El Centro se creó en 1959 bajo el liderazgo de Martin Meyerson, su director fundador, como Centro Conjunto de Estudios Urbanos Harvard-MIT para abordar los problemas intelectuales y políticos a los que se enfrentaba una nación que experimentaba un cambio demográfico, económico y social generalizado. Su investigación se basaba en la premisa de que la resolución de estas cuestiones exigía enfoques interdisciplinarios imaginativos para el estudio de los problemas y las cuestiones urbanas, y requería la cooperación entre las universidades, el gobierno y la industria.
En 1989, se separó del Instituto Tecnológico de Massachusetts, y pasó a estar afiliado únicamente a la Escuela Superior de Diseño y la Escuela de Gobierno Kennedy de Harvard. El Centro consolidó el enfoque sobre la vivienda que había surgido durante la década de 1970, y cambió la terminación de su nombre de «Estudios Urbanos» a «Estudios sobre la Vivienda».
El Centro Conjunto de Estudios sobre la Vivienda administra una conferencia anual en honor a John Thomas Dunlop. Entre las conferencias más destacadas se encuentran: Herbert Kohler Jr. (2001); Angelo Mozilo (2002); Henry Cisneros (2003); Kim B. Clark (2004); Jack Kemp (2005); Lewis Ranieri (2008); Shaun Donovan (2009); Marc Morial (2010); Jonathan Reckford (2011); Mel Martínez (2012); Ron Terwilliger (2013); Jonathan F. P. Rose (2014); Marty Walsh (2017); Raphael Bostic (2018); Kim Dowdell (2019); y Michael Maltzan (2020).