Prost førte fra Senna og de to Ferrari’er, mens Piquet passerede de to Benetton’er og blev nummer fem. Trods bekymringer i McLaren-boksen om et alt for højt brændstofforbrug (benzinaflæsningerne i bilerne viste mindre brændstofforbrug, end hvad Honda-telemetrien fortalte teamet) var Ron Dennis efter sigende parat til at lade sine kørere løbe tør for brændstof på bekostning af en perfekt sæson, hvis det lærte dem at være mere konservative i betragtning af deres åbenlyse forspring i forhold til feltet, selv om de indbyggede aflæsninger i sidste ende viste sig at være korrekte. Prost beholdt et forspring på to sekunder til Senna indtil pitstop midt i løbet, mens et tidligt stop af Berger på 22. omgang gjorde det muligt for holdkammerat Alboreto at komme ind på tredjepladsen. Mens begge McLarens kørte om kap med hinanden i front, trak de stadig væk fra feltet med nogle gange et sekund pr. omgang.
Senna lavede sit pitstop tre omgange før Prost, hvilket gjorde det muligt for ham at tage føringen takket være et langsomt stop for Prost med et fastsiddende forhjul, men trafikken på Mistral Straight (herunder en ikke særlig hjælpsom Piquet, der højst sandsynligt nød at se Senna miste føringen til Prost på tæt hold) og et gearkasseproblem gjorde det muligt for Prost at komme helt tæt på ham og derefter overhale ham på omgang 61, da de overhalede Alex Caffi og Pierluigi Martini i Signes-hjørnet. I mellemtiden genvandt Berger tredjepladsen, men Alboreto overhalede ham igen i forbindelse med pitstop, mens Mansell måtte lide sin syvende udgåelse i træk, da han udgik på 49. omgang med affjedringsproblemer, selv om han i flere omgange var faldet tilbage med effekttab fra sin Judd V8-motor. Efter at være vendt tilbage til pitten og have gjort sig selv ren, forlod englænderen banen dybt træt af Williams’ præstationer, hvilket gav næring til de fortsatte spekulationer i pressen om, at han ville forlade teamet i slutningen af året for at slutte sig til Ferrari, efter at det italienske team havde meddelt, at de ikke ville beholde Alboreto i 1989. Selv om rygterne viste sig at være korrekte, fortsatte Mansell med at benægte, at han ville gå over til Ferrari.
I de sidste omgange trak Prost fra, da Sennas problemer med gearkassen fortsatte, idet han mistede flere gear. Brasilianeren endte til sidst næsten 32 sekunder efter franskmanden, selv om han stadig var næsten 35 sekunder foran Alboreto, der var den sidste mand på den førende omgang. Berger blev nummer fire foran Piquet, der også fik problemer med gearkassen i løbets sidste etaper; det sidste point gik til Nanninis Benetton. Frankrig var første gang siden Monacos Grand Prix i 1987, at Alboreto kom foran sin holdkammerat i et løb, hvor de begge kom i mål. Under løbet havde Alboreto fordelen af en næsten perfekt afbalanceret bil, mens Berger klagede over kraftig understyring, hvilket der ikke var brug for i det hurtige Signes-hjørne i slutningen af Mistral.
Løbets hurtigste omgang, en 1:11.737 sat af Prost på 45. omgang, var over to sekunder langsommere end den 1:09,548 sat af Piquet i en Honda-drevet Williams året før – en konsekvens af de restriktioner, der blev indført for turbomotorer i denne sæson, og den største forskel var de hastigheder, der blev opnået på den nu 1 km lange Mistral Straight. I 1987 blev de hurtigste turbo-biler (med Honda-motor) målt med 325 km/t (202 mph) på den lige strækning. I 1988 blev topfarten målt til 311 km/t (193 mph).
For Prost var det hans tredje sejr i sit hjemlige Grand Prix efter at have vundet både i 1981 i Dijon (hans første Grand Prix-sejr) og 1983 på den helt lange Paul Ricard. Ved begge lejligheder havde han kørt for Renault fabriksteamet.