Alexander McGillivray lebte bis zu seinem 14. Lebensjahr auf dem Handelsposten seines Vaters am Tallapoosa River. Seine Mutter gehörte zu einem Clan der Creek-Indianer und war halb französisch; sein Vater, ein Schotte, war ein Händler mit politischem Einfluss bei den Creeks. 1773 ging McGillivray nach Charleston, S.C., und dann nach Savannah, Ga., wo er eine gute Ausbildung erhielt. Anschließend arbeitete er in einer Handelsfirma und studierte weiter Geschichte.
Während der amerikanischen Revolution diente McGillivrays Vater den Briten. Weil er ein Loyalist war, wurde sein Besitz beschlagnahmt, und er floh nach Schottland; McGillivray kehrte zum Volk seiner Mutter zurück. Nach dem Krieg war McGillivrays Bündnis mit den britischen Händlern im spanischen Florida gegen die Amerikaner von großer Bedeutung, denn nach dem Tod seiner Mutter wählte ihn der Rat zum Stammesführer. Schon bald wurde er als Kaiser der Creek Nation bezeichnet, ein Titel, den er gerne annahm.
McGillivrays Ziel war es, eine Allianz der Südindianer zu bilden und mit Hilfe Englands und Spaniens die Vereinigten Staaten zum Rückzug aus Georgia, Kentucky und Tennessee zu zwingen. Im Jahr 1784 unterzeichnete er einen Vertrag mit Spanien, der ihn zum Oberst mit einem Gehalt von 50 Dollar pro Monat machte. Im Gegenzug sollte Spanien den Handel mit den Creeks monopolisieren, und McGillivray sollte die Amerikaner vertreiben.
Aus Hass auf die Amerikaner, die den Besitz seiner Familie konfisziert hatten, begann McGillivray einen Krieg gegen die Vereinigten Staaten; schon bald kam es zu Schlachten von Georgia bis Cumberland, Tennessee. Dieser Krieg war so erfolgreich, dass 1787 ein Vertreter des Kongresses McGillivray besuchte. Vermutlich schlug der Creek-Häuptling vor, die Creeks zu organisieren und als Staat zuzulassen. Im selben Jahr stellten die Spanier ihre Munitionslieferungen an McGillivray ein. Diese Lieferungen wurden 1789 wieder aufgenommen, aber die Spanier schenkten ihm nie wieder volles Vertrauen.
Mit der Organisation einer stärkeren US-Regierung schickte Präsident George Washington Agenten zu Verhandlungen mit den Creeks. Der erste Versuch scheiterte. Doch 1790 ließ sich McGillivray überreden, nach New York City zu reisen; dort kündigte er seinen Vertrag mit Spanien und unterzeichnete ein Abkommen mit den Vereinigten Staaten, das ihm einige Creek-Ländereien abtrat und ihn zum Brigadegeneral mit einem Jahresgehalt von 1.200 Dollar machte. Mit seinen Einkünften wurde McGillivray Eigentümer von drei Plantagen und 60 Sklaven.
Kurz nach seiner Rückkehr aus New York schloss McGillivray ein neues Abkommen mit Spanien, in dem er den Vertrag von New York ablehnte; er erhielt von den Spaniern 2.000 Dollar pro Jahr (die später auf 3.500 Dollar jährlich erhöht wurden). Am 17. Februar 1793 starb er an einem Fieber, während er mit den Spaniern verhandelte, um eine weitere indianische Konföderation zu gründen, die sich den Vereinigten Staaten entgegenstellen sollte.