Ahora y antes: uso de la secuenciación del gen del ADNr 16S para la identificación bacteriana y el descubrimiento de nuevas bacterias en los laboratorios de microbiología clínica

En la última década, como resultado del uso generalizado de la PCR y la secuenciación del ADN, la secuenciación del ADNr 16S ha desempeñado un papel fundamental en la identificación precisa de los aislados bacterianos y el descubrimiento de nuevas bacterias en los laboratorios de microbiología clínica. Para la identificación de bacterias, la secuenciación del ADNr 16S es especialmente importante en el caso de bacterias con perfiles fenotípicos inusuales, bacterias raras, bacterias de crecimiento lento, bacterias no cultivables e infecciones con cultivos negativos. No sólo ha permitido conocer las etiologías de las enfermedades infecciosas, sino que también ayuda a los médicos a elegir los antibióticos y a determinar la duración del tratamiento y los procedimientos de control de la infección. Gracias a la secuenciación del ADNr 16S, en los últimos siete años del siglo XXI (2001-2007) se han descubierto 215 nuevas especies bacterianas, 29 de las cuales pertenecen a nuevos géneros. Cien de las 215 nuevas especies, 15 pertenecientes a nuevos géneros, se han encontrado en cuatro o más sujetos. El mayor número de especies nuevas descubiertas fueron de los géneros Mycobacterium (n = 12) y Nocardia (n = 6). La cavidad oral/los especímenes relacionados con los dientes (n = 19) y el tracto gastrointestinal (n = 26) fueron los lugares más importantes para el descubrimiento y/o los reservorios de nuevas especies. Entre las 100 nuevas especies, Streptococcus sinensis, Laribacter hongkongensis, Clostridium hathewayi y Borrelia spielmanii son las que se han caracterizado más exhaustivamente, con los reservorios y las vías de transmisión documentados, y S. sinensis, L. hongkongensis y C. hathewayi se han encontrado a nivel mundial. Uno de los mayores obstáculos para poner la secuenciación del ADNr 16S en uso rutinario en los laboratorios de microbiología clínica es la automatización de la tecnología. El único paso que puede automatizarse por el momento es la introducción de la secuencia de ADNr 16S del aislado bacteriano para su identificación en uno de los paquetes de software que generará el resultado de la identidad del aislado a partir de su base de datos de secuencias. Sin embargo, los estudios sobre la precisión de los paquetes de software han dado resultados muy variados, y la interpretación de los resultados sigue siendo difícil para la mayoría de los técnicos, e incluso para los microbiólogos clínicos. Para utilizar plenamente la secuenciación del ADNr 16S en microbiología clínica, se necesitan mejores directrices para la interpretación de los resultados de la identificación, y son necesarios métodos adicionales/suplementarios para las especies bacterianas que no pueden identificarse con seguridad sólo mediante la secuenciación del ADNr 16S.