Alexander McGillivray vivió hasta los 14 años en el puesto comercial de su padre en el río Tallapoosa. Su madre pertenecía a un clan de los indios creek y era medio francesa; su padre, escocés, era un comerciante con influencia política entre los creeks. En 1773, McGillivray fue a Charleston, Carolina del Sur, y luego a Savannah, Georgia, donde recibió una buena educación. Luego trabajó en una empresa mercantil y siguió estudiando historia.
Durante la Revolución Americana, el padre de McGillivray sirvió a los británicos. Como era un lealista, le confiscaron sus propiedades y huyó a Escocia; McGillivray volvió con el pueblo de su madre. Tras la guerra, la alianza de McGillivray con los comerciantes británicos en la Florida española contra los estadounidenses fue de gran importancia, ya que, a la muerte de su madre, el consejo lo eligió como líder de su tribu. Pronto le llamaron Emperador de la Nación Creek, un título que le gustaba.
El objetivo de McGillivray era formar una alianza de indios del sur y utilizar la ayuda de Inglaterra y España para obligar a Estados Unidos a retirarse de Georgia, Kentucky y Tennessee. En 1784 firmó un tratado con España en el que se le nombraba coronel con un sueldo de 50 dólares al mes. A cambio, España monopolizaría el comercio con los Creeks, y McGillivray debía expulsar a los americanos.
Odiando a los americanos por confiscar las propiedades de su familia, McGillivray comenzó una guerra contra los Estados Unidos; pronto se libraron batallas desde Georgia hasta Cumberland, Tenn. Esta guerra tuvo tanto éxito que en 1787 un agente del Congreso visitó a McGillivray. Posiblemente el jefe creek sugirió que los creeks se organizaran y fueran admitidos como estado. Ese mismo año los españoles dejaron de suministrar municiones a McGillivray. Este suministro se reanudó en 1789, pero los españoles nunca volvieron a confiar plenamente en él.
Con la organización de un gobierno estadounidense más fuerte, el presidente George Washington envió agentes para negociar con los creeks. El primer intento fracasó. Pero en 1790 se convenció a McGillivray para que viajara a la ciudad de Nueva York; allí repudió su tratado con España y firmó un acuerdo con los Estados Unidos por el que cedía algunas tierras de los creeks y se le nombraba general de brigada con una paga de 1.200 dólares al año. Con sus ingresos McGillivray se convirtió en propietario de tres plantaciones y 60 esclavos.
Poco después de su regreso de Nueva York, McGillivray hizo un nuevo acuerdo con España repudiando el Tratado de Nueva York; recibió 2.000 dólares anuales de los españoles (aumentados posteriormente a 3.500 dólares anuales). El 17 de febrero de 1793, mientras negociaba con los españoles la creación de otra confederación india para oponerse a los Estados Unidos, murió de fiebre.