Samma som andra kort-affinitets-taggar (His-tag, FLAG-tag) kan Strep-tag enkelt fusioneras till rekombinanta proteiner under subkloning av dess cDNA eller gen. För dess uttryck finns olika vektorer för olika värdorganismer (E. coli, jäst, insekter och däggdjursceller). En särskild fördel med Strep-taggen är dess ganska lilla storlek och det faktum att den är biokemiskt nästan inert. Därför påverkas inte proteinets veckning eller utsöndring och vanligtvis stör den inte heller proteinets funktion. Strep-tag är särskilt lämpligt för analys av funktionella proteiner, eftersom reningsförfarandet kan ske under fysiologiska förhållanden. Detta gör det inte bara möjligt att isolera känsliga proteiner i nativt tillstånd, utan det är också möjligt att rena intakta proteinkomplex, även om bara en underenhet bär taggen.
I det första steget av Strep-tag-reningscykeln appliceras celllysatet som innehåller Strep-tag-fusionsprotein på en kolonn med immobiliserat Strep-Tactin (steg 1). När det märkta proteinet har bundit specifikt till Strep-Tactin avlägsnas alla andra värdproteiner genom ett kort tvättsteg med en fysiologisk buffert (t.ex. PBS) (steg 2). Detta beror på dess utomordentligt låga tendens att binda proteiner ospecifikt. Därefter elueras det renade Strep-tag-fusionsproteinet försiktigt med en låg koncentration av desthiobiotin, som specifikt konkurrerar om biotinbindningsfickan (steg 3). För att regenerera kolonnen avlägsnas desthiobiotin genom applicering av en HABA-innehållande lösning (ett gult azofärgämne). Avlägsnandet av desthiobiotin indikeras genom en färgförändring från gul-orange till rött (steg 4+5).Slutligen tvättas HABA-lösningen ut med en liten volym löpbuffert, vilket gör kolonnen redo att användas för nästa reningskörning.