Prost liep weg van Senna en de twee Ferrari’s, terwijl Piquet de twee Benettons passeerde voor de vijfde plaats. Hoewel men zich in de McLaren-pits zorgen maakte over het te hoge brandstofverbruik (de brandstofmeters in de auto’s gaven minder verbruikte brandstof aan dan de Honda-telemetrie het team vertelde), was Ron Dennis naar verluidt bereid zijn coureurs zonder brandstof te laten rijden ten koste van een perfect seizoen, als ze daardoor leerden conservatiever te rijden gezien hun duidelijke voorsprong op het veld, hoewel uiteindelijk bleek dat de metingen aan boord correct waren. Prost behield een voorsprong van twee seconden op Senna tot de pitstops halverwege de race, terwijl een vroege stop van Berger in ronde 22 teamgenoot Alboreto naar de derde plaats liet doorschuiven. Terwijl beide McLarens elkaar voorin de loef afstevenden, reden ze nog steeds weg van het veld met soms een seconde per ronde.
Senna maakte zijn pitstop drie ronden voor Prost, waardoor hij de leiding kon overnemen dankzij een trage stop van Prost met een vastzittend voorwiel, maar verkeer op het rechte stuk van Mistral (inclusief een weinig behulpzame Piquet die er waarschijnlijk van genoot om Senna van dichtbij de leiding te zien verliezen aan Prost) en een probleem met de versnellingsbak stelden Prost in staat om vlak achter hem te komen en hem vervolgens in ronde 61 in te halen toen ze Alex Caffi en Pierluigi Martini in de rondte reden bij de Signes bocht. Ondertussen heroverde Berger de derde plaats en werd hij tijdens de pitstops weer voorbijgestoken door Alboreto, terwijl Mansell voor de zevende keer op rij uitviel en in ronde 49 uitviel met problemen met de ophanging, hoewel hij al een aantal ronden terugviel door vermogensverlies van zijn Judd V8-motor. Nadat hij was teruggekeerd naar de pits en zich had opgefrist, verliet de Engelsman het circuit met diepe teleurstelling over de prestaties van de Williams. Dit voedde de aanhoudende speculaties in de pers dat hij het team aan het eind van het jaar zou verlaten om bij Ferrari te gaan rijden nadat het Italiaanse team had aangekondigd dat ze Alboreto niet zouden houden voor 1989. Ondanks dat de geruchten juist bleken te zijn, bleef Mansell ontkennen dat hij bij Ferrari zou komen.
In de laatste ronden, trok Prost weg terwijl Senna’s versnellingsbak problemen bleef houden en verschillende versnellingen verloor. De Braziliaan eindigde uiteindelijk bijna 32 seconden achter de Fransman, hoewel hij nog steeds bijna 35 seconden voor lag op Alboreto, de laatste man in de hoofdronde. Berger werd vierde voor Piquet, die in de latere fases van de race ook problemen met zijn versnellingsbak kreeg; het laatste punt ging naar de Benetton van Nannini. Frankrijk was de eerste keer sinds de Grand Prix van Monaco van 1987 dat Alboreto voor zijn teamgenoot eindigde in een race waarin ze beiden finishten. Tijdens de race had Alboreto het voordeel van een bijna perfect uitgebalanceerde auto, terwijl Berger klaagde over zwaar onderstuur, iets wat niet nodig was in de hoge snelheidsbocht Signes aan het eind van de Mistral.
De snelste ronde van de race, een 1:11.737 door Prost in ronde 45, was meer dan twee seconden langzamer dan de 1:09.548 van Piquet in een Honda-aangedreven Williams in het voorgaande jaar – een gevolg van de beperkingen die dit seizoen aan turbomotoren werden opgelegd met als grootste verschil de snelheden die werden bereikt op het nu 1 km lange Mistral Straight. In 1987 werden de snelste turbowagens (met Honda-motor) geklokt op 325 km/u (202 mph) op het rechte stuk. In 1988 werd een topsnelheid van 311 km/u (193 mph) genoteerd.
Voor Prost was het zijn derde overwinning in zijn thuis Grand Prix nadat hij zowel in 1981 in Dijon (zijn eerste Grand Prix overwinning) als in 1983 op het over de gehele lengte Paul Ricard had gewonnen. Bij beide gelegenheden had hij gereden voor het fabrieksteam van Renault.