Associerad personal:
- Kate Reardon, forskningsmikrobiolog
- Katherine Son, fysikalisk vetenskapstekniker
- Vacant, forskningsmedarbetare, mikrobiolog (jord)
- Vacant, laboratorietekniker
- ARS-SWCR-forskare
Samarbetspartners:
- Mark Mazzola, USDA-ARS Tree Fruit Research Lab, Wenatchee, WA
- David Brown, Washington State University, Pullman, WA
- Kristin Trippe, USDA-ARS Forage Seed and Cereal Research, Corvallis, OR
- Dick Smiley, Oregon State University, Adams, OR
- Marion Brodhagen, Western Washington University, Bellingham, WA
- Jeff McLean, J. Craig Venter Institute, La Jolla, CA
Aktuella forskningsprojekt
Mikrober i marken bidrar i hög grad till näringscykeln och tillgången på kväve i jordbruksmark. Min forskning är inriktad på hur odlingsstrategier påverkar de inhemska mikrobiella samhällena i marken och vilket inflytande odlingssystemen har på kväve- och koldynamiken. I ett försök att förstå dessa effekter använder vi molekylära tekniker för att kvantifiera och identifiera mikrober som bakterier, svampar, arkéer och nematoder som är viktiga för näringscykeln i jordbruksjordar. Vi analyserar också förändringar i förekomsten av gener som krävs för vissa mikrobiella funktioner, t.ex. kvävecykling. Genom att analysera de funktionella generna, t.ex. genen som kodar för ammoniakmonooxygenas som katalyserar det första steget i omvandlingen av ammoniak till nitrit, kan vi göra antaganden om hur hanteringsstrategier, t.ex. växtföljd eller kvävegödsling, påverkar den mikrobiella ammoniakoxidationen.
Den molekylärbiologiska kapaciteten är ny för USDA-ARS mikrobiologiprogrammet vid Pendleton och omfattar för närvarande DNA/RNA-extraktion, gelelektrofores, PCR (polymeraskedjereaktion), kvantitativ PCR, T-RFLP (för att fastställa förändringar i den mikrobiella mångfalden, terminal restriktionsfragmentlängds-polymorfism), DNA-sekvensering och DNA/RNA-kvantifiering med hjälp av fluorescens eller en Bioanalyzer.