Vznik a první roky (1948-1953)Edit
Dne 23. května 1948 zaslala správní rada fotbalového klubu APOEL telegram Řecké asociaci amatérské atletiky (řecky Σ.Ε.Γ.Α.Σ.) s nabídkou každoroční Panhelénské atletické soutěže. V telegramu představenstvo vyjádřilo přání, aby byla ukončena takzvaná „komunistická vzpoura“. Hráči klubu považující tento krok za specificky politický komentář k řecké občanské válce se od představenstva distancovali a byli z APOELu řádně vyloučeni. 4. června 1948 zorganizoval Dr. Mattheos Papapetrou v Nikósii schůzi, která vedla ke vzniku Omonie. Na schůzi bylo přítomno mnoho hráčů vyloučených z APOELu, kteří se připojili k novému klubu. Spolu s dalšími levicovými týmy, jako byly Nea Salamina, Alki Larnaca a Orfeas Nikósie, pomohla Omonia v prosinci 1948 vytvořit Kyperskou amatérskou fotbalovou federaci. Omonia se účastnila ligy CAFF až do roku 1953 a vyhrála čtyři z pěti hraných mistrovství a pět z pěti hraných pohárů. Poté byla Omonia přijata Kyperským fotbalovým svazem k účasti v kyperské první lize
Počátky v kyperské první lize (1953-1969)Edit
Po vstupu do kyperské první ligy v roce 1953 se Omonia v sezóně 1953-54 umístila až na sedmém místě z devíti týmů a jen těsně se vyhnula sestupu. Během této dekády se klub nejlépe umístil v sezóně 1956-57, kdy skončil na třetím místě.
Nejblíže k titulu měl tým v sezóně 1959-60, kdy skončil druhý o bod za Anorthosisem Famagusta. V následujícím roce, po sedmi sezónách v první lize, by klub v sezóně 1960-61 získal svůj první titul. Omonia v této sezóně vstřelila 91 gólů ve 24 zápasech a získala svůj vůbec první titul v kyperské první lize. Druhý titul získala Omonia v sezóně 1965-66.
Zlatá éra (70.-80. léta 20. století)Edit
Omonia získala první trofeje desetiletí v roce 1972, kdy klub vyhrál ligu i pohár. Pod vedením mladého Sotirise Kaiafase získala Omonia v 70. letech sedm ligových titulů, z toho šest po sobě (1974-1979). Na konci desetiletí měla Omonia celkem devět mistrovských titulů a tři poháry. Na konci sezóny 1979 ztrácela Omonia na svého úhlavního rivala APOEL dva mistrovské tituly. V roce 1976 vyhrál Sotiris Kaiafas evropskou Zlatou kopačku za 39 gólů v jedné sezoně. V roce 2003 získal jubilejní cenu UEFA pro nejlepšího kyperského fotbalistu 20. století.
Osmdesátá léta byla pro klub úspěšnou dekádou, když získal dalších sedm titulů mistra kyperské ligy, včetně dalších pěti po sobě jdoucích v letech 1981, 1982, 1983, 1984, 1985 a v letech 1987 a 1989. Když se osmdesátá léta chýlila ke konci, získala Omonia 14 titulů kyperského mistra a stala se tak v té době nejúspěšnějším týmem na ostrově.
Všeobecný úpadek (90. léta)Edit
Devadesátá léta se ukázala být méně úspěšná než předchozí dvě desetiletí. Během této doby Omonia získala pouze jeden titul v kyperské lize v sezóně 1992-93. V této sezóně se Omonia stala nejlepším týmem kyperské ligy. Dalšího titulu se Omonia dočkala až za osm let. V roce 1997 podepsala Omonia smlouvu s Němcem Rainerem Rauffmannem, který se později stal druhým nejlepším střelcem klubu v historii. S pomocí dalšího skvělého hráče Omonie a tehdejšího kapitána Costase Malekkose a mladého Costase Kaiafase (syna Sotirise Kaiafase) se Rauffmann stal nejlepším střelcem kyperské první ligy v sezonách 1997-98, 1998-99, 1999-00 a 2000-01 a dovedl Omonii ke dvěma titulům.
Oživení (2000s)Edit
Po neúspěšných osmi sezonách začala dekáda 2000s trofejí. V roce 2001 slavila Omonia svůj 18. mistrovský titul v kyperské lize. Nyní pod vedením kapitána Costase Kaiafase získala Omonia v roce 2003 opět 19. titul kyperského ligového mistra. Od roku 2003 se však tým potácel a několik dalších let byl bez titulu. Po mnoha sezónách špatných podpisů a nedostatečných výsledků by vládu nad Omonií v roce 2008 převzal nový předseda a prezident týmu Miltiadis Neophytou
Tým se měl od roku 2006 brzy vrátit na správnou cestu, počínaje podpisem kyperského brankáře Antonise Georgallidese. Omonia by pokračovala v hvězdných podpisech získáním kyperských hvězd, které hrály v zahraničí, jako jsou Elias Charalambous a Stathis Aloneftis. Omonia se pak dostala na titulní stránky novin šokujícím podpisem Michalise Konstantinoua, nejlepšího střelce Kypru všech dob. V roce 2009 podepsala Omonia také další kyperskou hvězdu, Konstantinose Makridese. Na této cestě získala Omonia také mladé kyperské naděje, 21letého Dimitrise Christofiho a 20letého Georgiose Efrema. Efrem, který hrál v mládežnických týmech Arsenalu a později skotského Rangers, by byl posledním dílem skládačky potřebné k zisku 20. titulu kyperského mistra. Poté, co Omonia sestavila správné kousky, se jí to podařilo. V sezoně 2009/10 Omonia pod vedením nového kapitána Eliase Charalambouse neprohrála ani jedno derby, včetně zápasů play-off proti APOELu, Anorthosisu Famagusta ani Apollonu.
