Het Centrum werd in 1959 opgericht onder leiding van Martin Meyerson, de oprichtingsdirecteur, als het Harvard-MIT Joint Center for Urban Studies om intellectuele en beleidskwesties aan te pakken waarmee een natie die werd geconfronteerd met wijdverbreide demografische, economische en sociale veranderingen, werd geconfronteerd. Het onderzoek was gebaseerd op de vooronderstelling dat voor de oplossing van deze problemen een vindingrijke interdisciplinaire benadering van de studie van stedelijke problemen en vraagstukken nodig was, en samenwerking tussen universiteiten, overheid en bedrijfsleven.
In 1989 werd een afsplitsing gemaakt van het Massachusetts Institute of Technology, en werd het uitsluitend verbonden aan Harvard’s Graduate School of Design en Kennedy School of Government. Het Centrum consolideerde de focus op huisvesting die in de jaren 1970 was ontstaan, en veranderde de uitgang van zijn naam van “Urban Studies” in “Housing Studies.”
Een jaarlijkse lezing ter ere van John Thomas Dunlop wordt beheerd door het Joint Center for Housing Studies. Bekende hoofdsprekers zijn onder meer: Herbert Kohler Jr. (2001); Angelo Mozilo (2002); Henry Cisneros (2003); Kim B. Clark (2004); Jack Kemp (2005); Lewis Ranieri (2008); Shaun Donovan (2009); Marc Morial (2010); Jonathan Reckford (2011); Mel Martínez (2012); Ron Terwilliger (2013); Jonathan F. P. Rose (2014); Marty Walsh (2017); Raphael Bostic (2018); Kim Dowdell (2019); en Michael Maltzan (2020).