Keskus perustettiin vuonna 1959 perustajajohtajan Martin Meyersonin johdolla Harvardin ja MIT:n yhteiseksi kaupunkitutkimuskeskukseksi (Harvard-MIT Joint Center for Urban Studies) käsittelemään älyllisiä ja poliittisia kysymyksiä, joita kansakunta kohtaa laajamittaisessa demografisessa, taloudellisessa ja sosiaalisessa muutoksessa. Sen tutkimus perustui lähtökohtaan, jonka mukaan näiden kysymysten ratkaiseminen vaati mielikuvituksellisia tieteidenvälisiä lähestymistapoja kaupunkiongelmien ja -kysymysten tutkimiseen ja edellytti yhteistyötä yliopistojen, hallituksen ja teollisuuden välillä.
Vuonna 1989 keskus irrottautui Massachusettsin teknillisestä korkeakoulusta, ja siitä tuli yksinomaan Harvardin muotoilun tutkijakoulun (Graduate School of Design) ja Hallituksen tutkijakoulun (Kennedy School of Government) alainen. Keskus vakiinnutti 1970-luvulla syntyneen keskittymisen asumiseen ja muutti nimensä päätteen ”Urban Studies” muotoon ”Housing Studies.”
John Thomas Dunlopin kunniaksi järjestetään vuosittain luento, jota hallinnoi Joint Center for Housing Studies. Huomionarvoisia pääpuhujia ovat mm: Herbert Kohler Jr. (2001); Angelo Mozilo (2002); Henry Cisneros (2003); Kim B. Clark (2004); Jack Kemp (2005); Lewis Ranieri (2008); Shaun Donovan (2009); Marc Morial (2010); Jonathan Reckford (2011); Mel Martínez (2012); Ron Terwilliger (2013); Jonathan F. P. Rose (2014); Marty Walsh (2017); Raphael Bostic (2018); Kim Dowdell (2019) ja Michael Maltzan (2020).