11. listopadu 1988 policie pátrala po zmizení nájemníka Alberta Montoyi, muže s vývojovým postižením a schizofrenií, jehož zmizení nahlásil sociální pracovník. Poté, co si všimli narušené půdy na pozemku, objevili tělo nájemnice Leony Carpenterové, 78 let. Na pozemku bylo nakonec nalezeno sedm zakopaných těl.
Puente byl obviněn z celkem devíti vražd: Puenteho přítel Everson Gillmouth, 77 let, a osm nájemníků, kteří v penzionu bydleli: Ruth Munroeová, 61 let, Leona Carpenterová, 78 let, Alvaro „Bert/Alberto“ Gonzales Montoya, 51 let, Dorothy Millerová, 64 let, Benjamin Fink, 55 let, James Gallop, 62 let, Vera Faye Martinová, 64 let, a Betty Palmerová, 78 let.
Při počátečním vyšetřování nebyla Puenteová okamžitě podezřelá a bylo jí dovoleno opustit pozemek, údajně proto, aby si v nedalekém hotelu koupila kávu. Místo toho po zakoupení kávy okamžitě uprchla do Los Angeles, kde se spřátelila se starším důchodcem, kterého potkala v baru. Důchodce ji však poznal z policejních zpráv v televizi a zavolal úřady.
Proces s Puenteovou byl přesunut do okresu Monterey v Kalifornii na základě žádosti o změnu místa konání, kterou podali její advokáti Kevin Clymo a Peter Vlautin III. Soudní proces začal v říjnu 1992 a skončil o rok později. Státní zástupce John O’Mara byl vedoucím oddělení vražd v kanceláři okresního prokurátora v Sacramentu.
O’Mara předvolal více než 130 svědků; porotě tvrdil, že Puenteová používala prášky na spaní, aby uspala své nájemníky, pak je udusila a najala trestance, aby vykopali díry na jejím dvoře. Clymo svou závěrečnou řeč uzavřel ukázáním obrázku běžně používaného v psychologii, na který lze nahlížet různými způsoby, a slovy: „Mějte na paměti, že věci nejsou vždy takové, jak se zdají.“ Porota se radila více než měsíc a nakonec shledala Puenteho vinným ze tří vražd. Porota byla v poměru 11:1 pro odsouzení ve všech bodech obžaloby a osamocený porotce nakonec souhlasil s odsouzením ve dvou případech vraždy prvního stupně včetně zvláštních okolností a v jednom případě vraždy druhého stupně. Trestní fáze obžaloby byla zvýrazněna jejími předchozími odsouzeními, která představil O’Mara.
Obhajoba předvolala několik svědků, kteří ukázali, že Puenteová měla velkorysou a starostlivou stránku. Svědci, včetně její dlouholeté dcery, vypověděli, jak jim Puenteová v mládí pomáhala a vedla je k úspěšné kariéře. Odborníci na duševní zdraví vypovídali o Puenteho násilné výchově a o tom, jak ji motivovala k pomoci méně šťastným. Zároveň se shodli na tom, že měla i svou zlou stránku, kterou vyvolával stres z péče o své zhroucené nájemníky.
O’Mara se ve své závěrečné řeči zaměřil na vražedné činy Puenteové:
Stává se někdo odpovědným za své chování na tomto světě? … Tito lidé byli lidské bytosti, měli právo na život – neměli mnoho majetku – žádné domy, žádná auta – pouze své sociální dávky a své životy. Ona jim to všechno vzala… Jediným přiměřeným trestem je smrt.“
Clymo v reakci připomněl Dorotheu, dítě a pečovatelku. Peter Vlautin oslovil porotce důvěrným tónem, který kontrastoval s O’Marovým křikem:
Jsme tu dnes proto, abychom určili jednu věc: jakou hodnotu má život Dorothey Puenteové? To je ta otázka. Má být zabita?“ Vlautinová jemně hovořila o dětství Puenteové a dotkla se traumatických aspektů, které formovaly její život, a vyzvala porotce, aby se na svět dívali jejíma očima. „Slyšeli jste o zoufalství, které bylo základem jejího života, o zlobě a zášti… Pokud vám někdo v porotní síni řekne, že to nebylo tak zlé, zeptejte se ho, zda byste chtěli, aby se to stalo vám? Chtěli byste, aby se to stalo vašim dětem? … Jsem veden k přesvědčení, že pokud existuje nějaký důvod, proč žijeme tady na Zemi, je to proto, abychom nějakým způsobem posílili lidskost toho druhého, abychom se milovali, abychom se navzájem dotýkali laskavostí, abychom věděli, že se díky vám jen jednomu člověku dýchá lépe, protože jste žili. Předkládám vám, dámy a pánové, že to je důvod, proč tito lidé přišli svědčit za Dorotheu Puenteovou … Myslím, že skutečně pochopit, proč tolik lidí svědčilo a žádalo vás o ušetření Dorotheina života, můžete jen tehdy, pokud jste někdy upadli a klopýtli na cestě životem a někdo vás zvedl, poskytl vám útěchu, dal vám lásku, ukázal vám cestu. Pak pochopíte, proč tito lidé věří, že Dorothein život stojí za záchranu. To je polehčující okolnost. To je lidská vlastnost, která si zaslouží být zachována. Je to plamínek lidskosti, který v Dorothee hořel od jejího mládí… To je důvod, proč Dorothee Puenteové udělit doživotí bez možnosti podmínečného propuštění.
.