Ett alternativt tillvägagångssätt för miljöreglering är en kommando- och kontrollmetod. Denna är mycket mer normativ än marknadsbaserade styrmedel. Styrande och kontrollerande regleringsinstrument omfattar utsläppsnormer, specifikationer för processer/utrustning, begränsningar av input/output/utsläpp, krav på offentliggörande av information och revisioner. Styrande och kontrollerande metoder har kritiserats för att de begränsar tekniken, eftersom det inte skulle finnas något incitament för företagen att förnya sig. Empiriska studier har visat motsatsen; externa prisförändringar kan leda till innovation eftersom företagen tvingas ta itu med marknadsmisslyckandet med underinvesteringar.
Marknadsbaserade instrument föreskriver inte att företagen ska använda viss teknik eller att alla företag ska minska sina utsläpp med samma mängd, vilket ger företagen större flexibilitet när det gäller hur de ska hantera föroreningar. Styrande och kontrollerande metoder kan dock vara fördelaktiga som utgångspunkt, när tillsynsmyndigheterna står inför ett betydande problem men har för lite information för att stödja ett marknadsbaserat instrument. Styr- och kontrollmetoder kan också vara att föredra när tillsynsmyndigheterna står inför en tunn marknad, där de begränsade potentiella handelspoolerna innebär att vinsterna med ett marknadsbaserat instrument inte skulle överstiga kostnaderna (ett nyckelkrav för en framgångsrik marknadsbaserad metod).
Marknadsbaserade instrument kan också vara olämpliga när man hanterar utsläpp med lokal påverkan, eftersom handeln skulle begränsas till att gälla inom den aktuella regionen. De kan också vara olämpliga när det gäller utsläpp med globala effekter, eftersom det kan vara svårt att uppnå internationellt samarbete.
Av olika skäl motsatte sig miljöförespråkare till en början användningen av marknadsbaserade instrument utom under mycket begränsade förhållanden. Efter den framgångsrika användningen av fritt handlade krediter i samband med blyavvecklingen i USA insåg dock miljöförespråkarna att handelsmarknader också har fördelar för miljön. Sedan dess har miljöförespråkare, med början i förslaget om marknaden för utsläppsrätter för surt regn, stött användningen av handel i en rad olika sammanhang.