Den har minskat sitt utbredningsområde på grund av överfiske och förstörelse av livsmiljöer på grund av gruvdrift, betesdrift och skogsavverkning, och populationstätheterna har minskat på grund av konkurrens med icke-inhemska bäck-, brun- och regnbågsöringar sedan dessa introducerades i slutet av 1800-talet och början av 1900-talet. De allvarligaste hoten mot underarten är dock korsning med introducerad regnbågsöring (vilket resulterar i bågar) i ekosystemet Greater Yellowstone, förekomsten av sjööring i Yellowstone- och Heart-sjöarna i Yellowstone nationalpark, som äter mörtöringar som är upp till 15 tum långa, och flera utbrott av virvelsjuka i stora lekande biflöden.
Och även om sjööring etablerades i Shoshone- och Lewis-sjöarna i Snake River-avrinningen från U.USA:s regerings utplanteringsverksamhet 1890, introducerades de aldrig officiellt i Yellowstoneflodens avrinningsområde och deras närvaro där är troligen resultatet av oavsiktliga eller olagliga introduktioner.
Ockasionell torka i Yellowstoneområdet gör att flera lekande bifloder torkar ut på sensommaren, vilket hindrar yngel av cutthroat från att vandra till Yellowstone Lake och gör dem till ett lätt byte för rovdjur, såsom måsar och pelikaner. Dessa hot har lett till en betydande minskning av populationerna av mörtskinn i Yellowstone Lake och intilliggande delar av Yellowstone River. För närvarande finns de starkaste populationerna av cutthroat i Yellowstoneflodens Grand och Black Canyons och i Yellowstones största biflöde i Yellowstoneparken, Lamar River och dess biflöden. Så sent som 2004 försökte miljöaktivister att få US Fish and Wildlife Service att föra upp underarten på listan över utrotningshotade arter, vilket inte godkändes av myndigheten, med hänvisning till att det finns bevis för att stora insatser redan pågår för att säkerställa att denna underart fortsätter att existera. Alla Yellowstone Cutthroat Trout som fångas i Yellowstone National Park måste återutsättas. Populationer utanför nationalparken omfattas av varierande bestämmelser beroende på var bäcken eller vattendraget ligger.