Então e agora: uso do sequenciamento do gene 16S rDNA para identificação bacteriana e descoberta de novas bactérias em laboratórios de microbiologia clínica – PubMed

Na última década, como resultado do uso generalizado do PCR e sequenciamento de DNA, o sequenciamento do 16S rDNA desempenhou um papel fundamental na identificação precisa de isolados bacterianos e na descoberta de novas bactérias em laboratórios de microbiologia clínica. Para a identificação bacteriana, a sequenciação do 16S rDNA é particularmente importante no caso de bactérias com perfis fenotípicos incomuns, bactérias raras, bactérias de crescimento lento, bactérias não cultiváveis e infecções negativas em cultura. Não só fornece conhecimentos sobre as etiologias das doenças infecciosas, como também ajuda os clínicos na escolha dos antibióticos e na determinação da duração do tratamento e dos procedimentos de controlo das infecções. Com o uso da sequência de 16S rDNA, 215 novas espécies bacterianas, 29 das quais pertencem a novos gêneros, foram descobertas a partir de espécimes humanos nos últimos 7 anos do século 21 (2001-2007). Cem das 215 espécies novas, 15 pertencendo a gêneros novos, foram encontradas em quatro ou mais indivíduos. O maior número de espécies novas descobertas foram dos gêneros Mycobacterium (n = 12) e Nocardia (n = 6). Os espécimes relacionados à cavidade oral/dentária (n = 19) e ao trato gastrointestinal (n = 26) foram os locais mais importantes para a descoberta e/ou reservatórios de novas espécies. Entre as 100 espécies novas, Streptococcus sinensis, Laribacter hongkongensis, Clostridium hathewayi e Borrelia spielmanii foram mais bem caracterizadas, com os reservatórios e rotas de transmissão documentados, e S. sinensis, L. hongkongensis e C. hathewayi foram encontrados globalmente. Um dos maiores obstáculos em colocar 16S rDNA sequenciados em uso rotineiro em laboratórios de microbiologia clínica é a automação da tecnologia. A única etapa que pode ser automatizada no momento é a entrada da sequência 16S rDNA do isolado bacteriano para identificação em um dos pacotes de software que irá gerar o resultado da identidade do isolado com base na sua base de dados de sequências. Contudo, os estudos sobre a precisão dos pacotes de software têm dado resultados muito variados, e a interpretação dos resultados continua a ser difícil para a maioria dos técnicos, e mesmo para microbiologistas clínicos. Para utilizar plenamente a sequência 16S rDNA em microbiologia clínica, são necessárias melhores directrizes para a interpretação dos resultados de identificação, e são necessários métodos adicionais/suplementares para as espécies bacterianas que não podem ser identificadas com confiança apenas pela sequência 16S rDNA.