Le centre a été créé en 1959 sous la direction de Martin Meyerson, son directeur fondateur, en tant que Centre conjoint d’études urbaines Harvard-MIT, afin d’aborder les questions intellectuelles et politiques auxquelles était confrontée une nation connaissant des changements démographiques, économiques et sociaux de grande ampleur. Ses recherches étaient fondées sur le principe que la résolution de ces questions nécessitait des approches interdisciplinaires imaginatives pour l’étude des problèmes et des questions urbaines, et exigeait une coopération entre les universités, le gouvernement et l’industrie.
En 1989, une scission a été faite avec le Massachusetts Institute of Technology, et est devenu affilié uniquement à la Graduate School of Design et la Kennedy School of Government de Harvard. Le centre a consolidé l’accent sur le logement qui avait émergé au cours des années 1970, et a changé la terminaison de son nom de « études urbaines » à « études sur le logement. »
Une conférence annuelle en l’honneur de John Thomas Dunlop est administrée par le Joint Center for Housing Studies. Parmi les conférenciers notables, citons : Herbert Kohler Jr. (2001) ; Angelo Mozilo (2002) ; Henry Cisneros (2003) ; Kim B. Clark (2004) ; Jack Kemp (2005) ; Lewis Ranieri (2008) ; Shaun Donovan (2009) ; Marc Morial (2010) ; Jonathan Reckford (2011) ; Mel Martínez (2012) ; Ron Terwilliger (2013) ; Jonathan F. P. Rose (2014) ; Marty Walsh (2017) ; Raphael Bostic (2018) ; Kim Dowdell (2019) ; et Michael Maltzan (2020).