Nova har kritiserats för att inte alltid utvärdera författare genom den akademiska peer review-processen och för att återpublicera gamla public domain-bokkapitel och fritt tillgängliga myndighetsrapporter till höga priser. Denna kritik fick bibliotekarien Jeffrey Beall att skriva att Nova Science Publishers enligt honom tillhörde ”bottenskiktet” bland förlagen.
En nyligen genomförd undersökning av nationella och internationella databaser över vetenskapliga bokförlag (inklusive Book Citation Index, Scopus, CRIStin, JUFO, VIRTA och SPI) identifierade Nova som en av en ”kärna av förlag som är indexerade i alla fem” av de undersökta informationssystemen. Denna ”kärna” innehöll 46 av de 3 765 identifierade förlagen.
I en rapport från 2011 om 21 internationella samhällsvetenskapliga bokförlag som fastställde penetrationen på de internationella marknaderna och omnämnandet av böcker i internationella vetenskapliga indexsystem som Cambridge Scientific Abstracts, kom Nova Science Publishers på 17:e plats av 21. I en rankingstudie av bokförlag från 2017 rankades Nova Science Publishers högt när det gäller antalet publicerade böcker, men nära botten när det gäller antalet citeringar per bok. En rapport från 2018 av samma författare visar nu att Nova rankas bland den övre halvan av 51 för 1.företagets övergripande globala ställning, 2.företaget som en faktor på marknaden, 3.företagets inverkan på den globala politiska och ekonomiska debatten, 4.framgångsrik distribution av bästsäljare, 5.inverkan på forskarsamhället, 6.framgångsrik distribution av produktion till mer än 50 globala Worldcat-bibliotek, 7.produktion under de senaste fem åren, 8.enastående akademisk kvalitet. Men också från och med 2018 har Nova tagits bort från den norska listan över godkända vetenskapliga publiceringskanaler (Norwegian Register for Scientific Journals, Series and Publishers).