Marraskuun 11. päivänä 1988 poliisi tiedusteli vuokralaisen Alberto Montoyan, skitsofreniaa sairastavan kehitysvammaisen miehen, jonka sosiaalityöntekijä oli ilmoittanut kadonneeksi, katoamista. Kun poliisi oli havainnut kiinteistöllä häiriintyneen maaperän, se löysi 78-vuotiaan vuokralaisen Leona Carpenterin ruumiin. Kiinteistöltä löytyi lopulta seitsemän ruumista haudattuna.
Puentea syytettiin yhteensä yhdeksästä murhasta: Puenten poikaystävä Everson Gillmouth, 77, ja kahdeksan täysihoitolassa asunutta vuokralaista: Ruth Munroe, 61, Leona Carpenter, 78, Alvaro ”Bert/Alberto” Gonzales Montoya, 51, Dorothy Miller, 64, Benjamin Fink, 55, James Gallop, 62, Vera Faye Martin, 64, ja Betty Palmer, 78.
Ensimmäisen tutkinnan aikana Puentea ei heti epäilty, ja hänen annettiin poistua kiinteistöltä, muka ostaakseen kupin kahvia läheisestä hotellista. Sen sijaan ostettuaan kahvin hän pakeni välittömästi Los Angelesiin, jossa hän ystävystyi iäkkään eläkeläisen kanssa, jonka hän oli tavannut baarissa. Eläkeläinen kuitenkin tunnisti hänet televisiossa esitetyistä poliisiraporteista ja soitti viranomaisille.
Puenten oikeudenkäynti siirrettiin Montereyn piirikuntaan, Kaliforniaan, hänen asianajajiensa Kevin Clymon ja Peter Vlautin III:n hakemuksesta. Oikeudenkäynti alkoi lokakuussa 1992 ja päättyi vuotta myöhemmin. Syyttäjä John O’Mara oli Sacramenton piirikunnan syyttäjänviraston murharyhmän esimies.
O’Mara kutsui paikalle yli 130 todistajaa; hän väitti valamiehistölle, että Puente oli käyttänyt unilääkkeitä nukuttaakseen vuokralaisensa, sitten tukehduttanut heidät ja palkannut vankeja kaivamaan kuoppia pihalleen. Clymo päätti loppupuheenvuoronsa näyttämällä psykologiassa yleisesti käytettyä kuvaa, jota voi tarkastella eri tavoin, ja sanomalla: ”Muistakaa, että asiat eivät aina ole sitä, miltä ne näyttävät.” Valamiehistö neuvotteli yli kuukauden ja totesi lopulta Puenten syylliseksi kolmeen murhaan. Valamiehistö oli umpikujassa 11-1 tuomion puolesta kaikissa syytekohdissa, ja yksinäinen vastustaja suostui lopulta tuomitsemaan Puenteen kahdesta ensimmäisen asteen murhasta erityiset olosuhteet mukaan lukien ja yhdestä toisen asteen murhasta. Syytteen rangaistusvaihetta korostivat O’Maran esittelemät aiemmat tuomiot.
Puolustus kutsui useita todistajia, jotka osoittivat, että Puentella oli antelias ja huolehtiva puoli. Todistajat, mukaan lukien hänen kauan kadoksissa ollut tyttärensä, todistivat, kuinka Puente oli auttanut heitä heidän nuoruudessaan ja ohjannut heitä menestyksekkäille urille. Mielenterveysasiantuntijat todistivat Puenten väkivaltaisesta kasvatuksesta ja siitä, miten se motivoi häntä auttamaan vähemmän onnekkaita. Samalla he olivat yhtä mieltä siitä, että hänellä oli paha puoli, jonka aiheutti stressi, joka johtui siitä, että hän huolehti huono-osaisista vuokralaisistaan.
O’Maran loppupuheenvuorossa keskityttiin Puenten murhatekoihin:
Tuleeko kukaan vastuulliseksi käytöksestään tässä maailmassa? … Nämä ihmiset olivat ihmisiä, heillä oli oikeus elää – heillä ei ollut paljon omaisuutta – ei taloja – ei autoja – vain sosiaaliturvashekkinsä ja henkensä. Hän vei kaiken… Kuolema on ainoa sopiva rangaistus.
Clymo vastasi muistuttamalla Dorotheaa lapsesta ja hoitajasta. Peter Vlautin puhui valamiehille luottamuksellisella äänensävyllä, vastakohtana O’Maran huutamiselle:
Olemme tänään täällä päättämässä yhtä asiaa: Mikä on Dorothea Puenten elämän arvo? Se on kysymys. Onko hänet tapettava?” Vlautin puhui lempeästi Puenten lapsuudesta koskettaen traumaattisia seikkoja, jotka muokkasivat hänen elämäänsä, ja kehotti valamiehiä näkemään maailman hänen silmiensä kautta. ”Olette kuulleet epätoivosta, joka oli hänen elämänsä perusta, vihasta ja kaunasta… Jos joku valamiehistössä sanoo teille, ettei se ollut niin kamalaa, kysykää häneltä, haluaisitteko te, että se tapahtuisi teille itsellenne. Haluaisitteko, että niin tapahtuisi lapsillenne? … Minut on johdatettu uskomaan, että jos meillä on jokin syy elää täällä maan päällä, se on se, että voimme jotenkin lisätä toistemme ihmisyyttä, rakastaa, koskettaa toisiamme ystävällisyydellä, tietää, että olet saanut yhdenkin ihmisen hengittämään helpommin, koska olet elänyt. Esitän teille, hyvät naiset ja herrat, että juuri siksi nämä ihmiset tulivat todistamaan Dorothea Puenten puolesta … Uskon, että voitte todella ymmärtää, miksi niin monet ihmiset todistivat ja pyysivät teitä säästämään Dorothean hengen vain, jos olette joskus kaatuneet ja kompastuneet elämän tiellä ja joku on nostanut teidät ylös, antanut teille lohtua, antanut teille rakkautta ja näyttänyt teille tietä. Silloin ymmärrätte, miksi nämä ihmiset uskovat, että Dorothean elämä on pelastamisen arvoinen. Se on lieventävää. Se on inhimillinen ominaisuus, joka ansaitsee tulla säilytetyksi. Se on inhimillisyyden liekki, joka on palanut Dorothean sisällä hänen nuoruudestaan lähtien … Se on syy antaa Dorothea Puentelle elinkautinen ilman mahdollisuutta ehdonalaiseen vapauteen.