Det politiska systemet i Republiken Sudan omstrukturerades efter en militärkupp den 30 juni 1989, då Omar al-Bashir, som då var brigadgeneral i den sudanesiska armén, ledde en grupp officerare och avsatte premiärminister Sadiq al-Mahdis regering. Under al-Bashirs ledning upphävde den nya militärregeringen de politiska partierna och införde en islamisk rättskod på nationell nivå. Han blev sedan ordförande för det revolutionära kommenderingsrådet för nationell frälsning (ett nyinrättat organ med lagstiftande och verkställande befogenheter för vad som beskrevs som en övergångsperiod) och tog på sig posterna som statschef, premiärminister, chef för de väpnade styrkorna och försvarsminister. Vidare, efter att ha institutionaliserat sharialagstiftningen i den norra delen av landet tillsammans med Hassan al-Turabi, utfärdade al-Bashir utrensningar och avrättningar i arméns övre led, förbjöd föreningar, politiska partier och oberoende tidningar och fängslade ledande politiska personer och journalister. År 1993 förvandlades Sudan till en islamisk totalitär enpartistat då al-Bashir avskaffade det revolutionära kommenderingsrådet och skapade Nationella islamiska fronten (NIF) med ett nytt parlament och en ny regering som enbart bestod av medlemmar av NIF, och utropade sig själv till Sudans president. Detta ledde till att det andra sudanesiska inbördeskriget med Sudanska folkets befrielsearmé (SPLA) bara skulle eskalera under de följande åren.
Från 1983 till 1997 var landet indelat i fem regioner i norr och tre i söder, var och en ledd av en militärguvernör. Efter militärkuppen 1989 upphävdes de regionala församlingarna. När det revolutionära kommandorådet för nationell frälsning avskaffades 1993 och den styrande Nationella islamiska fronten (NIF) bildade Nationella kongresspartiet (NCP), inkluderade det nya partiet en del icke-muslimska medlemmar, främst sydsudanesiska politiker, av vilka en del utnämndes till ministrar eller delstatsguvernörer.
År 1997 ersattes strukturen med regional administration av inrättandet av tjugosex delstater. De verkställande organen, kabinetten och högre statstjänstemännen utses av presidenten, och deras begränsade budgetar bestäms av Khartoum och delas ut från Khartoum. Delstaterna förblir därför ekonomiskt beroende av centralregeringen. Delstaten Khartoum, som omfattar huvudstaden och de yttre distrikten, administreras av en guvernör.
Efter undertecknandet av det övergripande fredsavtalet 2005 mellan Omar al-Bashirs regering och Sudanesiska folkets befrielserörelse/armé (SPLM/A) installerades en nationell enhetsregering i Sudan i enlighet med övergångskonstitutionen, där en vicepresident som representerar södra Sudan skapades utöver den nord-sudanesiska vicepresidenten. Detta gjorde det möjligt för norr och söder att dela upp oljefyndigheterna lika, men lät också både nordens och söderns arméer vara kvar.
Efter fredsavtalet om Darfur tilldelades posten som högste presidentrådgivare, den fjärde högsta författningsenliga posten, till Minni Minnawi, en zaghawa från den Darfur-baserade sudanesiska befrielsearmén (SLA). De verkställande posterna fördelades mellan Nationella kongresspartiet (NCP), Sudanska folkets befrielserörelse/armé (SPLM/A), Östfronten och fraktioner av Ummapartiet och Demokratiska unionistpartiet (DUP). Genom fredsavtalet med SPLM/A beviljades södra Sudan autonomi i sex år, vilket skulle följas av en folkomröstning om självständighet 2011. Enligt den nya konstitutionen från 2005 är den nationella lagstiftande församlingen med två kamrar det officiella sudanesiska parlamentet och är uppdelad på två kamrar: nationalförsamlingen, ett underhus med 450 platser, och delstatsrådet, ett överhus med 50 platser. Parlamentet består således av totalt 500 utsedda ledamöter, där alla indirekt väljs av delstaternas lagstiftande församlingar för sexåriga mandatperioder.
Trots sin internationella arresteringsorder omvaldes Omar al-Bashir i det sudanesiska presidentvalet 2010, det första demokratiska valet med deltagande av flera politiska partier på nio år. Hans politiska rival var vicepresident Salva Kiir Mayardit, nuvarande ledare för SPLA.
I december 1999 kulminerade en maktkamp mellan president Omar al-Bashir och Hassan al-Turabi, NIF:s grundare, islamistisk ideolog och parlamentets talman. Al-Turabi fråntogs sina poster i regeringspartiet och regeringen, parlamentet upplöstes, konstitutionen upphävdes och nationellt undantagstillstånd utlystes genom ett presidentdekret. Parlamentet återupptogs i februari 2001 efter president- och parlamentsvalen i december 2000, men de nationella undantagsreglerna är fortfarande i kraft. Ungefär samtidigt publicerades Svarta boken, ett manuskript av oliktänkande västerlänningar som beskriver de nordliga folkens dominans. Al-Turabi arresterades i februari 2001 och anklagades för att vara ett hot mot den nationella säkerheten och den konstitutionella ordningen för att ha undertecknat ett samförståndsavtal med SPLM/A. Han sattes i ett högsäkerhetsfängelse tills han frigavs 2005.
Som en del av det avtal som avslutade det andra sudanesiska inbördeskriget svors nio medlemmar av SPLM/A och 16 regeringsmedlemmar in som ministrar den 22 september 2005 och bildade därmed den första nationella enhetsregeringen efter kriget. Invigningen försenades på grund av diskussioner om vem som skulle få olika portföljer och till följd av vicepresident John Garangs död. Nationella kongresspartiet behöll kontrollen över de viktigaste posterna inom energi, försvar, inrikes och finans, medan en av SPLM utsedd person blev utrikesminister. Vicepresident Salva Kiir rapporterades ha backat i striden om vem som skulle få kontroll över det viktiga energi- och gruvministeriet, som hanterar produktionen från Sudans oljefält.
Den 11 april 2019 störtades al-Bashir och hans regering i en militärkupp ledd av hans förste vicepresident och försvarsminister, som sedan upprättade den nu styrande militärjuntan. Nästa dag överlämnade Auf makten till generallöjtnant Abdel Fattah Abdelrahman Burhan.