De relativa rollerna för extrakorporeal stötvågslitotripsy och perkutan nefrostolithotomi debatteras för närvarande. Båda behandlingsmetoderna är tillämpliga på de flesta stenar i övre urinvägarna. Det finns dock några viktiga skillnader mellan de två teknikerna. Överlag är extrakorporeal stötvågslitotripsy förknippad med betydligt lägre morbiditet än perkutan nefrostolithotomi, men andelen stenfria är lägre för extrakorporeal stötvågslitotripsy än för perkutan nefrostolithotomi. Denna skillnad är liten för njurar med minimal stenbelastning men ökar i direkt proportion till ökande stenbelastning. Morbiditeten vid extrakorporeal stötvågslitotripsy ökar också med ökande stenbelastning. Vid behandling av staghornstenar är morbiditeten för båda teknikerna jämförbar, men den stenfria andelen är betydligt bättre med perkutan nefrostolitotomi.
Behandling med extrakorporeal stötvågslitotripsy ger upphov till förändringar i njuren som liknar dem som uppstår vid njurtrauma, och som främst består av intraparenkymal och perirenal blödning och ödem. Medan de akuta effekterna av extrakorporeal stötvågslitotripsy tolereras väl av de flesta patienter, är de långsiktiga följderna av denna behandlingsform inte väl etablerade. Potentiella negativa långtidseffekter som rapporterats är förlust av njurfunktion, hypertoni och ökad förekomst av nya stenar. Effekten av chockvågor på njurparenkymet hos försöksdjur är dosberoende (antal chockvågor). Magnetisk resonanstomografi av patienter som behandlats med extrakorporeal stötvågslitotripsy visar morfologiska avvikelser i eller runt njuren i 63 till 85 procent av fallen (genomsnittligt antal stötvågor 1 200). Trots dessa observationer har de säkra gränserna för extrakorporeal stötvågslitotripsi hos människor ännu inte fastställts. Ytterligare studier om denna fråga och de potentiella skadliga långtidseffekterna av extrakorporeal stötvågslitotripsy behövs snarast.