Selektiv avverkning innebär att endast ett eller två trädslag tas bort från ett visst område. Som tidigare nämnts är selektiv avverkning en effektivare metod jämfört med kalhuggning, men det finns fortfarande negativa effekter. Selektiv avverkning i Amazonas regnskog har övergått från lågvolymskördar av en eller två arter till ett system som kan avverka flera arter och förbli lönsamt. Det är en av de många markanvändningsformerna i utvecklingen av gränsområden i Amazonas. Tillväxten av denna industri är dock inte korrelerad med effektiv förvaltning och bättre avverkningsteknik. Även om det finns många framsteg inom skogsförvaltningen, t.ex. avverkning med minskad inverkan (RIL), har de inte antagits i stor utsträckning. Flera anledningar till varför skadliga selektiva avverkningstekniker föredras framför RIL är bland annat: otydligt angivna äganderätter, höga statliga transaktionskostnader och brist på tillgänglig information om skogsförvaltningstekniker. RIL påverkar också föryngring av träd eftersom det skapar mindre luckor i trädkronorna som begränsar det naturliga ljuset som föryngrande träd behöver för att överleva.
Två sätt att få tillstånd att avverka skog i det brasilianska Amazonasområdet är genom politiskt reglerade skogsförvaltningsplaner och avskogning. Nästan 15 miljoner m3 virke registrerades genom dessa tillstånd mellan 2000 och 2004, men över 24 miljoner kubikmeter (850×106 kubikfot) registrerades mellan 1998 och 2004. En stor del av produktionen under dessa år kom från olaglig avverkning. Illegal avverkning leder till statliga skatteförluster och dålig ekonomisk utveckling inom avverkningsrelaterade sektorer. Dessutom leder olaglig avverkning till utarmade skogar, förlust av biologisk mångfald och ökad sannolikhet för bränder.
Den intensitet med vilken alla avverkningsverksamheter avverkar har en direkt effekt på det ekologiska framåtskridandet. Inledningsvis minskar skogens täckningsgrad till följd av selektiv avverkning, vilket leder till att skogstillväxten, de hydrologiska processerna och livsmedelsförsörjningen avtar. Förutom att förändra skogens struktur förändrar selektiv avverkning även kolcykeln och andra viktiga biogeokemiska processer som bidrar till att kontrollera och upprätthålla skogens produktivitet. Effekterna av selektiv skogsavverkning kan delas upp i tre huvudkomponenter: markskador till följd av avverkning, tidsmässiga mönster för spaltfraktionen inom varje kategori av markskador och tidsmässiga förändringar i spaltfraktionen till följd av fällda träd. Skogsöverståndets storlek är den integrerade effekten av flera skalberoende biofysikaliska egenskaper som ger information om trädkronans öppenhet efter selektiv avverkning. Stigar är den största bidragande orsaken till markskador, men timmerdäck och vägar var små komponenter i de totala markskadorna. Olika avverkningsmetoder och tekniker resulterar dock i olika nivåer av markskador. Trots liknande avverkningstekniker ger konventionella avverkningsmetoder mer markskador än avverkning med reducerad påverkan.
Selektiv avverkning är en av de många markanvändningarna i det brasilianska Amazonasområdet, men den ökar också människans tillgång till skogarna genom utvecklingen av en mängd avverkningsvägar. Dessa vägar ger lättare tillgång till avverkningsplatser men gör det också lättare för jägare att få tillgång till skogsmark, vilket minskar den biologiska mångfalden i skogen. Det är också troligt att skogsavverkning sker kring dessa vägar, eftersom enkel åtkomst ger större vinster. Detta leder till stora luckor och hög avskogningstakt. Sannolikheten för avskogning är oundvikligen högre för dåligt skötta selektiva avverkningar i skogarna än för dem som inte har det. Dessa ökade öppningar i trädkronorna leder till försämring och ökad brandkänslighet. Skogsfragmentering är också ett resultat av högintensiv avverkning i skogen. Effekterna av skogsavverkning i Brasiliens Amazonas resulterar i skogsfragmentering eftersom nya skogsområden produceras för antingen kalhuggning eller selektiv avverkning.
Nästan hälften av den selektiva avverkningen i Amazonas var olaglig i början av 2000-talet. Eftersom en stor del av avverkningsmetoderna var oreglerade, gjorde högskadliga utvinningsoperationer skogsmarken känslig för torka och bränder. I nyligen avverkade skogar är luckorna i trädkronorna störst i stockdäck, men den totala effekten på luckorna i skogen är försumbar på grund av däckens ringa yta.