O Centro foi formado em 1959 sob a liderança de Martin Meyerson, seu diretor fundador, como o Harvard-MIT Joint Center for Urban Studies para tratar de questões intelectuais e políticas enfrentadas por uma nação que passa por mudanças demográficas, econômicas e sociais generalizadas. Sua pesquisa foi baseada na premissa de que a resolução dessas questões exigia abordagens interdisciplinares imaginativas para o estudo dos problemas e questões urbanas, e exigia cooperação entre universidades, governo e indústria.
Em 1989, foi feita uma cisão do Massachusetts Institute of Technology, e tornou-se filiado somente à Harvard’s Graduate School of Design e à Kennedy School of Government. O Centro consolidou o foco na habitação que tinha surgido durante os anos 70, e mudou o fim do seu nome de “Urban Studies” para “Housing Studies”
Uma palestra anual em homenagem a John Thomas Dunlop é administrada pelo Joint Center for Housing Studies. Notáveis notas-chave incluem: Herbert Kohler Jr. (2001); Angelo Mozilo (2002); Henry Cisneros (2003); Kim B. Clark (2004); Jack Kemp (2005); Lewis Ranieri (2008); Shaun Donovan (2009); Marc Morial (2010); Jonathan Reckford (2011); Mel Martínez (2012); Ron Terwilliger (2013); Jonathan F. P. Rose (2014); Marty Walsh (2017); Raphael Bostic (2018); Kim Dowdell (2019); e Michael Maltzan (2020).