Na początku lat dwudziestych XX wieku A.P. Moller rozważał możliwość wejścia w branżę handlu liniowego. Przewidywano, że handel trampowy, w którym statki pływały od portu do portu w zależności od zapotrzebowania, z czasem straci na znaczeniu na rzecz liniowców. W dniu 12 lipca 1928 r. statek Leise Mærsk wyruszył z Baltimore w swój pierwszy rejs z amerykańskiego wschodniego wybrzeża przez Kanał Panamski na Daleki Wschód i z powrotem. Ładunek składał się z części samochodowych Forda i innych drobnicowych towarów. Zwiastowało to początek działalności żeglugowej firmy Maersk. Po II wojnie światowej Maersk Line zaczął się rozwijać w 1946 r., przewożąc towary między Ameryką a Europą, a następnie rozszerzył zakres usług w 1950 r. W dniu 26 kwietnia 1956 r. wprowadzono oceaniczny transport kontenerowy poprzez wysłanie kontenera Sea-Land na pokładzie SS Ideal X z Port Newark w New Jersey do Houston w Teksasie. W 1967 r. anglojęzyczny przewoźnik P&O był częścią pierwszej europejskiej inicjatywy, polegającej na połączeniu usług liniowych czterech przedsiębiorstw w nową spółkę Overseas Containers Limited (OCL). Zarówno Sea-land, jak i P&O zostały później przejęte przez Maersk Line w ramach rozszerzenia działalności w latach 1999-2005.
W 1999 r. Maersk zawarł umowę w sprawie przejęcia Safmarine Container Lines (SCL) i związanej z nim działalności liniowej od South African Marine Corporation Limited (Safmarine). W momencie przejęcia Safmarine Container Lines eksploatowało około 50 statków liniowych i dysponowało flotą około 80 000 kontenerów. Obsługiwała w sumie dziesięć szlaków handlowych i w pełni uzupełniała istniejącą sieć Maersk Line. Safmarine Container Lines dołączyła do A.P. Moller – Maersk Group jako niezależna jednostka prowadząca własną działalność liniową.
Dnia 10 grudnia 1999 r. A.P. Moller Group nabyła międzynarodową działalność kontenerową SeaLand Service Inc. Działalność ta została zintegrowana ze spółkami Grupy A.P. Moller, a w ramach integracji Maersk Line zmienił nazwę na Maersk Sealand. Przejęcie obejmowało 70 statków, prawie 200 000 kontenerów, jak również terminale, biura i agencje na całym świecie.
W maju 2005 roku Maersk ogłosił plany zakupu P&O Nedlloyd za 2,3 mld euro. W momencie przejęcia, P&O Nedlloyd miał 6% udziału w światowym rynku przemysłowym, a Maersk-Sealand miał 12%. Połączona firma będzie miała około 18% udziału w rynku światowym. Maersk zakończył wykup spółki w dniu 13 sierpnia 2005 r., akcje Royal P&O Nedlloyd zakończyły obrót w dniu 5 września. W lutym 2006 r. nowy połączony podmiot przyjął nazwę „Mærsk Line”
W momencie włączenia firmy do A.P. Moller, posiadała ona i czarterowała flotę ponad 160 statków. Its container fleet, consisting of owned and leased vessels, had a capacity of 635,000 twenty-foot equivalent units (TEU). Royal P&O Nedlloyd N.V. zatrudniał 13 000 pracowników w 146 krajach.
Do końca 2006 r. udział Maersk w rynku światowym spadł z 18,2% do 16,8%, w tym samym czasie dwaj kolejni najwięksi przewoźnicy zwiększyli swój udział w rynku, MSC z 8,6% do 9,5%, a CMA CGM z 5,6% do 6,5%. W styczniu 2008 roku Maersk Line ogłosił drastyczne środki reorganizacyjne.
W listopadzie 2015 roku, po niższych niż oczekiwano wynikach, Maersk Line ogłosił decyzję o zwolnieniu 4000 pracowników do 2017 roku. Grupa powiedziała, że obniży swoje roczne koszty administracyjne o 250 mln USD w ciągu najbliższych dwóch lat i odwoła 35 zaplanowanych rejsów w czwartym kwartale 2015 r. na szczycie czterech regularnie zaplanowanych rejsów, które odwołała wcześniej w roku.
W październiku 2015 r., Maersk Line wraz ze swoimi spółkami zależnymi, takimi jak Seago, MCC, Safmarine i SeaLand, kontroluje łączny 18% udział w całkowitym rynku żeglugi kontenerowej.
Od 1 grudnia 2017 r., Hamburg Süd jest już częścią firmy.
.