Oprettelse og de første år (1948-1953)Rediger
Den 23. maj 1948 sendte bestyrelsen for APOEL fodboldklub et telegram til den græske sammenslutning for amatøratletik (Σ.Ε.Γ.Α.Σ.) med mulighed for at afholde den årlige panhelleniske konkurrence i atletik. I telegrammet udtrykte bestyrelsen sit ønske om, at det, som den beskrev som det “kommunistiske mytteri”, skulle bringes til ophør. Klubspillere, der betragtede denne handling som en specifikt politisk kommentar til den græske borgerkrig, tog afstand fra bestyrelsen og blev behørigt ekskluderet fra APOEL. 4. juni 1948 organiserede Dr. Mattheos Papapetrou et møde i Nicosia, der førte til oprettelsen af Omonia. Mange spillere, der var blevet smidt ud af APOEL, var til stede på mødet og sluttede sig til den nye klub. Sammen med andre venstrefløjshold som Nea Salamina, Alki Larnaca og Orfeas Nicosia var Omonia med til at oprette Cyperns amatørfodboldforbund i december 1948. Omonia deltog i CAFF-ligaen indtil 1953 og vandt fire ud af fem spillede mesterskaber og fem ud af fem spillede pokaler. Omonia blev derefter accepteret af det cypriotiske fodboldforbund til at deltage i den cypriotiske første division
Begyndelser i den cypriotiske første division (1953-1969)Rediger
Når Omonia blev optaget i den cypriotiske første division i 1953, blev Omonia kun nummer syv ud af ni hold i sæsonen 1953-54 og undgik kun med nød og næppe at blive degraderet. I løbet af det årti kom klubbens bedste placering i løbet af 1956-57-sæsonen, hvor klubben sluttede på tredjepladsen.
Holdet ville gøre sit tætteste fremstød for titlen i 1959-60-sæsonen efter at have sluttet på andenpladsen, et point efter Anorthosis Famagusta. Året efter, efter syv sæsoner i First Division, ville klubben vinde sin første titel i 1960-61 sæsonen. Omonia scorede i den sæson 91 mål i 24 kampe på vej mod deres første første titel i Cyperns første division på Cypern nogensinde. Omonia vandt sin anden titel i sæsonen 1965-66.
Gyldne æra (1970’erne-1980’erne)Rediger
Omonia vandt sine første trofæer i årtiet i 1972, da klubben vandt både ligaen og pokalen. Under ledelse af en ung Sotiris Kaiafas vandt Omonia syv ligatitler i 1970’erne, hvoraf seks af dem var i træk (1974-1979). Ved udgangen af årtiet havde Omonia i alt ni mesterskabstitler og tre pokaltitler. Ved slutningen af 1979-sæsonen var Omonia to mesterskaber efter ærkerivalen APOEL. I 1976 vandt Sotiris Kaiafas den europæiske guldsko for sin præstation med 39 mål i en enkelt sæson. I 2003 blev han tildelt UEFA Jubilee Awards for den bedste cypriotiske fodboldspiller i det 20. århundrede.
1980’erne var et succesfuldt årti for klubben, som vandt yderligere syv cypriotiske mesterskabstitler, herunder yderligere fem i træk i 1981, 1982, 1983, 1984, 1985 og i 1987 og 1989. Da 1980’erne sluttede, havde Omonia vundet 14 cypriotiske mesterskabstitler og var dermed blevet det mest succesfulde hold på øen på det tidspunkt.
Generel nedgang (1990’erne)Rediger
1990’erne skulle vise sig at være mindre succesfulde end de to foregående årtier. I løbet af denne periode opnåede Omonia kun en enkelt cypriotisk ligatitel i 1992-93-sæsonen. Der skulle gå otte år, før Omonia skulle se sin næste titel. I 1997 skrev Omonia kontrakt med tyskeren Rainer Rauffmann, som senere skulle blive klubbens næstbedste målscorer nogensinde. Med hjælp fra en anden Omonia-storspiller og daværende anfører, Costas Malekkos, og en ung Costas Kaiafas (søn af Sotiris Kaiafas) blev Rauffmann topscorer i den cypriotiske første division i sæsonerne 1997-98, 1998-99, 1999-00 og 2000-01 og førte Omonia til to titler.
