Prost vedl před Sennou a oběma Ferrari, Piquet předjel oba Benettony a byl pátý. Navzdory obavám v boxech McLarenu z příliš vysoké spotřeby paliva (údaje ve vozech ukazovaly nižší spotřebu paliva, než jakou týmu hlásila telemetrie Hondy) byl Ron Dennis údajně připraven nechat své jezdce vyčerpat palivo i na úkor perfektní sezóny, pokud by je to naučilo být konzervativnější vzhledem k jejich zjevnému náskoku před závodním polem, i když se nakonec ukázalo, že palubní údaje byly správné. Prost si až do zastávek v boxech v polovině závodu udržoval dvousekundový náskok před Sennou, zatímco Bergerova brzká zastávka ve 22. kole umožnila týmovému kolegovi Alboretovi dostat se na třetí místo. Zatímco se oba McLareny předháněly v jízdě vpředu, stále se vzdalovaly závodnímu poli rychlostí někdy i vteřinu na kolo.
Senna zastavil v boxech tři kola před Prostem, což mu umožnilo převzít vedení díky pomalé zastávce Prosta se zaseknutým předním kolem, ale provoz na rovince Mistral (včetně nepříliš vstřícného Piqueta, který si nejspíš užíval, jak Senna těsně ztrácí vedení na Prosta) a problém s převodovkou umožnily Prostovi, aby se k němu přiblížil a pak ho v 61. kole předjel, když v zatáčce Signes předjel Alexe Caffiho a Pierluigiho Martiniho. Mezitím Berger získal zpět třetí místo jen proto, aby ho Alboreto během zastávek v boxech znovu předjel, zatímco Mansella postihlo sedmé odstoupení v řadě, když odstoupil ve 49. kole s problémy se zavěšením, ačkoli již několik kol ztrácel výkon svého motoru Judd V8. Poté, co se Angličan vrátil do boxů a dal se do pořádku, opustil okruh hluboce otráven výkonem Williamsu, což podpořilo pokračující spekulace v tisku, že na konci roku opustí tým a připojí se k Ferrari poté, co italský tým oznámil, že si Alboreta pro rok 1989 nenechá. Přestože se tyto zvěsti ukázaly jako pravdivé, Mansell nadále popíral, že by se chtěl připojit k Ferrari.
V závěrečných kolech se Prost odpoutal, protože Sennovy problémy s převodovkou pokračovaly a ztratil několik rychlostních stupňů. Brazilec nakonec dojel téměř 32 sekund za Francouzem, ačkoli měl stále téměř 35sekundový náskok před Alboretem, posledním mužem na vedoucím kole. Berger byl čtvrtý před Piquetem, který měl v pozdějších fázích závodu rovněž problémy s převodovkou; poslední bod získal Nanniniho Benetton. Ve Francii to bylo poprvé od Velké ceny Monaka 1987, kdy Alboreto skončil před svým týmovým kolegou v závodě, který oba dokončili. Během závodu měl Alboreto výhodu téměř dokonale vyváženého vozu, zatímco Berger si stěžoval na silnou nedotáčivost, což ve vysokorychlostní zatáčce Signes na konci Mistralu nebylo zapotřebí.
Nejrychlejší kolo závodu, čas 1:11 min.737, které zajel Prost ve 45. kole, bylo o více než dvě sekundy pomalejší než čas 1:09,548, který v předchozím roce zajel Piquet s vozem Williams s motorem Honda – důsledek omezení, která byla v této sezóně zavedena pro přeplňované motory, přičemž hlavní rozdíl spočíval v rychlostech dosahovaných na nyní 1 km dlouhé rovince Mistral. V roce 1987 byla nejrychlejším vozům s turbodmychadlem (s motorem Honda) na této rovince naměřena rychlost 325 km/h (202 mph). V roce 1988 byla zaznamenána maximální rychlost 311 km/h (193 mph).
Pro Prosta to bylo třetí vítězství v domácí Grand Prix po vítězství v roce 1981 v Dijonu (jeho první vítězství v Grand Prix) a v roce 1983 na Paul Ricard na celé délce. V obou případech jel za tovární tým Renault.