Prost portò via Senna e le due Ferrari, con Piquet che passò le due Benetton per il quinto posto. Nonostante le preoccupazioni nel box McLaren per il consumo di carburante troppo elevato (le letture del carburante nelle auto mostravano meno carburante utilizzato rispetto a quello che la telemetria Honda stava dicendo alla squadra), Ron Dennis era preparato a lasciare i suoi piloti a corto di carburante a scapito di una stagione perfetta, se questo ha insegnato loro ad essere più conservativi dato il loro evidente vantaggio sul campo, anche se alla fine le letture di bordo sono state dimostrate corrette. Prost ha mantenuto un vantaggio di due secondi su Senna fino ai pit stop di metà gara, mentre una fermata anticipata di Berger al giro 22 ha permesso al compagno di squadra Alboreto di passare in terza posizione. Mentre entrambe le McLaren correvano l’una contro l’altra davanti, stavano ancora staccando il campo a volte un secondo al giro.
Senna fece il suo pit stop tre giri prima di Prost, permettendogli di prendere il comando grazie a una sosta lenta per Prost con una ruota anteriore incollata, ma il traffico sul rettilineo del Mistral (tra cui un Piquet poco disponibile che molto probabilmente godeva nel vedere Senna perdere il comando a Prost da vicino) e un problema al cambio permisero a Prost di chiudere a destra fino a lui e poi superarlo al giro 61 come hanno doppiato Alex Caffi e Pierluigi Martini alla curva Signes. Nel frattempo, Berger ha recuperato il terzo posto solo per Alboreto per passarlo di nuovo durante i pit stop, mentre Mansell ha subito il suo settimo ritiro consecutivo, uscendo al giro 49 con problemi di sospensione, anche se era stato in calo per un certo numero di giri con perdita di potenza dal suo motore Judd V8. Dopo essere tornato ai box e essersi ripulito, l’inglese lasciò il circuito profondamente stufo delle prestazioni della Williams, alimentando le speculazioni in corso nella stampa che avrebbe lasciato la squadra alla fine dell’anno per unirsi alla Ferrari dopo che la squadra italiana aveva annunciato che non avrebbe tenuto Alboreto per il 1989. Nonostante le voci si rivelarono corrette, Mansell continuò a negare che stava entrando in Ferrari.
Negli ultimi giri, Prost tirò via come problemi di cambio di Senna continuò, perdendo diverse marce. Il brasiliano alla fine finì quasi 32 secondi dietro il francese, anche se era ancora quasi 35 secondi davanti ad Alboreto, l’ultimo uomo nel giro di testa. Berger era quarto davanti a Piquet, che ha anche sofferto problemi al cambio nelle ultime fasi della gara; il punto finale è andato alla Benetton di Nannini. La Francia era la prima volta dal Gran Premio di Monaco del 1987 che Alboreto aveva finito davanti al suo compagno di squadra in una gara in cui entrambi finirono. Durante la gara Alboreto aveva il vantaggio di una macchina quasi perfettamente bilanciata, mentre Berger si lamentava di un grave sottosterzo, qualcosa che non era necessario alla curva Signes ad alta velocità alla fine del Mistral.
Il giro più veloce della gara, un 1:11.Il giro più veloce della gara, un 1:11.737 stabilito da Prost al 45° giro, era più lento di due secondi rispetto all’1:09.548 stabilito da Piquet in una Williams con motore Honda l’anno precedente – una conseguenza delle restrizioni imposte ai motori turbo in questa stagione, con la differenza principale che le velocità raggiunte sul rettilineo del Mistral, ora lungo 1 km. Nel 1987 le auto turbo più veloci (motorizzate Honda) furono cronometrate a 325 km/h (202 mph) sul rettilineo. Nel 1988 la velocità massima fu registrata a 311 km/h (193 mph).
Per Prost fu la sua terza vittoria nel suo Gran Premio di casa dopo aver vinto sia nel 1981 a Digione (la sua prima vittoria in un Gran Premio) che nel 1983 al Paul Ricard. In entrambe le occasioni aveva guidato per il team Renault ufficiale.
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