Genoplivning (2000’erne)Edit
Efter otte skuffende sæsoner begyndte 2000’ernes årti med et trofæ. Omonia fejrede sin 18. cypriotiske mesterskabstitel i den cypriotiske liga i 2001. Nu med Costas Kaiafas som anfører ville Omonia vinde sit 19. cypriotiske ligamesterskab igen i 2003. Siden 2003 ville holdet dog snuble og være uden titel i de næste mange år. Efter adskillige sæsoner med dårlige kontraktindgåelser og dårlige resultater blev Omonias styre overtaget af den nye formand og holdpræsident Miltiadis Neophytou i 2008.
Holdet ville snart blive sat på ret køl igen fra 2006, begyndende med underskrivelsen af den cypriotiske landsholdsmålmand Antonis Georgallides. Omonia ville fortsætte sine stjernespækkede signings ved at erhverve cypriotiske stjerner, der havde spillet i udlandet, såsom Elias Charalambous og Stathis Aloneftis. Omonia kom derefter i overskrifterne med den chokerende kontrakt med Cyperns bedste målscorer gennem tiderne, Michalis Konstantinou. I 2009 skrev Omonia også kontrakt med en anden cypriotisk stjerne, Konstantinos Makrides. Undervejs erhvervede Omonia også de unge cypriotiske håbefulde spillere, 21-årige Dimitris Christofi og 20-årige Georgios Efrem. Efrem, der havde spillet på Arsenals ungdomshold og senere på det skotske hold Rangers, skulle blive den sidste brik i det puslespil, der skulle til for at vinde sit 20. cypriotiske mesterskab. Efter at have sat de rette brikker på plads gjorde Omonia netop det. I sæsonen 2009-10, anført af den nye anfører, Elias Charalambous, tabte Omonia ikke et eneste derby, herunder play-offkampe mod hverken APOEL, Anorthosis Famagusta eller Apollon.
Hovedtræner Takis Lemonis forlod klubben efter skuffende resultater, og Dušan Bajević blev ny træner i oktober 2010, men blev fyret i april 2011. Han blev erstattet af Neophytos Larkou. Omonia kunne ikke gentage mesterskabet i den regulære sæson 2010-11, og måtte i stedet nøjes med at slutte på andenpladsen, trods tilgangen af endnu en ung cypriotisk opstigende stjerne, Andreas Avraam. Klubben skulle dog slutte på en positiv note: Under den midlertidige træner Neophytos Larkou besejrede Omonia Apollon Limassol i Cypern Cup-finalen og vandt deres 13. pokaltitel.
Omonia tilbragte et vanskeligt år, men vandt deres 14. pokal med André Alves i hovedrollen, der scorede sejrsmålet mod AEL Limassol. Under ledelse af den nyudnævnte fodbolddirektør Nickolas Danskalou sluttede Omonia på andenpladsen i mesterskabet og på tredjepladsen efter playoff-runderne, hvilket næsten sikrede, at de ville kvalificere sig til anden runde af UEFA Europa League 2012-13.
Finanskrise (2012-2018)Rediger
Hovedtræner Neophytos Larkou forlod klubben i september 2012, og Toni Savevski blev derefter udnævnt som træner. Holdet startede sæsonen med en stor sejr, men fandt sin anden succes efter flere kampe. En skuffende første runde viste sig at være nok til at udelukke klubben fra at deltage i kampen om mesterskabet eller pokalen. Holdet opnåede bedre resultater i anden runde og sluttede sæsonen på en tredjeplads. Tusindvis af fans fulgte præsidentens opfordring til at donere så meget de kunne, og klubbens økonomiske problemer blev forbedret. Omonias sidste kamp endte med en 3-1 sejr over AEK Larnaca. Omonia blev slået ud i semifinalen i pokalen af AEL Limassol.
