Em 11 de novembro de 1988, a polícia indagou após o desaparecimento do inquilino Alberto Montoya, um homem com deficiência de desenvolvimento, com esquizofrenia, cuja assistente social o tinha denunciado como desaparecido. Depois de repararem na terra perturbada na propriedade, descobriram o corpo do inquilino Leona Carpenter, 78. Sete corpos foram eventualmente encontrados enterrados na propriedade.
Puente foi acusado de um total de nove assassinatos: O namorado de Puente, Everson Gillmouth, 77, e oito inquilinos que viviam na pensão: Ruth Munroe, 61; Leona Carpenter, 78; Alvaro “Bert/Alberto” Gonzales Montoya, 51; Dorothy Miller, 64; Benjamin Fink, 55; James Gallop, 62; Vera Faye Martin, 64; e Betty Palmer, 78.
Durante a investigação inicial, Puente não foi imediatamente suspeita, e ela foi autorizada a sair da propriedade, ostensivamente para comprar uma xícara de café num hotel próximo. Em vez disso, após comprar o café, ela fugiu imediatamente para Los Angeles, onde fez amizade com uma aposentada idosa que conheceu em um bar. A aposentada, no entanto, reconheceu-a das reportagens policiais na televisão e chamou as autoridades.
O julgamento de Puente foi transferido para o Condado de Monterey, Califórnia, em uma moção de mudança de local apresentada por seus advogados, Kevin Clymo e Peter Vlautin III. O julgamento começou em outubro de 1992 e terminou um ano depois. O promotor, John O’Mara, foi o supervisor dos homicídios no gabinete do Procurador do Condado de Sacramento.
O’Mara chamou mais de 130 testemunhas; argumentou ao júri que Puente tinha usado comprimidos para dormir para pôr os seus inquilinos a dormir, depois sufocou-os, e contratou condenados para cavar os buracos no seu quintal. Clymo concluiu seu argumento final mostrando uma imagem comumente usada em psicologia que pode ser vista de diferentes maneiras e dizendo “Tenha em mente que as coisas nem sempre são como parecem”. O júri deliberou durante um mês e acabou por considerar Puente culpado de três homicídios. O júri estava bloqueado 11 a 1 para condenação em todas as acusações, e o único que se aguentou finalmente concordou com a condenação de dois homicídios de primeiro grau, incluindo circunstâncias especiais, e um homicídio de segundo grau. A fase da pena da acusação foi destacada pelas suas condenações anteriores introduzidas por O’Mara.
A defesa chamou várias testemunhas que mostraram que Puente tinha um lado generoso e atencioso para com ela. Testemunhas, incluindo sua filha há muito perdida, testemunharam como Puente os ajudou em sua juventude e os guiou para carreiras de sucesso. Especialistas em saúde mental testemunharam a educação abusiva de Puente e como ela a motivou a ajudar os menos afortunados. Ao mesmo tempo, concordaram que ela tinha um lado mau causado pelo stress de cuidar de seus inquilinos.
O argumento final de O’Mara centrou-se nos atos de assassinato de Puente:
Alguém se torna responsável por sua conduta neste mundo? … Estas pessoas eram seres humanos, tinham o direito de viver – não tinham muitos bens – não tinham casas – só os seus cheques da segurança social e as suas vidas. Ela levou tudo… A morte é a única penalidade apropriada.
Clymo respondeu evocando Dorothea a criança e a pessoa que cuida dela. Peter Vlautin dirigiu-se aos jurados em tons confidenciais, contrastando com os gritos de O’Mara:
Estamos aqui hoje para determinar uma coisa: Qual é o valor da vida de Dorothea Puente? Essa é a questão. Será que ela tem de ser morta?” Vlautin falou gentilmente sobre a infância de Puente tocando nos aspectos traumáticos que moldaram sua vida e instou os jurados a verem o mundo através de seus olhos. “Já ouviram falar do desespero que foi a base da vida dela, da raiva e do ressentimento… Se alguém na sala do júri lhes disser que não foi assim tão mau, perguntem-lhes se querem que isso aconteça a vocês mesmos. Quereria que isso acontecesse aos seus filhos? … Sou levado a acreditar que se há alguma razão para vivermos aqui nesta Terra, é para de alguma forma melhorarmos a humanidade uns dos outros, para nos amarmos, para nos tocarmos uns aos outros com bondade, para sabermos que fizemos apenas uma pessoa respirar mais facilmente, porque vivemos. Submeto-me a vós, senhoras e senhores, por isso é que estas pessoas vieram testemunhar a favor de Dorothea Puente… Eu acho que vocês só podem realmente entender porque tantas pessoas testemunharam e pediram para poupar a vida de Dorothea somente se vocês já caíram e tropeçaram no caminho da vida e mandaram alguém pegar vocês, dar-lhes conforto, dar-lhes amor, mostrar-lhes o caminho. Então você vai entender porque essas pessoas acreditam que vale a pena salvar a vida de Dorothea. Isso é atenuante. Essa é uma qualidade humana que merece ser preservada. É uma chama da humanidade que ardeu dentro de Dorothea desde que ela era jovem… Isso é motivo para dar vida a Dorothea Puente sem a possibilidade de liberdade condicional.