A principios de la década de 1920, A.P. Moller consideró la posibilidad de entrar en el negocio del comercio de línea. Se preveía que el comercio de tramp, en el que los buques navegaban de un puerto a otro en función de la demanda, perdería terreno frente a los transatlánticos con el tiempo. El 12 de julio de 1928, el buque Leise Mærsk partió de Baltimore en su primer viaje desde la costa este de Estados Unidos a través del Canal de Panamá hasta el Lejano Oriente y de vuelta. El cargamento consistía en piezas de automóviles Ford y otra carga general. Esto supuso el inicio de los servicios de transporte marítimo de Maersk. Maersk Line comenzó a crecer en 1946, tras la Segunda Guerra Mundial, transportando mercancías entre América y Europa, antes de ampliar sus servicios en 1950. El 26 de abril de 1956 se introdujo el transporte marítimo de contenedores con el envío de un contenedor Sea-Land a bordo del SS Ideal X desde el puerto de Newark (Nueva Jersey) a Houston (Texas). En 1967, el transportista anglo P&O formó parte de la primera iniciativa europea, una agrupación de servicios de línea de cuatro compañías, en la nueva empresa Overseas Containers Limited (OCL). Tanto Sea-land como P&O serían posteriormente adquiridas por Maersk Line al ampliar sus operaciones entre 1999 y 2005.
En 1999, Maersk llegó a un acuerdo para la adquisición de Safmarine Container Lines (SCL) y sus actividades de transporte marítimo relacionadas de South African Marine Corporation Limited (Safmarine). En el momento de la adquisición, Safmarine Container Lines operaba aproximadamente 50 buques de línea y una flota de unos 80.000 contenedores. Cubría un total de diez rutas y complementaba plenamente la red existente de Maersk Line. Safmarine Container Lines se unió al Grupo A.P. Moller – Maersk como una unidad independiente con sus propias actividades de transporte marítimo.
El 10 de diciembre de 1999, el Grupo A.P. Moller adquirió el negocio de contenedores internacionales de SeaLand Service Inc. El negocio se integró en las empresas del Grupo A.P. Moller y, como parte de la integración, Maersk Line cambió su nombre por el de Maersk Sealand. La adquisición comprendía 70 buques, casi 200.000 contenedores, así como terminales, oficinas y agencias en todo el mundo.
En mayo de 2005 Maersk anunció sus planes de comprar P&O Nedlloyd por 2.300 millones de euros. En el momento de la adquisición, P&O Nedlloyd tenía el 6% de la cuota de mercado mundial del sector, y Maersk-Sealand el 12%. La empresa combinada tendría alrededor del 18% de la cuota de mercado mundial. Maersk completó la compra de la compañía el 13 de agosto de 2005, y las acciones de Royal P&O Nedlloyd dejaron de cotizar el 5 de septiembre. En febrero de 2006, la nueva entidad combinada adoptó el nombre de «Mærsk Line»
En el momento en que la compañía se integró en A.P. Moller, poseía y fletaba una flota de más de 160 buques. Su flota de contenedores, compuesta por buques propios y alquilados, tenía una capacidad de 635.000 unidades equivalentes a veinte pies (TEU). Royal P&O Nedlloyd N.V. tenía 13.000 empleados en 146 países.
A finales de 2006, la cuota de mercado global de Maersk había caído del 18,2% al 16,8%, al mismo tiempo, los dos siguientes transportistas más importantes aumentaron su cuota de mercado, MSC pasó del 8,6% al 9,5% y CMA CGM del 5,6% al 6,5%. En enero de 2008, Maersk Line anunció drásticas medidas de reorganización.
En noviembre de 2015, tras unos resultados inferiores a los esperados, Maersk Line anunció su decisión de despedir a 4000 empleados de aquí a 2017. El grupo dijo que reduciría sus costes anuales de administración en 250 millones de dólares en los próximos dos años y que cancelaría 35 viajes programados en el cuarto trimestre de 2015, además de cuatro salidas regulares que canceló a principios de año.
A partir de octubre de 2015, Maersk Line junto con sus filiales como Seago, MCC, Safmarine y SeaLand, controlan una cuota combinada del 18% del mercado total de transporte marítimo de contenedores.
Desde el 1 de diciembre de 2017, Hamburg Süd ya forma parte de la empresa.