Fall 1
En patient med matstrupscancer som fick diagnosen S. haliotis lunginflammation.
En 68-årig manlig patient togs in på folkets sjukhus i staden Liaocheng, Kina, den 24 juli 2016 på grund av ”hematemesis i 4 timmar”. Han hade fått diagnosen operation av esofaguscancer i mer än 2 år. Hans intagna fysiska undersökningar var kroppstemperatur 36,3 °C, puls 92 slag/min, andning 22 gånger/min och blodtryck 135/80 mmHg. Icke-palpabel förstoring av bilaterala hals- och supraklavikulära lymfkörtlar, trakea i mitten, bröstsymmetri, synliga ärr på höger bröstkorg, klart perkussionsljud vid dubbellunga, auskultation av grovt andningsljud, inga torra och fuktiga rallar, regelbunden rytm, perkussion ingen smärta i njurområdet, negativ för skiftande dullness och tarmljud på 3 gånger/min. Hans inskrivningsdiagnos var esofaguscancer efter operation och hypertoni. Vid intagningen utfördes tilläggsundersökningar för att fastställa källan till hematemesis. Den smärtfria gastroskopin utfördes, men inga uppenbara avvikelser observerades. Den smärtfria bronkoskopiska undersökningen avslöjade en blödning i det bakre basala segmentet av den vänstra nedre loben. Borstningspatologi visade inga uppenbara tumörceller. Thorakal och abdominal förstärkt datortomografi visade att han hade esofagal kirurgi, bronkit och emfysem, mittlob av höger lunga knölar, höger övre lob och vänster nedre lob interstitiella lesioner och den nedre loben av vänster lunga inflammation. Han fick medicin (3 g cefoperazon/sulbactam administrerades två gånger om dagen i sex dagar) och behandling av cancerbekämpning, antiinflammatorisk behandling, rehydrering och hemostas. Efter sex dagars behandling förbättrades hans symtom och patienten skrevs ut från sjukhuset.
Bronchoalveolär lavagevätska (BALF) samlades upp när han fick smärtfri bronkoskopisk undersökning och cellantalet var över 104 cfu/ml. Provet stråkinokulerades på blodagarmedium för bakterieodling. Stammar med olika fenotypiska egenskaper på blodplattor isolerades och identifierades som S. algae, Escherichia coli och Klebsiella pneumoniae med VITEK 2-systemet med hjälp av ID-GN-kortet (boiMérieux). Eftersom endast två Shewanella-arter, S. putrefaciens och S. algae, registrerades i VITEK 2-systemets databas, amplifierades 16S rRNA-gensekvensen genom en PCR som beskrivits tidigare . PCR-produkten sekvenserades och nukleotidsekvensen har deponerats i GenBank under anslutningsnumret MF589233. BLAST-analysen av 16S rRNA-gensekvensen i GenBank visade en likhet på 99,0 % med typstammen av S. haliotis DW01 (anslutningsnummer NR_117770.1). Ytterligare fylogenetisk analys med alla typsekvenser av Shewanella-arter som finns i GenBank-databasen bekräftade att stammen identifierades som en art av S. haliotis (LC2016-1 i figur 1).
Fygenetiskt träd som konstruerats med hjälp av neighbour-joining-metoden baserat på nukleotidsekvenserna av 16S rRNA-genen. Det fylogenetiska trädet konstruerades från en anpassning på 1427 nt och alla kända typstammar av Shewanella-arter inkluderades. Siffror vid noderna anger bootstrapvärden (procentandel av 1000 replikat). Streck, 10 substitutioner per nukleotidposition. Fet stil anger stammarna från fall I och II. GenBank-anslutningsnummer för 16S rRNA-gensekvenser stod inom parentes. Den svarta triangeln bestod av femtiofyra Shewanella-arter. Artnamn och GenBank-anslutningsnummer för 16S rRNA-gensekvenser anges i Additional file 1: Table S1
För att ytterligare bekräfta bakteriesamhällets sammansättning och rikedom i BALF utsattes provet för 16S rRNA-amplikonsekvensering. Resultatet visade att bakteriesamhällets sammansättning omfattade släktena Shewanella (88,34 %), Escherichia (11,11 %) och Streptococcus (0,38 %), med flera, medan majoriteten av släktena var Shewanella.
Testning av antibiotikakänslighet utfördes med mikrodilutionsmetoden på Mueller-Hinton-buljong. Stammen var mottaglig för piperacillin/tazobactam (minimal inhibitorisk koncentration, MIC: 8 μg/ml), ceftazidim (1 μg/ml), cefepim (1 μg/ml), amikacin (2 μg/ml), gentamicin (1 μg/ml), imipenem (4 μg/ml), meropenem (4 μg/ml), men var resistent mot ciprofloxacin (8 μg/ml) och levofloxacin (8 μg/ml).
