A.P. Moller harkitsi 1920-luvun alussa mahdollisuuksia ryhtyä linjaliiketoimintaan. Hakurahtiliikenteen, jossa alukset purjehtivat satamasta toiseen kysynnän mukaan, odotettiin menettävän aikanaan asemiaan linjaliikenteelle. Alus Leise Mærsk lähti 12. heinäkuuta 1928 Baltimoresta ensimmäiselle matkalleen Yhdysvaltain itärannikolta Panaman kanavan kautta Kaukoitään ja takaisin. Lastina oli Fordin autonosia ja muuta kappaletavaraa. Tämä merkitsi Maerskin laivaliikenteen alkua. Maersk Line alkoi kasvaa toisen maailmansodan jälkeen vuonna 1946 kuljettamalla tavaroita Amerikan ja Euroopan välillä ja laajensi palvelujaan vuonna 1950. Huhtikuun 26. päivänä 1956 otettiin käyttöön merikonttien kuljetus, kun Sea-Land-kontti lähetettiin SS Ideal X -aluksella New Jerseyn Port Newarkista Houstoniin, Texasiin. Vuonna 1967 englantilainen rahdinkuljettaja P&O osallistui ensimmäiseen eurooppalaiseen aloitteeseen, jossa neljän yhtiön linjaliikennepalvelut yhdistettiin uudeksi yritykseksi Overseas Containers Limited (OCL). Sekä Sea-land että P&O siirtyivät myöhemmin Maersk Linen omistukseen, kun se laajensi toimintaansa vuosina 1999-2005.
Maersk teki vuonna 1999 sopimuksen Safmarine Container Linesin (SCL) ja siihen liittyvän linjaliiketoiminnan ostamisesta South African Marine Corporation Limitediltä (Safmarine). Ostohetkellä Safmarine Container Linesilla oli noin 50 linjaliikenteen alusta ja noin 80 000 kontin laivasto. Se kattoi yhteensä kymmenen liikennöintialuetta ja täydensi täysin Maersk Linen nykyistä verkostoa. Safmarine Container Lines liittyi A.P. Moller – Maersk -konserniin itsenäisenä yksikkönä, jolla oli oma linjaliikennetoimintansa.
A.P. Moller -konserni osti 10. joulukuuta 1999 SeaLand Service Inc:n kansainvälisen konttiliiketoiminnan. Liiketoiminta integroitiin A.P. Moller -konsernin yhtiöihin, ja osana integrointia Maersk Line muutti nimensä Maersk Sealandiksi. Yritysosto käsitti 70 alusta, lähes 200 000 konttia sekä terminaalit, toimistot ja agentuurit eri puolilla maailmaa.
Toukokuussa 2005 Maersk ilmoitti suunnitelmistaan ostaa P&O Nedlloyd 2,3 miljardilla eurolla. Ostohetkellä P&O Nedlloydilla oli 6 % ja Maersk-Sealandilla 12 % alan maailmanlaajuisesta markkinaosuudesta. Yhdistetyn yhtiön osuus maailmanmarkkinoista olisi noin 18 prosenttia. Maersk sai yritysoston päätökseen 13. elokuuta 2005, Royal P&O Nedlloydin osakkeet lopettivat kaupankäynnin 5. syyskuuta. Helmikuussa 2006 uusi yhdistetty yritys otti käyttöön nimen ”Mærsk Line”
Yhtiöllä oli A.P. Molleriin sulautuessaan yli 160 aluksen laivasto, jota se omisti ja vuokrasi. Sen konttilaivaston, joka koostui omista ja vuokratuista aluksista, kapasiteetti oli 635 000 kahdenkymmenen jalan ekvivalenttiyksikköä (TEU). Royal P&O Nedlloyd N.V:llä oli 13 000 työntekijää 146 maassa.
Vuoden 2006 loppuun mennessä Maerskin maailmanlaajuinen markkinaosuus oli laskenut 18,2 %:sta 16,8 %:iin, samaan aikaan kaksi seuraavaksi suurinta varustamoa kasvattivat markkinaosuuttaan: MSC nousi 8,6 %:sta 9,5 %:iin ja CMA CGM 5,6 %:sta 6,5 %:iin. Tammikuussa 2008 Maersk Line ilmoitti rajuista uudelleenjärjestelytoimenpiteistä.
Marraskuussa 2015 odotettua heikompien tulosten jälkeen Maersk Line ilmoitti päätöksestään irtisanoa 4000 työntekijää vuoteen 2017 mennessä. Konserni kertoi leikkaavansa vuotuisia hallintokulujaan 250 miljoonalla dollarilla seuraavien kahden vuoden aikana ja peruuttavansa 35 aikataulunmukaista matkaa vuoden 2015 viimeisellä neljänneksellä niiden neljän säännöllisen aikataulunmukaisen purjehduksen lisäksi, jotka se oli peruuttanut aiemmin tänä vuonna.
Lokakuussa 2015 Maersk Line yhdessä tytäryhtiöidensä, kuten Seagon, MCC:n, Safmarinen ja SeaLandin kanssa hallitsi yhteensä 18 %:n osuutta konttilaivaliikenteen kokonaismarkkinasta.
1.12.2017 lähtien Hamburg Süd on jo ollut osa yhtiötä.