Prost se alejó de Senna y de los dos Ferrari, y Piquet pasó a los dos Benetton por la quinta posición. A pesar de la preocupación en el box de McLaren por el excesivo consumo de combustible (los indicadores de combustible de los coches mostraban menos combustible del que la telemetría de Honda indicaba al equipo), Ron Dennis estaba preparado para dejar que sus pilotos se quedaran sin combustible a expensas de una temporada perfecta si eso les enseñaba a ser más conservadores dada su evidente ventaja sobre el resto de pilotos, aunque finalmente los indicadores de a bordo demostraron ser correctos. Prost mantuvo una ventaja de dos segundos sobre Senna hasta las paradas en boxes a mitad de carrera, mientras que una parada temprana de Berger en la vuelta 22 permitió a su compañero de equipo Alboreto situarse en tercera posición. Aunque los dos McLaren estaban compitiendo entre sí en la parte delantera, seguían alejándose del grupo a veces a un segundo por vuelta.
Senna hizo su parada en boxes tres vueltas antes que Prost, lo que le permitió ponerse en cabeza gracias a una parada lenta de Prost con una rueda delantera atascada, pero el tráfico en la recta de Mistral (incluido un Piquet poco servicial que probablemente disfrutó viendo cómo Senna perdía el liderato con Prost de cerca) y un problema en la caja de cambios permitieron a Prost acercarse a él y luego adelantarle en la vuelta 61 cuando superaron a Alex Caffi y Pierluigi Martini en la curva Signes. Mientras tanto, Berger recuperó la tercera posición y Alboreto le adelantó de nuevo durante las paradas en boxes, mientras Mansell sufría su séptimo abandono consecutivo, abandonando en la vuelta 49 con problemas de suspensión, aunque llevaba varias vueltas perdiendo potencia en su motor Judd V8. Tras volver a boxes y limpiarse, el inglés abandonó el circuito profundamente harto del rendimiento del Williams, alimentando las continuas especulaciones en la prensa de que dejaría el equipo a finales de año para unirse a Ferrari, después de que la escudería italiana anunciara que no mantendría a Alboreto para 1989. A pesar de que los rumores resultaron ser ciertos, Mansell siguió negando que fuera a unirse a Ferrari.
En las últimas vueltas, Prost se alejó mientras los problemas de la caja de cambios de Senna continuaban, perdiendo varias marchas. El brasileño terminó finalmente a casi 32 segundos del francés, aunque todavía aventajaba en casi 35 segundos a Alboreto, el último hombre en la vuelta de cabeza. Berger fue cuarto por delante de Piquet, que también sufrió problemas con la caja de cambios en las últimas etapas de la carrera; el punto final fue para el Benetton de Nannini. Francia fue la primera vez desde el Gran Premio de Mónaco de 1987 que Alboreto terminó por delante de su compañero de equipo en una carrera en la que ambos acabaron. Durante la carrera, Alboreto tenía la ventaja de contar con un coche casi perfectamente equilibrado, mientras que Berger se quejaba de un fuerte subviraje, algo que no era necesario en la curva Signes, de alta velocidad, al final de la Mistral.
La vuelta más rápida de la carrera, un 1:11.La vuelta más rápida de la carrera, un 1:11.737 marcado por Prost en la vuelta 45, fue más de dos segundos más lenta que el 1:09.548 marcado por Piquet en un Williams con motor Honda el año anterior, una consecuencia de las restricciones impuestas a los motores con turbocompresor esta temporada, siendo la principal diferencia las velocidades alcanzadas en la recta Mistral, ahora de 1 km de longitud. En 1987, los coches turbo más rápidos (con motor Honda) alcanzaron 325 km/h (202 mph) en la recta. En 1988 la velocidad máxima se registró en 311 km/h.
Para Prost era su tercera victoria en su Gran Premio de casa después de ganar en 1981 en Dijon (su primera victoria en un Gran Premio) y en 1983 en el Paul Ricard de longitud completa. En ambas ocasiones había pilotado para el equipo oficial Renault.