, zoals Elias Charalambous en Stathis Aloneftis. Omonia haalde de krantenkoppen met de schokkende aankoop van Michalis Konstantinou, topscorer aller tijden van Cyprus. In 2009 zou Omonia ook een andere Cypriotische ster aantrekken, Konstantinos Makrides. Onderweg zou Omonia ook jonge Cypriotische hoopvollen, de 21-jarige Dimitris Christofi en de 20-jarige Georgios Efrem verwerven. Efrem, die in het jeugdteam van Arsenal en later van het Schotse Rangers had gespeeld, zou het laatste stukje van de puzzel zijn dat nodig was om het 20e Cypriotische kampioenschap in de wacht te slepen. Na het leggen van de juiste stukken op zijn plaats, Omonia deed precies dat. Tijdens het seizoen 2009-10, onder leiding van de nieuwe aanvoerder, Elias Charalambous, verloor Omonia geen enkele derby, inclusief play-offs wedstrijden tegen APOEL, Anorthosis Famagusta of Apollon.
Hoofdtrainer Takis Lemonis verliet de club na teleurstellende resultaten en Dušan Bajević werd de nieuwe coach in oktober 2010, maar werd ontslagen in april 2011. Hij werd vervangen door Neophytos Larkou. Omonia slaagde er niet in om opnieuw kampioen te worden tijdens het reguliere seizoen 2010-11, en moest genoegen nemen met de tweede plaats, ondanks de toevoeging van een andere jonge Cypriotische rijzende ster, Andreas Avraam. De club zou echter op een positieve noot eindigen: onder interim-coach Neophytos Larkou versloeg Omonia Apollon Limassol in de finale van de Cyprus Cup om hun 13e bekertitel te winnen.
Omonia beleefde een moeilijk jaar, maar won hun 14e beker met André Alves in de hoofdrol, die het winnende doelpunt scoorde tegen AEL Limassol. Onder leiding van de nieuw benoemde directeur voetbal Nickolas Danskalou, eindigde Omonia als tweede in het kampioenschap en derde na de play-offs, waardoor ze er bijna zeker van waren dat ze zich zouden kwalificeren voor de tweede ronde van de 2012-13 UEFA Europa League.
Financiële crisis (2012-2018)Edit
Hoofdtrainer Neophytos Larkou verliet de club in september 2012 en Toni Savevski werd vervolgens aangesteld als coach. Het team begon het seizoen met een grote overwinning, maar vond zijn tweede succes na een aantal wedstrijden. Een teleurstellende eerste ronde bleek genoeg om de club uit te sluiten van deelname aan het kampioenschap of de beker. In de tweede ronde boekte de ploeg betere resultaten en eindigde het seizoen op de derde plaats. Duizenden fans gaven gehoor aan de oproep van de voorzitter om zoveel mogelijk te doneren en de financiële situatie van de club verbeterde. De laatste wedstrijd van Omonia eindigde in een 3-1 overwinning op AEK Larnaca. Omonia werd in de halve finale van de beker uitgeschakeld door AEL Limassol.
In 2013 begon Omonia het nieuwe seizoen met Savevski als manager, maar hij werd halverwege ontslagen naast positieve resultaten. Miguel Ángel Lotina werd ingehuurd als vervanger, maar werd slechts 37 dagen later ontslagen. Kostas Kaiafas, ex-speler, werd toen aangesteld als de nieuwe coach. De financiële moeilijkheden van de club keerden terug ondanks de massale geldinzameling van het vorige seizoen. Omonia eindigde als vijfde in de competitie, het slechtste seizoen in 56 jaar sinds 1957-58.
In augustus 2014 werd Omonia uit de play-offfases van de Europa League gekegeld door Dynamo Moskou. De club diende een klacht in bij de UEFA over de scheidsrechterlijke beslissing in de wedstrijd door Alexandru Tudor. Begin september stopte de club met het leveren van kaartjes aan de supportersgroep Gate-9, waardoor de groep niet meer aan wedstrijden deelnam. Twee weken later, na een ontmoeting tussen de voorzitter en de coach, werd besloten opnieuw tickets te leveren aan Gate-9. Omonia eindigde als vierde in de competitie. Het team werd in de halve finale van de Cypriotische beker uitgeschakeld door APOEL.
Het team eindigde de campagne 2015-16 op de 4e plaats. Tijdens dit seizoen bereikte het de finale van de Cypriotische Cup, maar verloor van Apollon Limassol. In het seizoen 2016-17 eindigde de club op de 5e plaats. Dit betekende dat de club voor de 1e keer in 15 jaar niet in staat zou zijn om Europese kwalificatiewedstrijden te spelen.Na een algemene vergadering aan het einde van het seizoen werd Antonis Tzionis gekozen als de nieuwe clubpresident.Terwijl de 2017-18-campagne met hoge verwachtingen begon, eindigde Omonia het seizoen op de 6e plaats. Het seizoen was het slechtste in de geschiedenis van de club in termen van nederlagen en tegendoelpunten. Desondanks verkocht de club tijdens het seizoen in totaal 95.222 kaartjes, meer dan elk ander team in de competitie.
Papastavrou-tijdperk (2018-heden)Edit
De neergang van de voetbalafdeling van de club en de financiële problemen waarmee de club kampte, overtuigden velen ervan dat er een verandering nodig was in de manier waarop de club werd geleid. In mei 2018 werd een algemene vergadering bijeengeroepen en stemden de leden om de voetbalafdeling over te dragen aan Stavros Papastavrou, een in Amerika gevestigde Cypriotische zakenman. Papastavrou is van plan om de komende jaren 5 miljoen euro in de club te investeren en zal meer investeren gedurende de periode van 20 jaar dat hij de leiding zal hebben. Hij heeft verklaard dat hij geld beschikbaar zal stellen voor de ontwikkeling van de academies en trainingsvelden van de club en dat de mogelijke bouw van een nieuw stadion zal worden overwogen.
Sommige fans spraken hun afkeuring uit over de stap om de voetbalclub om te vormen tot een club met winstoogmerk. Gate 9, de supportersgroep van de club, verklaarde dat het besluit inging tegen de traditioneel linkse idealen van Omonia en dat het de voetbalafdeling van de club niet langer zou steunen.
De club eindigde de 2018-19-campagne op de 6e plaats en werd in de tweede ronde uit de Cypriotische beker geklopt door Apollon Limassol. Manager Yannis Anastasiou werd in juni 2019 vervangen door Henning Berg.Het Cypriotische seizoen 2019-20 werd in maart 2020 gestaakt als gevolg van de COVID-19-pandemie. Op het moment van de stopzetting stond Omonoia gelijk met Anorthosis Famagusta op punten, maar werd als eerste gerangschikt vanwege een beter head-to-head record en kwalificeerde zich zo voor de eerste kwalificatieronde van het UEFA Champions League-seizoen 2020-21.