Fall 2
En patient med magsäckscancer som diagnostiserades med S. algae-bakteriemi.
En 56-årig man togs in på folkets sjukhus i staden Liaocheng, Kina, den 6, okt. 2016, på grund av ”obehag av smärta i övre delen av buken i en månad”. Hans intagna fysiska undersökning omfattade kroppstemperatur på 36,1 grader, puls på 72 slag/min, andning 18 gånger/min och blodtryck 140/90 mmHg. Upptäckt av icke-palpabel förstoring av bilaterala lymfkörtlar i halsen och supraklavikulära lymfkörtlar, platt buk, inga gastrointestinala eller peristaltiska vågor observerades. Mjuka bukmuskler, mild ömhet i övre delen av buken och ingen uppenbar reboundsmärta rapporterades. Hans lever och mjälte berörde inte under revbenet och ingen palpabel massa upptäcktes. Negativt för skiftande dullness, normala tarmljud och inga onormala av rektalundersökning upptäcktes. Gastroskopet visade på synliga sårskador vid hjärtat som involverade magsäckens fundus och magsäckens kropp. De patologiska resultaten visade på adenokarcinom. Hans intagningsdiagnoser var magsäckscancer och hypertoni.
Vid intagningen genomfördes hjälpundersökningen den 9 oktober 2016. Laparoskopi visade att han var i sent stadium tumörer utan radikal resektion. Han fick sedan intravenös och intraperitoneal kemoterapi, följt av allvarlig benmärgssuppression med blodkroppar och trombocyter betydligt lägre än normalt. Han fick ytterligare behandling med antiinfektion, näringsstöd, rehydrering, stimulering av granulopoies och symtomatisk behandling. Den 26 oktober 2016 hade patienterna andnöd, hjärtfrekvens och andra symtom med lungornas andningsljud grovt, och inga rallar, kalla lemmar. Han ansågs ha förekomst av septisk chock. Han fick icke-invasiv mekanisk ventilation och vätskeexpansion, kolloid, blodtransfusionsprodukter, antiinfektion (1 g imipenem administrerades var 8:e timme i 7 dagar), upprätthålla cirkulationen, syraundertryckning, leverskydd, näringsstöd, upprätthållande av vatten- och elektrolyt syra-basbalans, övervakning av blodtryck, hjärtfrekvens, andningsfunktion, timme urinvolym och blödning. Patienten hade en allvarlig infektion och förekomsten av syndrom med multipel organdysfunktion (andning, cirkulation, gastrointestinal, blod och njurar). Patienten och hans familjemedlemmar krävde automatisk utskrivning till hospicevård. Hans utskrivningsdiagnoser var multipel organdysfunktionssyndrom (andning, cirkulation, gastrointestinal, blod och njure), magcancer och högt blodtryck.
När han uppträdde i septisk chock togs prov på hans blododling för att separera bakterierna. Den mikrobiella tillväxten upptäcktes i både anaeroba och aeroba flaskor och den positivt rapporterade tiden var 8,1 respektive 11,9 timmar. Båda flaskorna gav en enhetlig gramnegativ bacill. Efter 24 timmars inkubation växte hemolytiska, oxidaspositiva gula kolonier på blodagar. Stammen identifierades som S. putrefaciens med hjälp av VITEK 2-systemet och ID-GN-kortet (boiMérieux). Stammens 16S rRNA-gensekvens har deponerats i GenBank (anslutningsnummer: MF589234). BLAST-analysen i GenBank visade en likhet på 100,0 % med S. upenei-stam VITVAGJ (anslutningsnummer KP090164.1). Ytterligare fylogenetisk analys med alla typsekvenser av Shewanella-arter som finns i GenBank-databasen bekräftade att stammen tillhörde arten S. upenei (LC2016-5 i figur 1). På dagen för blodprovstagningen samlades även hans peritoneala dräneringsvätska in och odlades med samma identifieringsmetoder, och resultaten av bakterieidentifiering och läkemedelskänslighet överensstämde med resultaten från blodet.
Antibiotikakänslighetstestning utfördes med mikrodilutionsmetod på Mueller-Hinton-buljong. Stammen var mottaglig för aztreonam (1 μg/ml), ceftazidim (1 μg/ml), cefepim (1 μg/ml), amikacin (2 μg/ml), gentamicin (1 μg/ml) och levofloxacin (1 μg/ml), men låg mellan imipenem (8 μg/ml), piperacillin/tazobactam (64 μg/ml) och ciprofloxacin (2 μg/ml).