Na začátku 20. let 20. století zvažovala společnost A.P. Moller možnosti podnikání v oblasti liniového obchodu. Očekávalo se, že trampová doprava, kdy se plavidla plavila z přístavu do přístavu v závislosti na poptávce, časem ztratí ve prospěch linkových lodí půdu pod nohama. Dne 12. července 1928 vyrazila loď Leise Mærsk z Baltimoru na svou první plavbu z amerického východního pobřeží přes Panamský průplav na Dálný východ a zpět. Náklad se skládal z automobilových součástek Ford a dalšího běžného nákladu. To předznamenalo začátek lodních služeb společnosti Maersk. Společnost Maersk Line se začala rozvíjet v roce 1946 po druhé světové válce přepravou zboží mezi Amerikou a Evropou a v roce 1950 rozšířila své služby. Dne 26. dubna 1956 byla zavedena námořní kontejnerová doprava přepravou kontejneru Sea-Land na palubě lodi SS Ideal X z přístavu Newark v New Jersey do Houstonu v Texasu. V roce 1967 se anglofonní dopravce P&O podílel na první evropské iniciativě, kterou bylo spojení linkových služeb čtyř společností do nové společnosti Overseas Containers Limited (OCL). Společnosti Sea-land i P&O později převzala společnost Maersk Line, když v letech 1999 až 2005 rozšiřovala svou činnost.
V roce 1999 uzavřela společnost Maersk dohodu o převzetí společnosti Safmarine Container Lines (SCL) a jejích souvisejících liniových aktivit od společnosti South African Marine Corporation Limited (Safmarine). V době akvizice provozovala společnost Safmarine Container Lines přibližně 50 linkových plavidel a flotilu čítající přibližně 80 000 kontejnerů. Pokrývala celkem deset obchodů a plně doplňovala stávající síť společnosti Maersk Line. Společnost Safmarine Container Lines se připojila ke skupině A.P. Moller – Maersk Group jako samostatná jednotka s vlastními linkovými aktivitami.
Dne 10. prosince 1999 získala skupina A.P. Moller Group mezinárodní kontejnerovou činnost společnosti SeaLand Service Inc. Tato činnost byla integrována se společnostmi skupiny A.P. Moller a v rámci integrace změnila společnost Maersk Line svůj název na Maersk Sealand. Akvizice zahrnovala 70 plavidel, téměř 200 000 kontejnerů a také terminály, kanceláře a zastoupení po celém světě.
V květnu 2005 Maersk oznámil plány na koupi společnosti P&O Nedlloyd za 2,3 miliardy eur. V době akvizice měla společnost P&O Nedlloyd 6% podíl na celosvětovém trhu tohoto odvětví a Maersk-Sealand 12%. Spojená společnost by měla přibližně 18% podíl na světovém trhu. Společnost Maersk dokončila odkup společnosti 13. srpna 2005, akcie společnosti Royal P&O Nedlloyd ukončily obchodování 5. září. V únoru 2006 přijal nový sloučený subjekt název „Mærsk Line“
V době, kdy byla společnost začleněna do společnosti A.P. Moller, vlastnila a pronajímala flotilu více než 160 lodí. Její kontejnerová flotila, sestávající z vlastních a pronajatých plavidel, měla kapacitu 635 000 dvacetistopých ekvivalentních jednotek (TEU). Společnost Royal P&O Nedlloyd N.V. měla 13 000 zaměstnanců ve 146 zemích.
Koncem roku 2006 klesl podíl společnosti Maersk na světovém trhu z 18,2 % na 16,8 %, zároveň další dva největší dopravci zvýšili svůj podíl na trhu, MSC z 8,6 % na 9,5 % a CMA CGM z 5,6 % na 6,5 %. V lednu 2008 společnost Maersk Line oznámila drastická reorganizační opatření.
V listopadu 2015, po horších než očekávaných výsledcích, oznámila společnost Maersk Line své rozhodnutí propustit do roku 2017 4 000 zaměstnanců. Skupina uvedla, že v příštích dvou letech sníží své roční administrativní náklady o 250 milionů dolarů a ve čtvrtém čtvrtletí roku 2015 zruší 35 plánovaných plaveb kromě čtyř pravidelných plaveb, které zrušila na začátku roku.
V říjnu 2015 kontrolovala společnost Maersk Line spolu se svými dceřinými společnostmi, jako jsou Seago, MCC, Safmarine a SeaLand, dohromady 18% podíl na celkovém trhu kontejnerové přepravy.
Od 1. prosince 2017 je již součástí společnosti Hamburg Süd.