La începutul anilor 1920, A.P. Moller a luat în considerare posibilitatea de a intra în domeniul comerțului de linie. Comerțul de tip tramp, în care navele navigau de la un port la altul în funcție de cerere, era de așteptat să piardă teren în fața navelor de linie în timp. La 12 iulie 1928, nava Leise Mærsk a plecat din Baltimore în prima sa călătorie de pe coasta de est americană prin Canalul Panama către Orientul Îndepărtat și înapoi. Încărcătura era formată din piese auto Ford și alte mărfuri generale. Acest lucru a anunțat începutul serviciilor de transport maritim ale Maersk. Maersk Line a început să se dezvolte în 1946, după cel de-al Doilea Război Mondial, transportând mărfuri între America și Europa, înainte de a-și extinde serviciile în 1950. La 26 aprilie 1956, transportul maritim de containere a fost introdus prin expedierea unui container Sea-Land la bordul SS Ideal X din Port Newark, New Jersey, către Houston, Texas. În 1967, transportatorul anglo-saxon P&O a făcut parte din prima inițiativă europeană, o punere în comun a serviciilor maritime de linie de la patru companii, în noua companie Overseas Containers Limited (OCL). Atât Sea-land, cât și P&O aveau să fie preluate ulterior de Maersk Line, pe măsură ce aceasta și-a extins operațiunile între 1999 și 2005.
În 1999, Maersk a încheiat un acord de achiziție a Safmarine Container Lines (SCL) și a activităților sale de linie conexe de la South African Marine Corporation Limited (Safmarine). La momentul achiziției, Safmarine Container Lines opera aproximativ 50 de nave de linie și o flotă de aproximativ 80.000 de containere. Aceasta acoperea un total de zece traderi și completa pe deplin rețeaua existentă a Maersk Line. Safmarine Container Lines s-a alăturat grupului A.P. Moller – Maersk ca unitate independentă cu propriile sale activități de linie.
La 10 decembrie 1999, grupul A.P. Moller a achiziționat activitățile internaționale de containere ale SeaLand Service Inc. Afacerea a fost integrată cu societățile grupului A.P. Moller și, ca parte a integrării, Maersk Line și-a schimbat numele în Maersk Sealand. Achiziția cuprindea 70 de nave, aproape 200.000 de containere, precum și terminale, birouri și agenții din întreaga lume.
În mai 2005, Maersk a anunțat că intenționează să cumpere P&O Nedlloyd pentru 2,3 miliarde de euro. La momentul achiziției, P&O Nedlloyd deținea 6% din cota de piață globală a industriei, iar Maersk-Sealand avea 12%. Compania combinată ar urma să dețină aproximativ 18% din cota de piață mondială. Maersk a finalizat achiziția companiei la 13 august 2005, iar acțiunile Royal P&O Nedlloyd au încetat să se mai tranzacționeze la 5 septembrie. În februarie 2006, noua entitate combinată a adoptat numele „Mærsk Line”
În momentul în care compania a fost încorporată în A.P. Moller, aceasta deținea și închiria o flotă de peste 160 de nave. Flota sa de containere, formată din nave proprii și închiriate, avea o capacitate de 635.000 de unități echivalente cu douăzeci de picioare (TEU). Royal P&O Nedlloyd N.V. avea 13.000 de angajați în 146 de țări.
Până la sfârșitul anului 2006, cota de piață globală a Maersk scăzuse de la 18,2% la 16,8%, în același timp, următorii doi mari transportatori și-au crescut cota de piață, MSC a trecut de la 8,6% la 9,5%, iar CMA CGM de la 5,6% la 6,5%. În ianuarie 2008, Maersk Line a anunțat măsuri drastice de reorganizare.
În noiembrie 2015, după rezultate mai mici decât cele așteptate, Maersk Line a anunțat decizia de a concedia 4000 de angajați până în 2017. Grupul a declarat că își va reduce costurile anuale de administrare cu 250 de milioane de dolari în următorii doi ani și că va anula 35 de voiaje programate în al patrulea trimestru din 2015, pe lângă cele patru voiaje programate în mod regulat pe care le-a anulat la începutul anului.
În octombrie 2015, Maersk Line, împreună cu filialele sale, cum ar fi Seago, MCC, Safmarine și SeaLand, controlează o cotă combinată de 18% din piața totală a transportului maritim de containere.
De la 1 decembrie 2017, Hamburg Süd face deja parte din companie.
.