I 2013 begyndte Omonia den nye sæson med Savevski som manager, men han blev fyret halvvejs ved siden af positive resultater. Miguel Ángel Lotina blev ansat som afløser, men blev fyret blot 37 dage senere. Kostas Kaiafas, tidligere spiller, blev derefter udnævnt som ny træner. Klubbens økonomiske vanskeligheder vendte tilbage på trods af den massive indsamling af penge, der var blevet organiseret i den foregående sæson. Omonia endte på femtepladsen i ligaen og sluttede dermed sin værste sæson i 56 år siden 1957-58.
I august 2014 blev Omonia slået ud af Europa League-playofffasen af Dynamo Moskva. Klubben indgav en klage til UEFA over Alexandru Tudors dommerbehandling af kampen. I begyndelsen af september stoppede klubben med at forsyne fansammenslutningen Gate-9 med billetter, hvilket resulterede i, at gruppen undlod at deltage i kampe. To uger senere blev det efter et møde mellem præsidenten og træneren besluttet, at der igen skulle leveres billetter til Gate-9. Omonia sluttede på fjerdepladsen i ligaen. Holdet blev elimineret fra semifinalen i den cypriotiske pokal af APOEL.
Holdet sluttede 2015-16-sæsonen på en 4. plads. I løbet af denne sæson nåede det finalen i den cypriotiske pokal, men tabte til Apollon Limassol. I sæsonen 2016-17 sluttede klubben på en 5. plads. Det betød, at klubben for 1. gang i 15 år ikke kunne spille i europæiske kvalifikationskampe. efter en generalforsamling i slutningen af sæsonen blev Antonis Tzionis valgt som ny klubpræsident. 2017-18-sæsonen startede med store forventninger, mens Omonia endte sæsonen på en 6. plads. Sæsonen var den dårligste i klubbens historie med hensyn til nederlag og indkasserede mål. På trods af dette solgte klubben i alt 95.222 billetter i løbet af sæsonen, hvilket var mere end noget andet hold i ligaen.
Papastavrou-æraen (2018-nutid)Rediger
Afviklingen af klubbens fodboldafdeling og de økonomiske vanskeligheder, som klubben stod over for, overbeviste mange om, at der var behov for en ændring i den måde, som klubben blev ledet på. I maj 2018 blev der indkaldt til en generalforsamling, og medlemmerne stemte for at overdrage fodboldafdelingen til Stavros Papastavrou, en amerikansk baseret cypriotisk forretningsmand. Papastavrou planlægger at investere 5 millioner euro i klubben i løbet af de næste par år og vil investere mere i løbet af den 20-årige periode, som han vil stå i spidsen for klubben. Han har erklæret, at han vil stille midler til rådighed til udvikling af klubbens akademier og træningsbaner, og at man vil overveje at oprette et nyt stadion.
En del fans har udtrykt deres misbilligelse af, at fodboldklubben bliver omdannet til en profitorienteret virksomhed. Gate 9, klubbens fangruppe, erklærede, at beslutningen gik imod Omonias traditionelt venstreorienterede idealer, og at den ikke længere ville støtte klubbens fodboldafdeling.
Klubben sluttede 2018-19-sæsonen på en 6. plads og blev slået ud af den cypriotiske pokal af Apollon Limassol i anden runde. Manager Yannis Anastasiou blev erstattet af Henning Berg i juni 2019. 2019-20 Cypriotiske sæson blev afbrudt i marts 2020 på grund af COVID-19-pandemien. På tidspunktet for afbrydelsen var Omonoia pointmæssigt lige med Anorthosis Famagusta, men var placeret som nummer et på grund af et bedre resultat i head to head record og var dermed kvalificeret til den første kvalifikationsrunde i UEFA Champions League-sæsonen 2020-21.