W dniu 11 listopada 1988 roku, policja prowadziła dochodzenie w sprawie zaginięcia lokatora Alberto Montoya, niepełnosprawnego rozwojowo mężczyzny ze schizofrenią, którego zaginięcie zgłosił pracownik socjalny. Po zauważeniu zaburzonej gleby na posesji, odkryto ciało 78-letniej Leony Carpenter. Ostatecznie znaleziono siedem ciał zakopanych na terenie posiadłości.
Puente został oskarżony o popełnienie łącznie dziewięciu morderstw: Chłopak Puente, Everson Gillmouth, lat 77, oraz ośmiu lokatorów, którzy mieszkali w pensjonacie: Ruth Munroe, lat 61; Leona Carpenter, lat 78; Alvaro „Bert/Alberto” Gonzales Montoya, lat 51; Dorothy Miller, lat 64; Benjamin Fink, lat 55; James Gallop, lat 62; Vera Faye Martin, lat 64; i Betty Palmer, lat 78.
Podczas początkowego śledztwa Puente nie była od razu podejrzaną i pozwolono jej opuścić posiadłość, rzekomo w celu kupienia filiżanki kawy w pobliskim hotelu. Zamiast tego, po zakupie kawy, natychmiast uciekła do Los Angeles, gdzie zaprzyjaźniła się ze starszym emerytem, którego poznała w barze. Emeryt jednak rozpoznał ją z raportów policyjnych w telewizji i wezwał władze.
Proces Puente został przeniesiony do Monterey County w Kalifornii na wniosek o zmianę miejsca procesu złożony przez jej adwokatów, Kevina Clymo i Petera Vlautina III. Proces rozpoczął się w październiku 1992 roku i zakończył się rok później. Prokurator, John O’Mara, był przełożonym wydziału zabójstw w biurze prokuratora okręgowego hrabstwa Sacramento.
O’Mara powołał ponad 130 świadków; przekonywał ławę przysięgłych, że Puente używała środków nasennych, aby uśpić swoich lokatorów, następnie ich dusiła, a do kopania dołów na swoim podwórku zatrudniła skazańców. Clymo zakończył swoją mowę końcową pokazując powszechnie stosowany w psychologii obraz, który można postrzegać na różne sposoby i mówiąc: „Pamiętajcie, że rzeczy nie zawsze są takie, jakimi się wydają”. Ława przysięgłych obradowała ponad miesiąc i ostatecznie uznała Puente za winnego trzech morderstw. Ława przysięgłych była jednomyślna w stosunku 11 do 1 w sprawie skazania za wszystkie zarzuty, a jedyna osoba, która się wstrzymała, ostatecznie zgodziła się na skazanie za dwa morderstwa pierwszego stopnia z uwzględnieniem szczególnych okoliczności oraz za jedno morderstwo drugiego stopnia. Faza karna oskarżenia została uwypuklona przez wcześniejsze wyroki skazujące przedstawione przez O’Marę.
Obrona powołała kilku świadków, którzy wykazali, że Puente miała wspaniałomyślną i troskliwą stronę. Świadkowie, w tym jej dawno niewidziana córka, zeznali, że Puente pomagała im w młodości i prowadziła ich do udanej kariery. Eksperci ds. zdrowia psychicznego zeznali, że Puente była źle wychowana i że to motywowało ją do pomagania mniej szczęśliwym. Jednocześnie zgodzili się, że miała złą stronę wywołaną stresem związanym z opieką nad podupadłymi lokatorami.
O’Mara w swojej mowie końcowej skupił się na czynach Puente związanych z morderstwem:
Czy ktoś staje się odpowiedzialny za swoje postępowanie na tym świecie? … Ci ludzie byli istotami ludzkimi, mieli prawo do życia – nie mieli zbyt wiele dóbr – żadnych domów – żadnych samochodów – tylko swoje czeki socjalne i swoje życie. Ona to wszystko zabrała… Śmierć jest jedyną odpowiednią karą.
Clymo w odpowiedzi przywołał Dorotheę – dziecko i opiekunkę. Peter Vlautin zwrócił się do przysięgłych w poufnym tonie, kontrastującym z krzykiem O’Mara:
Jesteśmy tu dziś po to, by ustalić jedną rzecz: Jaka jest wartość życia Dorothei Puente? To jest pytanie. Czy ona musi zostać zabita?” Vlautin mówił delikatnie o dzieciństwie Puente dotykając traumatycznych aspektów, które ukształtowały jej życie i nakłaniał przysięgłych do spojrzenia na świat jej oczami. „Słyszeliście o rozpaczy, która była fundamentem jej życia, o gniewie i urazie…Jeśli ktokolwiek na sali przysięgłych powie wam, że nie było tak źle, zapytajcie go, czy chcielibyście, żeby to spotkało was samych? Czy chcielibyście, żeby to spotkało wasze dzieci? … Jestem przekonany, że jeśli istnieje jakiś powód, dla którego żyjemy na tej Ziemi, to jest nim to, by w jakiś sposób wzmacniać wzajemnie swoje człowieczeństwo, by kochać, by dotykać się nawzajem z dobrocią, by wiedzieć, że choć jednej osobie ułatwiłeś oddychanie, bo żyłeś. Dlatego właśnie, panie i panowie, ci ludzie przyszli złożyć zeznania w sprawie Dorothei Puente… Myślę, że możecie naprawdę zrozumieć, dlaczego tak wiele osób złożyło zeznania i prosiło was o darowanie życia Dorothei, tylko wtedy, gdy kiedykolwiek upadliście i potknęliście się na drodze życia i ktoś was podniósł, pocieszył, obdarzył miłością, wskazał drogę. Wtedy zrozumiecie, dlaczego ci ludzie uważają, że życie Dorothei jest warte ocalenia. To jest łagodzące. To jest ludzka cecha, która zasługuje na zachowanie. To płomień człowieczeństwa, który płonął w Dorothei od najmłodszych lat… To jest powód, by dać Dorothei Puente dożywocie bez możliwości zwolnienia warunkowego.