Alexander McGillivray levde fram till 14 års ålder på sin fars handelsplats vid Tallapoosa-floden. Hans mor tillhörde en klan av creekindianerna och var till hälften fransyska; hans far, som var skotte, var en handelsman med politiskt inflytande bland creekindianerna. År 1773 åkte McGillivray till Charleston, S.C., och sedan till Savannah, Ga., där han fick en god utbildning. Han arbetade sedan i en handelsfirma och fortsatte att studera historia.
Under den amerikanska revolutionen tjänade McGillivrays far britterna. Eftersom han var lojalist konfiskerades hans egendom och han flydde till Skottland; McGillivray återvände till sin mors folk. Efter kriget var McGillivrays allians med brittiska handelsmän i spanska Florida mot amerikanerna av stor betydelse, för vid hans mors död valde rådet honom till stamledare. Snart kallades han för kejsare av Creek-nationen, en titel han fantiserade om.
McGillivrays mål var att bilda en allians av sydliga indianer och använda hjälp från England och Spanien för att tvinga USA att dra sig tillbaka från Georgia, Kentucky och Tennessee. År 1784 undertecknade han ett fördrag med Spanien som gjorde honom till överste med en lön på 50 dollar i månaden. I gengäld skulle Spanien monopolisera handeln med krekerna och McGillivray skulle fördriva amerikanerna.
Hatande amerikanerna för att de konfiskerade hans familjs egendom, inledde McGillivray ett krig mot USA; slag utkämpades snart från Georgia till Cumberland, Tenn. Detta krig var så framgångsrikt att en agent från kongressen 1787 besökte McGillivray. Möjligen föreslog creekhövdingen att creekerna skulle organiseras och godkännas som en stat. Samma år slutade spanjorerna att leverera ammunition till McGillivray. Leveranserna återupptogs 1789, men spanjorerna litade aldrig helt på honom igen.
Med organiseringen av en starkare amerikansk regering skickade president George Washington agenter för att förhandla med creeks. Det första försöket misslyckades. Men 1790 övertalades McGillivray att resa till New York City; där förkastade han sitt fördrag med Spanien och undertecknade ett avtal med USA där han avstod en del av creekernas landområden och utnämndes till brigadgeneral med en lön på 1 200 dollar per år. Med sina inkomster blev McGillivray ägare till tre plantager och 60 slavar.
Snart efter sin återkomst från New York ingick McGillivray ett nytt avtal med Spanien där han förkastade fördraget i New York; han fick 2 000 dollar per år av spanjorerna (höjdes senare till 3 500 dollar per år). Den 17 februari 1793, när han förhandlade med spanjorerna om att bilda ett nytt indiankonfederation för att motarbeta USA, dog han av feber.