Prost führte vor Senna und den beiden Ferraris, während Piquet die beiden Benettons überholte und Fünfter wurde. Obwohl man sich in der McLaren-Box Sorgen über einen zu hohen Benzinverbrauch machte (die Tankanzeigen in den Autos zeigten einen geringeren Verbrauch an, als die Honda-Telemetrie dem Team mitteilte), war Ron Dennis Berichten zufolge bereit, seinen Fahrern auf Kosten einer perfekten Saison den Sprit ausgehen zu lassen, wenn sie dadurch lernten, angesichts ihres offensichtlichen Vorsprungs vor dem Feld konservativer zu fahren. Prost behielt bis zu den Boxenstopps in der Mitte des Rennens einen Vorsprung von zwei Sekunden auf Senna, während ein früher Stopp von Berger in Runde 22 seinem Teamkollegen Alboreto den Sprung auf den dritten Platz ermöglichte. Während sich die beiden McLarens an der Spitze ein Rennen lieferten, setzten sie sich immer noch mit manchmal einer Sekunde pro Runde vom Feld ab.
Senna machte seinen Boxenstopp drei Runden vor Prost und konnte dank eines langsamen Stopps von Prost mit einem klebenden Vorderrad die Führung übernehmen, aber der Verkehr auf der Mistral-Geraden (einschließlich eines wenig hilfsbereiten Piquet, der es wahrscheinlich genoss, Senna aus nächster Nähe die Führung an Prost verlieren zu sehen) und ein Getriebeproblem ermöglichten es Prost, zu ihm aufzuschließen und ihn dann in Runde 61 zu überholen, als sie Alex Caffi und Pierluigi Martini in der Signes-Kurve überrundeten. In der Zwischenzeit holte sich Berger den dritten Platz zurück, nur um während der Boxenstopps wieder von Alboreto überholt zu werden, während Mansell in Runde 49 mit Aufhängungsproblemen zum siebten Mal in Folge ausfiel, obwohl er schon seit einigen Runden mit Leistungsverlust seines Judd-V8-Motors zurückgefallen war. Nachdem er an die Box zurückgekehrt war und sich gesäubert hatte, verließ der Engländer die Rennstrecke zutiefst verärgert über die Leistung des Williams und heizte damit die anhaltenden Spekulationen in der Presse an, dass er das Team am Ende des Jahres verlassen und zu Ferrari wechseln würde, nachdem das italienische Team angekündigt hatte, Alboreto nicht für 1989 zu behalten. Obwohl sich die Gerüchte als richtig herausstellten, dementierte Mansell weiterhin, dass er zu Ferrari wechseln würde.
In den letzten Runden zog Prost davon, während Sennas Getriebeprobleme anhielten und er mehrere Gänge verlor. Der Brasilianer kam schließlich fast 32 Sekunden hinter dem Franzosen ins Ziel, hatte aber immer noch fast 35 Sekunden Vorsprung auf Alboreto, den letzten Mann in der Führungsrunde. Berger wurde Vierter vor Piquet, der in der Schlussphase des Rennens ebenfalls mit Getriebeproblemen zu kämpfen hatte; der letzte Punkt ging an den Benetton von Nannini. In Frankreich war es das erste Mal seit dem Großen Preis von Monaco 1987, dass Alboreto in einem Rennen, in dem sie beide ins Ziel kamen, vor seinem Teamkollegen ins Ziel kam. Während des Rennens hatte Alboreto den Vorteil eines fast perfekt ausbalancierten Autos, während Berger über starkes Untersteuern klagte, was in der Hochgeschwindigkeitskurve Signes am Ende des Mistral nicht nötig war.
Die schnellste Runde des Rennens, eine 1:11.737, die Prost in Runde 45 fuhr, war über zwei Sekunden langsamer als die 1:09,548, die Piquet im Jahr zuvor in einem Williams mit Honda-Antrieb gefahren war – eine Folge der Beschränkungen, die in dieser Saison für Turbomotoren gelten, wobei der Hauptunterschied in den Geschwindigkeiten besteht, die auf der nun 1 km langen Mistral-Geraden erreicht werden. 1987 wurden die schnellsten Turbo-Autos (mit Honda-Motor) auf der Geraden mit 325 km/h gemessen. 1988 wurde die Höchstgeschwindigkeit mit 311 km/h gemessen.
Für Prost war es der dritte Sieg bei seinem Heim-Grand-Prix, nachdem er bereits 1981 in Dijon (sein erster Grand-Prix-Sieg) und 1983 auf der vollen Länge von Paul Ricard gewonnen hatte. Beide Male war er für das Renault-Werksteam gefahren.