Po neuspokojivých výsledcích klub opustil hlavní trenér Takis Lemonis a novým trenérem se v říjnu 2010 stal Dušan Bajević, který byl ale v dubnu 2011 propuštěn. Nahradil ho Neophytos Larkou. Omonii se nepodařilo zopakovat mistrovský titul v základní části sezóny 2010/11 a místo toho se musela spokojit s druhým místem, a to i přes příchod další mladé kyperské vycházející hvězdy Andrease Avraama. Klub však měl skončit pozitivně: pod vedením dočasného trenéra Neophytose Larkoua Omonia porazila ve finále Kyperského poháru Apollon Limassol a získala svůj 13. pohárový titul.
Omonia prožila těžký rok, ale získala svůj 14. pohár v hlavní roli s André Alvesem, který vstřelil vítězný gól proti AEL Limassol. Pod vedením nově jmenovaného fotbalového ředitele Nickolase Danskaloua skončila Omonia v mistrovské soutěži na druhém místě a po kolech play-off na třetím místě, což jí jen zajistilo postup do druhého předkola Evropské ligy UEFA 2012/13.
Finanční krize (2012-2018)Edit
V září 2012 opustil klub hlavní trenér Neophytos Larkou a trenérem byl poté jmenován Toni Savevski. Tým začal sezónu skvělým vítězstvím, ale druhý úspěch našel až po několika zápasech. Zklamání v prvním kole se ukázalo jako dostatečné k tomu, aby klub vyloučilo z boje o mistrovský titul nebo pohár. Ve druhém kole se týmu podařilo dosáhnout lepších výsledků a sezónu zakončil na třetím místě. Tisíce fanoušků odpověděly na prezidentovu výzvu, aby přispěly co nejvíce, a finanční záležitosti klubu se zlepšily. Poslední zápas Omonie skončil vítězstvím 3:1 nad AEK Larnaka. V semifinále poháru Omonii vyřadil AEL Limassol.
V roce 2013 zahájila Omonia novou sezonu s manažerem Savevskim, ale ten byl v polovině sezony kromě pozitivních výsledků propuštěn. Jako náhradník byl najat Miguel Ángel Lotina, ale ten byl propuštěn o pouhých 37 dní později. Novým trenérem byl poté jmenován bývalý hráč Kostas Kaiafas. Finanční potíže klubu se vrátily navzdory masivní finanční sbírce uspořádané v předchozí sezóně. Omonia skončila v lize pátá, což byl nejhorší výsledek za posledních 56 let od sezony 1957-58.
V srpnu 2014 Omonia vypadla v play-off Evropské ligy s Dynamem Moskva. Klub podal UEFA stížnost na rozhodčího zápasu Alexandrua Tudora. Na začátku září přestal klub dodávat fanouškovské skupině Gate-9 vstupenky, což vedlo k tomu, že se skupina zdržela zápasů. O dva týdny později bylo po schůzce prezidenta a trenéra rozhodnuto, že se vstupenky budou opět dodávat skupině Gate-9. Omonia skončila v lize na čtvrtém místě. V semifinále Kyperského poháru tým vyřadil APOEL.
Kampaň 2015-16 tým zakončil na 4. místě. Během této sezony se dostal do finále Kyperského poháru, ale prohrál s Apollonem Limassol. V sezóně 2016-17 skončil klub na 5. místě. To znamenalo, že se klub poprvé po 15 letech neprobojuje do zápasů evropské kvalifikace. po valné hromadě na konci sezony byl novým prezidentem klubu zvolen Antonis Tzionis. zatímco kampaň 2017-18 začala s velkými očekáváními, Omonia skončila v sezoně na 6. místě. Z hlediska počtu porážek a inkasovaných gólů byla sezona nejhorší v historii klubu. Přesto klub během sezony prodal celkem 95 222 vstupenek, což bylo více než kterýkoli jiný tým v lize.
Papastavrouova éra (2018-současnost)Edit
Úpadek fotbalového oddílu a finanční potíže, kterým klub čelil, mnohé přesvědčily, že je třeba změnit způsob vedení klubu. V květnu 2018 byla svolána valná hromada a členové odhlasovali předání fotbalového oddělení Stavrosu Papastavrouovi, kyperskému podnikateli žijícímu v Americe. Papastavrou plánuje v příštích několika letech investovat do klubu 5 milionů eur a během 20 let, kdy bude ve vedení klubu, investuje další prostředky. Uvedl, že poskytne prostředky na rozvoj klubových akademií a tréninkových hřišť a že se bude uvažovat o případném vytvoření nového stadionu.
Někteří fanoušci vyjádřili nesouhlas s tímto krokem při přeměně fotbalového klubu na ziskový. Skupina fanoušků Gate 9 uvedla, že toto rozhodnutí je v rozporu s tradičně levicovými ideály Omonie a že již nebude podporovat fotbalový oddíl klubu.
Klub skončil v sezóně 2018-19 na 6. místě a ve druhém kole kyperského poháru ho vyřadil Apollon Limassol. Manažera Yannise Anastasioua nahradil v červnu 2019 Henning Berg.³³³“Kyperská sezóna 2019/20 byla v březnu 2020 přerušena kvůli pandemii COVID-19. V roce 2019 se na Kypru začalo hrát o titul mistra světa. V době jejího přerušení měla Omonoia stejný počet bodů jako Anorthosis Famagusta, ale díky lepšímu skóre se umístila na prvním místě a kvalifikovala se tak do prvního kvalifikačního kola Ligy mistrů 2020-21.