Das Zentrum wurde 1959 unter der Leitung seines Gründungsdirektors Martin Meyerson als Harvard-MIT Joint Center for Urban Studies gegründet, um sich mit intellektuellen und politischen Fragen zu befassen, mit denen eine Nation konfrontiert ist, die weitreichende demographische, wirtschaftliche und soziale Veränderungen erlebt. Seine Forschung basierte auf der Prämisse, dass die Lösung dieser Fragen phantasievolle interdisziplinäre Ansätze zur Untersuchung städtischer Probleme und Fragen erforderte und eine Zusammenarbeit zwischen Universitäten, Regierung und Industrie erforderte.
Im Jahr 1989 wurde das Zentrum vom Massachusetts Institute of Technology abgetrennt und ausschließlich der Graduate School of Design und der Kennedy School of Government von Harvard angegliedert. Das Zentrum konsolidierte den Schwerpunkt Wohnen, der sich in den 1970er Jahren herausgebildet hatte, und änderte die Endung seines Namens von „Urban Studies“ in „Housing Studies“.
Eine jährliche Vorlesung zu Ehren von John Thomas Dunlop wird vom Joint Center for Housing Studies veranstaltet. Zu den bemerkenswerten Hauptrednern gehören: Herbert Kohler Jr. (2001); Angelo Mozilo (2002); Henry Cisneros (2003); Kim B. Clark (2004); Jack Kemp (2005); Lewis Ranieri (2008); Shaun Donovan (2009); Marc Morial (2010); Jonathan Reckford (2011); Mel Martínez (2012); Ron Terwilliger (2013); Jonathan F. P. Rose (2014); Marty Walsh (2017); Raphael Bostic (2018); Kim Dowdell (2019); und Michael Maltzan (2020).