Den 8 oktober 2010 inledde den nicaraguanska regeringen åtgärder för att muddra 33 kilometer av San Juan-floden, under ledning av befälhavare Edén Pastora. Den 20 oktober klagade Costa Ricas regering till de nicaraguanska myndigheterna över en påstådd kränkning av dess suveränitet, eftersom nicaraguanska trupper hade trängt in på costaricanskt territorium. Costa Ricas regering sade att muddringen av floden orsakade miljöskador i våtmarkerna på Isla Calero, som är en del av öns naturreservat, i ett område som ägs av Costa Ricas miljöministerium. Nicaragua avvisade alla påståenden och svarade att costaricanerna i själva verket hade invaderat dess territorium, och Nicaraguas vicepresident kommenterade att ”vi kan inte invadera vårt eget territorium”. Costa Ricas regering svarade med att skicka 70 polisförstärkningar till gränsområdet den 22 oktober. Nicaragua stationerade cirka 50 soldater på ön.
Enligt en costaricansk tidning rättfärdigade Edén Pastora sitt agerande utifrån gränsen enligt Google Maps och behovet av att bekämpa narkotikahandeln. Pastora förnekade dock att han gjort några påståenden om att han förlitat sig på Google Maps för att fastställa gränsen, och sade till den nicaraguanska pressen att hans uppfattning om gränsen baserades på originaltexten i Cañas-Jerez-fördraget från 1858. En företrädare för Google Latinamerika uppgav att även om ”Google maps är av mycket hög kvalitet och Google arbetar ständigt för att förbättra och uppdatera befintlig information, bör de under inga omständigheter användas som en referens för att besluta om militära åtgärder mellan två länder”. Han tillade: ”I det här fallet har Google fastställt att det fanns en felaktighet i utformningen av gränsen mellan Costa Rica och Nicaragua och arbetar för att uppdatera informationen så snabbt som möjligt”. Gränsskildringen korrigerades senare av Google på Google Earth och i Google Maps.
Båda länderna tog olika tillvägagångssätt för att lösa frågan. Nicaragua hävdade att det var en gränstvist som borde lösas av Internationella domstolen, medan Costa Rica hävdade att det var ett militärt intrång och att Amerikanska staternas organisation (OAS) borde lösa frågan.
OAS generalsekreterare José Miguel Insulza träffade båda regeringarna och inspekterade konfliktområdet. Han uppmanade sedan båda länderna att ta bort alla trupper och all säkerhetspersonal från det omtvistade området som ett första steg mot att inleda en dialog för att lösa situationen fredligt och avgränsa gränsen för att förhindra ytterligare konflikter. Costa Rica gick med på dessa villkor, men Nicaragua vägrade att ta bort sina trupper. Vid ett möte den 12 november godkände OAS-ambassadörerna med röstsiffrorna 22 mot 2 en resolution där man begärde att Costa Rica och Nicaragua skulle dra tillbaka sina trupper från ett konfliktområde längs deras gemensamma gräns och föra samtal för att lösa sin tvist. Nicaraguas president Daniel Ortega förkastade möjligheten att dra tillbaka trupperna och struntade i OAS-resolutionen eftersom hans regering ansåg att denna organisation inte har behörighet att lösa gränstvister. På samma presskonferens meddelade president Ortega sin avsikt att lämna in en ansökan till Internationella domstolen för att få tillstånd att navigera på den costaricanska Coloradofloden.
På den politiska sidan kritiserade vissa kommentatorer Daniel Ortega för att han påstods ha utnyttjat denna fråga för att främja sitt omval. Costa Ricas president Laura Chinchilla kritiserades av den tidigare presidenten Óscar Arias för sin naiva hantering av situationen.
Den 18 november 2010 väckte Costa Rica talan mot Nicaragua vid Internationella domstolen. I klagomålet hävdades att Nicaraguas armé gjort intrång på, ockuperat och använt sig av costaricanskt territorium, brutit mot Nicaraguas fördragsförpliktelser gentemot Costa Rica och ”pågående och planerad muddring och byggandet av kanalen (som) allvarligt kommer att påverka vattenflödet till Coloradofloden i Costa Rica och orsaka ytterligare skador på costaricanskt territorium, inklusive våtmarkerna och de nationella skyddade områdena för vilda djur och växter som finns i regionen”. Costa Rica lämnade också in en begäran om provisoriska åtgärder, inklusive tillbakadragande av alla nicaraguanska trupper från ön, upphörande av byggandet av en kanal genom costaricanskt territorium, omedelbart upphörande av dumpning av sediment på costaricanskt territorium och omedelbart upphörande av trädfällning, avlägsnande av vegetation och jord från costaricanskt territorium, inklusive dess våtmarker och skogar. Samma dag godkände OAS med 22 röster mot 1 (och 7 nedlagda röster) en begäran från Costa Rica om att sammankalla ett rådgivande möte med OAS utrikesministrar för att analysera situationen mellan Costa Rica och Nicaragua i gränsområdet vid San Juan-floden. Mötet ägde rum den 7 december 2010.
I mars 2011 beslutade Internationella domstolen preliminärt att Costa Rica och Nicaragua båda måste avstå från att sända eller upprätthålla civila, säkerhetsstyrkor eller polis i detta omtvistade gränsområde, men att Costa Rica fick tillåtelse att sända civila team som sysslar med miljöfrågor. Nicaraguas muddring i själva San Juan-floden fick fortsätta eftersom Nicaragua har suveränitet över själva floden.
Senare uppstod en tvist om en väg som Costa Rica byggde vid gränsen mot Nicaragua. Nicaragua hävdade att våtmarker och nationalparker skadades. Costa Rica hävdade dock att den var nödvändig för att skydda sig mot ”sandinisterna” och för att tillhandahålla elektricitet och andra behov för människor som bor på en avlägsen plats, för vilka den enda tidigare transitmetoden var med båt i San Juan-floden.
En anmärkning för förtydligande: konflikten äger inte rum på Isla Calero, med 151.6 km2, utan på Isla Portillos (belägen norr om Calero) som är den åttonde största ön i Costa Rica (16,8 km2), inklusive Refugio Nacional de Vida Silvestre Corredor Fronterizo Norte , enligt verkställande dekret nr 23248-MIRENEN av den 18 maj 1994. Isla Portillos har av nicaraguaner och costaricaner, inklusive press och regeringar i båda länderna, förväxlats med den större Isla Calero. Trots detta har konflikten blivit känd som ”konflikten kring ön Calero”.