Atunci și acum: utilizarea secvențierii genei 16S ADNr pentru identificarea bacteriană și descoperirea de noi bacterii în laboratoarele de microbiologie clinică

În ultimul deceniu, ca urmare a utilizării pe scară largă a PCR și a secvențierii ADN, secvențierea ADNr 16S a jucat un rol esențial în identificarea precisă a izolatelor bacteriene și în descoperirea de noi bacterii în laboratoarele de microbiologie clinică. Pentru identificarea bacteriilor, secvențierea ADNr 16S este deosebit de importantă în cazul bacteriilor cu profil fenotipic neobișnuit, al bacteriilor rare, al bacteriilor cu creștere lentă, al bacteriilor necultivabile și al infecțiilor negative la cultură. Nu numai că a oferit informații despre etiologia bolilor infecțioase, dar îi ajută și pe clinicieni în alegerea antibioticelor și în determinarea duratei tratamentului și a procedurilor de control al infecțiilor. Cu ajutorul secvențierii ADNr 16S, 215 specii bacteriene noi, dintre care 29 aparțin unor genuri noi, au fost descoperite din specimene umane în ultimii 7 ani ai secolului XXI (2001-2007). O sută din cele 215 specii noi, dintre care 15 aparținând unor genuri noi, au fost descoperite la patru sau mai mulți subiecți. Cel mai mare număr de specii noi descoperite au fost din genurile Mycobacterium (n = 12) și Nocardia (n = 6). Cavitatea bucală/specimenele legate de aparatul dentar (n = 19) și tractul gastrointestinal (n = 26) au fost cele mai importante locuri de descoperire și/sau rezervoare de specii noi. Dintre cele 100 de specii noi, Streptococcus sinensis, Laribacter hongkongensis, Clostridium hathewayi și Borrelia spielmanii au fost cel mai bine caracterizate, cu rezervoarele și căile de transmitere documentate, iar S. sinensis, L. hongkongensis și C. hathewayi au fost descoperite la nivel global. Unul dintre cele mai mari obstacole în introducerea secvențierii ADNr 16S în utilizarea de rutină în laboratoarele de microbiologie clinică este automatizarea tehnologiei. Singura etapă care poate fi automatizată în prezent este introducerea secvenței ADNr 16S a izolatului bacterian pentru identificare într-unul dintre pachetele software care va genera rezultatul identității izolatului pe baza bazei de date a secvenței sale. Cu toate acestea, studiile privind acuratețea pachetelor software au dat rezultate foarte variate, iar interpretarea rezultatelor rămâne dificilă pentru majoritatea tehnicienilor și chiar și pentru microbiologii clinicieni. Pentru a utiliza pe deplin secvențierea ADNr 16S în microbiologia clinică, sunt necesare orientări mai bune pentru interpretarea rezultatelor identificării și sunt necesare metode suplimentare/suplimentare pentru speciile bacteriene care nu pot fi identificate cu încredere doar prin secvențierea ADNr 16S.