Prost conduziu para longe de Senna e das duas Ferraris, com Piquet passando os dois Benettons para quinto. Apesar das preocupações nas boxes da McLaren sobre o consumo de combustível excessivamente alto (as leituras de combustível nos carros estavam mostrando menos combustível usado do que o que a telemetria Honda estava dizendo à equipe), Ron Dennis estava alegadamente preparado para deixar seus pilotos ficarem sem combustível às custas de uma temporada perfeita se isso os ensinasse a serem mais conservadores, dada a sua vantagem óbvia sobre o campo, embora no final as leituras a bordo se provassem corretas. Prost manteve uma vantagem de dois segundos sobre Senna até as paragens nas boxes a meio da corrida, enquanto uma paragem antecipada de Berger na volta 22 permitiu ao companheiro de equipa Alboreto passar para a terceira posição. Enquanto ambos os McLarens estavam a correr um para o outro na frente, ainda se afastavam do campo por vezes a um segundo por volta.
Senna fez a sua paragem nas boxes três voltas antes de Prost, permitindo-lhe assumir a liderança graças a uma paragem lenta para Prost com uma roda dianteira colada, mas o tráfego na recta Mistral (incluindo um Piquet menos que útil que provavelmente gostou de ver Senna perder a liderança para Prost de perto) e um problema na caixa de velocidades permitiu que Prost se fechasse mesmo em cima dele e depois o ultrapassasse na volta 61, enquanto eles voltavam Alex Caffi e Pierluigi Martini na esquina da Signes. Enquanto isso, Berger recuperou o terceiro lugar apenas para Alboreto passar por ele novamente durante as paradas nas boxes, enquanto Mansell sofreu sua sétima aposentadoria consecutiva, desistindo na volta 49 com problemas de suspensão, embora ele tivesse recuado por várias voltas com perda de potência de seu motor Judd V8. Depois de voltar às boxes e de se limpar, o inglês deixou o circuito profundamente farto do desempenho dos Williams, alimentando a especulação contínua na imprensa de que deixaria a equipe no final do ano para se juntar à Ferrari depois que a equipe italiana havia anunciado que não iria manter o Alboreto em 1989. Apesar dos rumores se revelarem corretos, Mansell continuou negando que estava se juntando à Ferrari.
No final das voltas, Prost se afastou enquanto os problemas da caixa de velocidades de Senna continuavam, perdendo várias engrenagens. O brasileiro acabou ficando quase 32 segundos atrás do francês, embora ainda estivesse quase 35 segundos à frente de Alboreto, o último homem na volta principal. Berger foi quarto à frente de Piquet, que também sofreu problemas com a caixa de velocidades nas etapas finais da corrida; o último ponto foi para a Benetton de Nannini. A França foi a primeira vez desde o Grande Prémio de Mónaco de 1987 que Alboreto terminou na frente do seu companheiro de equipa numa corrida em que ambos terminaram. Durante a corrida, Alboreto teve a vantagem de um carro quase perfeitamente equilibrado, enquanto Berger reclamou de subviragem severa, algo desnecessário na curva de alta velocidade Signes no final da Mistral.
A volta mais rápida da corrida, uma 1:11.737 definida por Prost na volta 45, foi mais de dois segundos mais lenta que a 1:09.548 definida por Piquet num Williams da Honda no ano anterior – uma consequência das restrições impostas aos motores turboalimentados nesta temporada, sendo a grande diferença as velocidades atingidas na agora Mistral Straight de 1 km de comprimento. Em 1987 os carros turbo mais rápidos (Honda powered) foram cronometrados a 325 km/h (202 mph) na reta. Em 1988 a velocidade máxima foi registada a 311 km/h (193 mph).
Para Prost foi a sua terceira vitória no seu Grand Prix caseiro depois de ter vencido em 1981 em Dijon (a sua primeira vitória no Grand Prix) e em 1983 no comprimento total Paul Ricard. Em ambas as ocasiões, ele tinha conduzido para a equipa de fábrica da Renault.